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[GROMACS] 请问除了gmx cluster还有什么好的聚类方法?

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请问想对用gromacs模拟的轨迹进行聚类,以获得具有代表性的PDB结构,请问除了gmx cluster命令之外(因为不怎么会用,看了说明也没看明白),还有什么适合gromacs的聚类办法。谢谢。

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发表于 Post on 2020-5-29 03:17:22 | 只看该作者 Only view this author
我记得MDAnalysis或者MDTraj应该可以做聚类分析,具体是哪一个我记不清了,也可能二者均可。

如果要做tICA的话,可以考虑PyEMMA。

但如果你搜索了网上的gromacs教程后,还是搞不明白gmx cluster怎么用的话,估计前面提的三个软件你也不会用。

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发表于 Post on 2020-5-29 06:54:50 | 只看该作者 Only view this author
gmx cluster是归簇工具,不是某种算法。此程序支持不止一种归簇算法
gmx cluster用起来实在太容易了,给两张我培训班的ppt作为提示,结合手册里此命令的介绍进行理解



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发表于 Post on 2020-5-29 19:43:07 | 只看该作者 Only view this author
Daniel_Arndt 发表于 2020-5-29 03:17
我记得MDAnalysis或者MDTraj应该可以做聚类分析,具体是哪一个我记不清了,也可能二者均可。

如果要做tI ...

tICA是降维算法而不是聚类算法,对应的PCA之类的降维算法。聚类(就拿几何聚类来说)指的是k-means,k-center之类的算法。PyEMMA的workflow里面,从input features之内提取tICs和在对应前两大本征值的tIC上做聚类是两个步骤。
我需要一些假日,但我不希望每天都是假日。因为我没有承担痛苦,因为那不是真正的自由。

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发表于 Post on 2020-5-30 00:28:49 | 只看该作者 Only view this author
ene 发表于 2020-5-29 19:43
tICA是降维算法而不是聚类算法,对应的PCA之类的降维算法。聚类(就拿几何聚类来说)指的是k-means,k-cent ...

确实是我说的太匆忙。我个人习惯是做了tICA后就立刻用Markov state model。

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发表于 Post on 2020-5-30 00:41:45 | 只看该作者 Only view this author
Daniel_Arndt 发表于 2020-5-30 00:28
确实是我说的太匆忙。我个人习惯是做了tICA后就立刻用Markov state model。

跑MSM之前可以用VMAP做个打分看看,算是非常实用的功能
我需要一些假日,但我不希望每天都是假日。因为我没有承担痛苦,因为那不是真正的自由。

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发表于 Post on 2020-7-12 23:06:53 | 只看该作者 Only view this author
为啥生成的pdb文件,用VMD和pymol得到的是不同的构象?(pymol和Gaussian得到的构象是一致的,)我看了pdb文件对应的帧的溶质的构象,发现应该是Pymol显示的这个。那VMD为什么会发生这种情况?

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发表于 Post on 2020-7-13 11:21:57 | 只看该作者 Only view this author
15810593730 发表于 2020-7-12 23:06
为啥生成的pdb文件,用VMD和pymol得到的是不同的构象?(pymol和Gaussian得到的构象是一致的,)我看了pdb ...

看清楚VMD显示的是哪帧
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发表于 Post on 2020-7-13 16:11:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-13 11:21
看清楚VMD显示的是哪帧

多谢sob老师。竟然才注意到pdb文件也可以加载多帧,那看来提取一些不连续的特定帧制作小电影也有思路了

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发表于 Post on 2021-10-8 17:28:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-29 06:54
gmx cluster是归簇工具,不是某种算法。此程序支持不止一种归簇算法
gmx cluster用起来实在太容易了,给两 ...

老师,请问选择每个簇的中心构象是用-cl选项吗?看官方的使用说明,我有点不太明白-wcl选项,它是将指定的簇的结构写入到编号的文件中吧?一般产生多少个簇比较合适呢?

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发表于 Post on 2021-10-9 17:27:15 | 只看该作者 Only view this author
NicoleDH 发表于 2021-10-8 17:28
老师,请问选择每个簇的中心构象是用-cl选项吗?看官方的使用说明,我有点不太明白-wcl选项,它是将指定 ...

cluster.pdb里记录的就是各个簇里最有代表性的结构
没有产生多少个合适一说。结合实际情况凭直觉判断
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发表于 Post on 2021-10-13 22:00:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-9 17:27
cluster.pdb里记录的就是各个簇里最有代表性的结构
没有产生多少个合适一说。结合实际情况凭直觉判断

好的,谢谢老师~

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发表于 Post on 2022-4-6 19:56:03 | 只看该作者 Only view this author
请问各位老师,gmx cluster可以多核并行跑吗?

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发表于 Post on 2022-11-3 19:00:52 | 只看该作者 Only view this author
我想请问一下,我聚类之后产生的cluster.pdb文件不能显示二级结构呐,我想知道有哪个参数是控制这个嘛怎么把它导出来呐

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发表于 Post on 2022-12-24 12:02:08 | 只看该作者 Only view this author
想请问一下各位老师,gmx cluster里面不同的聚类算法有什么区别嘛,例如linkage、Monte Carlo还有前面老师提到的gromos

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