求助：如何利用PBC构建胶原分子的密堆积

ghkjhug · 发表于 Post on 2023-4-1 10:12:40

本帖最后由 ghkjhug 于 2023-4-1 10:45 编辑

近日要复现文章内容，但查了很多教程也没有看到这种分子大部分在盒子外面的模型要怎么建立，另外也不知道他是如何通过看起来是立方体的盒子实现胶原分子紧密的六边形堆积的（有一个角有100多度，但应该也不能实现六边形），希望可以得到各位大佬的指导，谢谢.文章的题目是Hierarchical Structure and Nanomechanics of Collagen Microfibrils from the Atomistic Scale Up，doi:[size=5.9777pt]dx.doi.org/10.1021/nl103943u

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-2 04:15:26

文中给了PDB ID，有现成的晶体结构：https://www.rcsb.org/structure/3HR2

VMD里的显示（显示了部分周期镜像）

ghkjhug · 发表于 Post on 2023-4-2 09:11:46

sobereva 发表于 2023-4-2 04:15
文中给了PDB ID，有现成的晶体结构：https://www.rcsb.org/structure/3HR2

VMD里的显示（显示了部分周期 ...

这个我知道，但3hr2是个分辨率很低的蛋白，不能用于分子模拟，所以文章里进行了同源建模。但同源建模之后这个盒子就消失了

ghkjhug · 发表于 Post on 2023-4-2 11:38:44

sobereva 发表于 2023-4-2 04:15
文中给了PDB ID，有现成的晶体结构：https://www.rcsb.org/structure/3HR2

VMD里的显示（显示了部分周期 ...

哦谢谢老师，我明白了，其实并没有限制分子不能大于盒子

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[GROMACS] 求助：如何利用PBC构建胶原分子的密堆积

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