计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1496|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[VMD] 求助,md轨迹中部分原子连接问题

[复制链接 Copy URL]

134

帖子

0

威望

763

eV
积分
897

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
老师好,最近用gmx跑得轨迹(体系是蛋白质在水溶解)去除周期性边界条件后,在vmd下查看发现整体结构没有问题,但部分水分子原子的连接有误,使用dynamic bond展示就显示正常了,但是连接信息好像不能保存,再次加载该xtc仍连接有误,请教大家有什么办法能够保存在文件中,下次打开就能够正常显示?重新处理pbc?如果使用这个有误的轨迹文件跑蛋白分子间的mmpbsa是否也会影响结果呢?谢谢。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-12-14 12:25:49 | 只看该作者 Only view this author
gmx trjconv结合-pbc mol转换出保持分子完整性的轨迹
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

134

帖子

0

威望

763

eV
积分
897

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-15 23:52:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-14 12:25
gmx trjconv结合-pbc mol转换出保持分子完整性的轨迹

谢谢老师,我再试试

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 02:11 , Processed in 0.150284 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list