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[GROMACS] 求助关于偶极子角度分布的结果分析

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如图,求助社长,在模仿论文里计算材料表面的亲疏水性,看到文献(Chin. Phys. B Vol. 30, No. 1 (2021) 010503)里有关于偶极子角度分布的图,想试着做一下。我用gmx dipoles做了分析,但是不知道用哪个结果画图,来请教一下会长。





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发表于 Post on 2022-11-28 02:18:38 | 只看该作者 Only view this author
gmx dipoles应该干不了这个
自己写个VMD脚本分析就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 10:46:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-28 02:18
gmx dipoles应该干不了这个
自己写个VMD脚本分析就完了

会长,那分析的思路是什么啊?

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发表于 Post on 2022-11-28 10:47:54 | 只看该作者 Only view this author
小雷森 发表于 2022-11-28 10:46
会长,那分析的思路是什么啊?

循环每个水分子,计算O与H...H中点连线方向的矢量,求与界面的夹角。对各帧、各个水都这么算,求各种角度的出现概率
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 10:59:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-28 10:47
循环每个水分子,计算O与H...H中点连线方向的矢量,求与界面的夹角。对各帧、各个水都这么算,求各种角度 ...

好的,社长。我去试试

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