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[综合交流] 请问如何判断这两条路径的优劣

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在计算过程中(热催),得到了这样两条反应路径,红线在势能面上的位置更靠上,但能垒比较低,绿线在势能面上的位置更靠下,但能垒较高,请问哪条路径更优呢?
希望能够得到各位老师的帮助,谢谢了

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发表于 Post on 2022-5-5 21:00:51 | 只看该作者 Only view this author
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ar1000956的方法分别计算两条路径的总活化自由能,总活化自由能比较低的更优

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Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-5 21:12:17 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-5 21:00
按https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ar1000956的方法分别计算两条路径的总活化自由能,总活化自由能比较低 ...

好的好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-5-6 13:29:06 | 只看该作者 Only view this author
红线容易进行
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谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html

也可以用concvar进行浓度的模拟得到结论
http://sobereva.com/soft/concvar
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-5-6 15:01:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-6 13:29
红线容易进行
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谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生

老师您好 请问concvar对于连续的Int 应该怎么输入$link信息?

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发表于 Post on 2022-5-6 18:59:48 | 只看该作者 Only view this author
orangesea 发表于 2022-5-6 15:01
老师您好 请问concvar对于连续的Int 应该怎么输入$link信息?

合并int,只保留一个
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-8 17:59:56 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-5 21:00
按https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ar1000956的方法分别计算两条路径的总活化自由能,总活化自由能比较低 ...

老师您好,请问如果整个势能面最低点为产物,那么可以选择产物为TDI吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-8 18:01:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-6 13:29
红线容易进行
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谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生

谢谢老师,还有个问题想请教老师,根据https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ar1000956这篇文章中的方法计算总活化自由能时,如果整个势能面最低点为产物,可以选择产物为TDI吗

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发表于 Post on 2022-5-8 18:20:25 | 只看该作者 Only view this author
Riszzz 发表于 2022-5-8 10:59
老师您好,请问如果整个势能面最低点为产物,那么可以选择产物为TDI吗

不能。仔细看TDI的定义,TDI不一定是势能面最低点
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-5-8 21:46:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 orangesea 于 2022-5-8 22:59 编辑
sobereva 发表于 2022-5-6 18:59
合并int,只保留一个

老师您好 对于concvar模拟有些疑问
1.在利用concvar分析时,stepsize是由能垒最小的步骤所决定的
如果反应中两个中间体之间的能垒较小,比决速步小10kcal/mol以上,如果按照最小能垒设定stepsize,几乎不能模拟出整个反应,是否对于这样的情况,只要能垒比决速步少了10kcal/mol以上(即是绝对来说这个能垒并不小),均可认为它满足玻尔兹曼分布,从而用$Boltzmann关键词来“连接”两个中间体?
2.对于催化循环,是否只要用$fix将两端的催化剂浓度设为一样的定值即可?(假设催化剂没有被损耗)

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发表于 Post on 2022-5-9 23:03:12 | 只看该作者 Only view this author
orangesea 发表于 2022-5-8 21:46
老师您好 对于concvar模拟有些疑问
1.在利用concvar分析时,stepsize是由能垒最小的步骤所决定的
如果 ...

1 也得看这样的中间体参与的其它反应的势垒如何,看情况。
往往也可以把两个中间体取其中最低的那个当做一个处理

2 是
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发表于 Post on 2022-5-9 23:10:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-9 23:03
1 也得看这样的中间体参与的其它反应的势垒如何,看情况。
往往也可以把两个中间体取其中最低的那个当做 ...

谢谢老师的解答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-16 11:09:10 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-5 21:00
按https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ar1000956的方法分别计算两条路径的总活化自由能,总活化自由能比较低 ...

老师您好,最近在使用能量跨度模型时要到了一个问题,想请教您一下。
在反应吉布斯自由能大于0的情况下,该怎么计算TOF呢,简化后的TOF公式还适用吗?如果使用未简化的公式,得到的TOF是负数,这代表什么呀?
希望能得到您的回复,谢谢您了!

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发表于 Post on 2022-11-16 15:07:38 | 只看该作者 Only view this author
Riszzz 发表于 2022-11-16 04:09
老师您好,最近在使用能量跨度模型时要到了一个问题,想请教您一下。
在反应吉布斯自由能大于0的情况下 ...

按简化前的公式算,或者先按简化后的公式算逆反应的TOF,再按精细平衡原理算出正反应TOF
此外需要注意,你要算的是正反应本身,还是正反应速率减去逆反应速率。如果是后者的话,还需要知道实验条件下产物的稳态浓度才行。

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Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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