Avogadro 建模求助

wulalalana · 发表于 Post on 2020-9-17 15:35:56

Avogadro 可以构建两个分子碰撞的模型吗？是怎么构建的呢？还是只能构建一个分子的模型？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-9-17 15:39:23

什么叫两个分子碰撞

wulalalana · 发表于 Post on 2020-9-17 15:47:54

喵星大佬发表于 2020-9-17 15:39
什么叫两个分子碰撞

就是比如 N 和H2 碰撞

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-9-17 15:56:27

碰撞是个动态过程，你怎么用静态建模去间一个动态过程，是要做AIMD还是要找过渡态还是到底是要干啥

wulalalana · 发表于 Post on 2020-9-17 16:22:17

喵星大佬发表于 2020-9-17 15:56
碰撞是个动态过程，你怎么用静态建模去间一个动态过程，是要做AIMD还是要找过渡态还是到底是要干啥

就是想研究它们碰撞过程中的一系列反应
主要是向用一个软件来构建分子碰撞，导出输入文件，用于gamess软件计算
有没有什么软件可以实现呢？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-9-17 16:33:07

wulalalana 发表于 2020-9-17 16:22
就是想研究它们碰撞过程中的一系列反应
主要是向用一个软件来构建分子碰撞，导出输入文件，用于gamess软 ...

碰撞？指交叉分子束那种？
这种随便那个软件都可以，GV，Avogadro，IQmol，都可以。反正摆好原子坐标就行了
反正量化计算除了方法设定之外只需要提供原子坐标就行了，做AIMD再提供个初始速度

wulalalana · 发表于 Post on 2020-9-17 20:13:17

喵星大佬发表于 2020-9-17 16:33
碰撞？指交叉分子束那种？
这种随便那个软件都可以，GV，Avogadro，IQmol，都可以。反正摆好原子坐标就 ...

十分感谢啦

luogaoyang123 · 发表于 Post on 2022-12-6 14:19:39

喵星大佬发表于 2020-9-17 15:39
什么叫两个分子碰撞

喵星大佬，请问Avogadro 能想MS一样建立聚合物链吗？

Puying · 发表于 Post on 2022-12-6 14:42:01

luogaoyang123 发表于 2022-12-6 14:19
喵星大佬，请问Avogadro 能想MS一样建立聚合物链吗？

貌似只能点点点。没有一键生成的那种功能

luogaoyang123 · 发表于 Post on 2022-12-6 17:28:40

Puying 发表于 2022-12-6 14:42
貌似只能点点点。没有一键生成的那种功能

好的

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