求助concvar的设置问题

gauss98

版主发布的concvar程序给化学反应模拟提供了很大方便，但我最近还是有些情况没弄清楚，特求助版主，多谢了。

1.对于多分子的玻尔兹曼分布怎么输入。

manual里边，玻尔兹曼部分输入的两部分都是单分子，但是多分子怎么输入？

比如反应  A+B=C          或者 A+B=2C
如果输入
$Boltzmann
1&2, 3

或者
$Boltzmann
1&2,3&3


程序就自动退出了。

2.对 配体取代反应如何处理过渡态能量？

比如 金属M对配体L1,L2      
ML1， M， L1， L2， ML2自由能(kcal/mol)分别为  0, 20， 0,  0，-5     

   ML1--> M+ L1                解离  G=20kcal/mol
   M+ L2-->  ML2

但这个解离能明显是随着 L1的浓度 和温度变化的
如果直接输入
$link
1&4, 2，3&5


相当于把游离M离子当过渡态，但是这样就体现不出来 L1，L2浓度对 G的影响了，显然有哪里不对。

请问这种情况怎么处理?

非常感谢

sobereva

1 不支持这种情况

2 ML1--> M+ L1和M+ L2-->  ML2视为两个基元反应。如果整个过程是协同的，当成L2+ML1 --> ML2 + L1的基元反应。

concvar里输入的是标准态浓度下的G，因此不涉及浓度对G的影响的问题。

gauss98

sobereva 发表于 2022-12-26 23:03
1 不支持这种情况

2 ML1--> M+ L1和M+ L2-->  ML2视为两个基元反应。如果整个过程是协同的，当成L2+ML1  ...

谢谢版主