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[波函数分析求助] pi电子显示问题

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老师您好,我用《在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征》(http://sobereva.com/432)里的方法对Graphene/MoS2进行了显示Π轨道的操作,发现石墨烯正常显示pi电子轨道,但是S原子外围也有显示,这证明S原子上有pi轨道还是只是单纯的离域性比较强的电子呢?

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发表于 Post on 2022-11-9 15:50:16 | 只看该作者 Only view this author
那是默认的pi轨道判断阈值下的误判所致,直接无视。通过调整判断阈值也可以消除(仔细看博文里提到的我的TCA原文里的算法介绍)。凭常识就知道那些硫不可能参与pi共轭
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-9 16:00:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-9 15:50
那是默认的pi轨道判断阈值下的误判所致,直接无视。通过调整判断阈值也可以消除(仔细看博文里提到的我的TC ...

好的,谢谢老师。我主要一开始发现这个堆叠结构结合能里色散作用占比非常大,我考虑到是石墨烯上离域的pi电子的原因,就试了一下。后来观察MoS2的共价键结构,发现S原子在跟Mo原子形成共价键后也有一个相对自由的电子在外围,这是不是就是显示的那个电子的轨道啊?色散作用之所以在结合能中占比大是每个S上这个自由度比较大的电子与石墨烯上的pi电子共同影响的吗?

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发表于 Post on 2022-11-9 23:40:48 | 只看该作者 Only view this author
17853462014 发表于 2022-11-9 09:00
好的,谢谢老师。我主要一开始发现这个堆叠结构结合能里色散作用占比非常大,我考虑到是石墨烯上离域的pi ...

对,简单来说,-2价硫的极化率很大,石墨烯的极化率也很大,由Casimir-Polder公式易知两个极化率很大的体系之间的色散作用必然大
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-11-10 11:18:08 | 只看该作者 Only view this author
17853462014 发表于 2022-11-9 16:00
好的,谢谢老师。我主要一开始发现这个堆叠结构结合能里色散作用占比非常大,我考虑到是石墨烯上离域的pi ...

“相对自由的电子在外围” 用Multiwfn画个ELF图就能看得很清楚。你当前的图也能说明,这体现的是S的孤对电子轨道,对色散作用有显著贡献。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-10 12:30:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-11-9 23:40
对,简单来说,-2价硫的极化率很大,石墨烯的极化率也很大,由Casimir-Polder公式易知两个极化率很大的体 ...

好的,多谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-10 12:31:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-10 11:18
“相对自由的电子在外围” 用Multiwfn画个ELF图就能看得很清楚。你当前的图也能说明,这体现的是S的孤对 ...

好的,谢谢老师。

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