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[GROMACS] 想求助关于GROMOS力场的说明书及相关文献

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各位老师同学,想求助一下关于GROMOS力场参数说明的文献和资料,想了解力场参数的来源和优化过程,适用的范围等信息。

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发表于 Post on 2019-10-29 07:28:50 | 只看该作者 Only view this author

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少年爱吃地三鲜 + 5 好物!

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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-29 09:42:06 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-10-29 09:44:50 | 只看该作者 Only view this author
老师opls-aa和amber力场的也想了解一下

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发表于 Post on 2019-10-30 05:48:50 | 只看该作者 Only view this author
shanxitaiyuan 发表于 2019-10-29 09:44
老师opls-aa和amber力场的也想了解一下





对Amber力场用于核酸的改进

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-10-30 10:24:07 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问这些资料可以在哪里打包下载么

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发表于 Post on 2019-10-31 06:23:57 | 只看该作者 Only view this author
mitsks 发表于 2019-10-30 10:24
sob老师,请问这些资料可以在哪里打包下载么

目前没有打包下载
google学术搜索标题,自行下载
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发表于 Post on 2022-12-4 17:40:25 | 只看该作者 Only view this author

老师,我采用GROMOS96力场模拟几十个金属卟啉分子在盒子中的堆积情况,但是审稿人却提出了下面问题“As far as I know, the GROMOS force field Lennard-Jones parameters were obtained on hydrocarbons and aminoacids, i.e. on molecules where Π-stacking interactions are absent or not crucial.”,由于卟啉分子为具有较大共轭的基团,势必分子间具有较强的Π-Π相互作用,而且含有金属,所以选择的这个力场,但是审稿人认为该立场不适合,想请教一下老师,这种情况应该如何回复?辛苦您~

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发表于 Post on 2022-12-5 02:39:12 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2022-12-4 17:40
老师,我采用GROMOS96力场模拟几十个金属卟啉分子在盒子中的堆积情况,但是审稿人却提出了下面问题“As f ...

可以做个平面间距的能量扫描,和诸如PBE0-D3(BJ)的结果做个对比,如果定性一致那还行(明显小于平衡间距的距离不用考虑)
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