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[GROMACS] 在老本gromac5.1运行npt时由于mdp文件问题显示一直报错

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我这跑的npt系宗,目的是让石墨烯板子固定不动,但是不同高度的板子由于能量作用会发生偏移,现在加上这个后一直报错

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发表于 Post on 2022-11-18 14:44:36 | 只看该作者 Only view this author
甭用那么老版本
而且设个限制势固定就完了,用不着牵扯energygrp-excl
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-19 14:57:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-18 14:44
甭用那么老版本
而且设个限制势固定就完了,用不着牵扯energygrp-excl

sob老师你好,我用这个老版本目的是不冻结石墨烯的前提下,用位置限定跑npt系宗,但现在会出现石墨烯跑出体系盒子,所以想了解这个energygrp -excl功能能不能解决这个问题,但会出现前面这个报错 代码

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-19 15:01:12 | 只看该作者 Only view this author
Usstwanglei 发表于 2022-11-19 14:57
sob老师你好,我用这个老版本目的是不冻结石墨烯的前提下,用位置限定跑npt系宗,但现在会出现石墨烯跑出 ...

就是这样一个情况,麻烦老师给分析下了

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发表于 Post on 2022-11-19 22:31:32 | 只看该作者 Only view this author
Usstwanglei 发表于 2022-11-19 15:01
就是这样一个情况,麻烦老师给分析下了

这不是用老版本的理由,新版本又不是不支持

跟energygrp-excl完全没直接关系

仔细看轨迹,弄清楚石墨烯怎么跑到外面去的。如果是MD过程中跑到外面去的,说明限制势没设对;如果第一帧就已经在外面了,是显示、轨迹记录方式之类的问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-20 15:24:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-19 22:31
这不是用老版本的理由,新版本又不是不支持

跟energygrp-excl完全没直接关系

好的,谢谢老师

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