分子动力学模拟中蛋白质配体复合物结合状态的结束是否符合生物学效应

kyang

我使用gmx进行了200ns的蛋白激酶及其抑制剂复合物的模拟，在模拟的终末阶段，配体从蛋白活性位点中脱离。而在生物角度，该抑制剂为非共价结合的1/2型抑制剂，的确会在结合一段时间后解离，随后排除体外，我想咨询一下各位老师，我进行的gmx模拟是否能够实现以上的生物学现象，还是说只是因为我的体系问题。

ys_song

分子动力学模拟这种脱离过程，一般需要确定脱离过程中若干个中间态，然后分别计算每步的时间尺度，每个中间态的能量。一些复杂体系的脱离过程可能还不止一条路径，出现分叉情况。你看到了一个现象是一个好的开始，但要让别人信服，是需要很多细致工作的。