各位老师好，我是做离子液体方向的，对于Gaussian计算属于小白，多次尝试结果与预期差异较大，无法确定是否计算正确，因此发帖求助。我的问题是；我的离子液体的阴离子为尿嘧啶阴离子，现将离子液体与环丁砜混合，希望通过计算确认尿嘧啶阴离子上氨基的活泼H会与环丁砜的两个等价氧形成氢键。
(1)当选择基组为B3LYP/6-31++G**并增加了DFT-D3色散校正，计算得到的结构如下图，其中左边为尿嘧啶阴离子，右边为环丁砜。发现只有一个氧与阴离子的H存在作用的可能，而另一个氧完全无法与活泼H接触。
（2）后来在本论坛中了解到SMD溶剂模型，就做了尝试，由于没有环丁砜的内置溶剂，所以就选择DMSO做内置溶剂，并在文件末尾输入了环丁砜的静态和动态介电常数，在基组为B3LYP/6-31++G**并增加了DFT-D3色散校正情况下进行计算，结果如下图所示，相较上面有所改变，但仍然不尽人意，其中一个H---O键长3.72不符合正常范围，难以视作形成氢键。
为此想请教各位老师，是我优化方法(基组选择，溶剂模型设置)存在问题还是氢键的饱和性等因素导致其无法形成两个氧与H同时形成氢键？若是基组选择有问题，我应该如何选择和输入何种关键词？或者如何设置能够确保计算过程中实现两个氧同时与H形成氢键？感谢各位老师的阅读和指导！
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发表于 Post on 2026-1-7 11:55:28
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