CP2K-2024.2 发布了

乐平

查看了一下 CP2K 的官网，发现三天前更新了 2024.2 版，算是半年更新的常规操作

New Features

• Many new pages in the methods section of [color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]the manual
• ECP nuclear gradients ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3210)
• New basis sets ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3266, [color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3276 [color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3460, [color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3561)
• TDA Kernel methods ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3273)
• Bethe Salpeter equation for molecules ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3308, [color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3329)
• Stress prediction in NequIP & Allegro ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3428, [color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3445)
• GW for small unit cells with full k-points ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3448, [color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3505, [color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3513)
• Hedin shift for G0W0 ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3533)
• i-PI server functionality ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3420)
• Infrastructure for Kpoint symmetries ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3482)
  

New Libraries

• Machine learning with the [color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]DeePMD-kit ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3145)
• Dispersion correction with the [color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]DFTD4 library ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3501)
• GPU support via OpenCL ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3321, [color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3315, [color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3375)
  

Breaking Changes

• Increase ScaLAPACK default block size to 64 ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3184)
• Remove BROYDEN_MIXING_NEW option ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3346)
• Remove KP_RI_EXTENSION_FACTOR" keyword ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3223)
• Mark support for QUIP and PEXSI as deprecated ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3600)
  

Fixes

• Fix oscillator strength for TDDFT+SOC within length and velocity representation ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3201)
• External potential: Do not re-parse potential function at each grid-point ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3204)
• PWDFT: Print the band gap and total energy ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3211)
• Fix bug [color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3218 in screening of hfx derivatives ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3221)
• Fix bug [color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3217 in printout of eigenvalues and eigenvectors ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3230)
• Improve element comparison in reftraj ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3337)
• Allegro: Fix parallelization with virials ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3445)
• FFTW: Fix import/export wisdom file ([color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3492, [color=var(--fgColor-accent, var(--color-accent-fg))]#3496)
  

从 toolchain 里可以看到

1. install_cp2k_toolchain.sh [options]
   
2. 
   
3. OPTIONS:
   
4. 
   
5. -h, --help                Show this message.
   
6. -j <n>                    Number of processors to use for compilation, if
   
7.                           this option is not present, then the script
   
8.                           automatically tries to determine the number of
   
9.                           processors you have and try to use all of the
   
10.                           processors.
    
11. --no-check-certificate    If you encounter "certificate verification" errors
    
12.                           from wget or ones saying that "common name doesn't
    
13.                           match requested host name" while at tarball downloading
    
14.                           stage, then the recommended solution is to install
    
15.                           the newest wget release. Alternatively, you can use
    
16.                           this option to bypass the verification and proceed with
    
17.                           the download. Security wise this should still be okay
    
18.                           as the installation script will check file checksums
    
19.                           after every tarball download. Nevertheless use this
    
20.                           option at your own risk.
    
21. --install-all             This option will set value of all --with-PKG
    
22.                           options to "install". You can selectively set
    
23.                           --with-PKG to another value again by having the
    
24.                           --with-PKG option placed AFTER this option on the
    
25.                           command line.
    
26. --mpi-mode                Selects which MPI flavour to use. Available options
    
27.                           are: mpich, openmpi, intelmpi, and no. By selecting "no",
    
28.                           MPI is not supported and disabled. By default the script
    
29.                           will try to determine the flavour based on the MPI library
    
30.                           currently available in your system path. For CRAY (CLE)
    
31.                           systems, the default flavour is mpich. Note that explicitly
    
32.                           setting --with-mpich, --with-openmpi or --with-intelmpi
    
33.                           options to values other than no will also switch --mpi-mode
    
34.                           to the respective mode.
    
35. --math-mode               Selects which core math library to use. Available options
    
36.                           are: acml, cray, mkl, and openblas. The option "cray"
    
37.                           corresponds to cray libsci, and is the default for CRAY
    
38.                           (CLE) systems. For non-CRAY systems, if env variable MKLROOT
    
39.                           exists then mkl will be default, otherwise openblas is the
    
40.                           default option. Explicitly setting --with-acml, --with-mkl,
    
41.                           or --with-openblas options will switch --math-mode to the
    
42.                           respective modes.
    
43. --gpu-ver                 Selects the GPU architecture for which to compile. Available
    
44.                           options are: K20X, K40, K80, P100, V100, Mi50, Mi100, Mi250,
    
45.                           and no.
    
46.                           This setting determines the value of nvcc's '-arch' flag.
    
47.                           Default = no.
    
48. --libint-lmax             Maximum supported angular momentum by libint.
    
49.                           Higher values will increase build time and library size.
    
50.                           Default = 5
    
51. --log-lines               Number of log file lines dumped in case of a non-zero exit code.
    
52.                           Default = 200
    
53. --target-cpu              Compile for the specified target CPU (e.g. haswell or generic), i.e.
    
54.                           do not optimize for the actual host system which is the default (native)
    
55. --no-arch-files           Do not generate arch files
    
56. --dry-run                 Write only config files, but don't actually build packages.
    
57. 
    
58. The --enable-FEATURE options follow the rules:
    
59.   --enable-FEATURE=yes    Enable this particular feature
    
60.   --enable-FEATURE=no     Disable this particular feature
    
61.   --enable-FEATURE        The option keyword alone is equivalent to
    
62.                           --enable-FEATURE=yes
    
63. 
    
64.   --enable-cuda           Turn on GPU (CUDA) support (can be combined
    
65.                           with --enable-opencl).
    
66.                           Default = no
    
67.   --enable-hip            Turn on GPU (HIP) support.
    
68.                           Default = no
    
69.   --enable-opencl         Turn on OpenCL (GPU) support. Requires the OpenCL
    
70.                           development packages and runtime. If combined with
    
71.                           --enable-cuda, OpenCL alongside of CUDA is used.
    
72.                           Default = no
    
73.   --enable-cray           Turn on or off support for CRAY Linux Environment
    
74.                           (CLE) manually. By default the script will automatically
    
75.                           detect if your system is CLE, and provide support
    
76.                           accordingly.
    
77. 
    
78. The --with-PKG options follow the rules:
    
79.   --with-PKG=install      Will download the package in $PWD/build and
    
80.                           install the library package in $PWD/install.
    
81.   --with-PKG=system       The script will then try to find the required
    
82.                           libraries of the package from the system path
    
83.                           variables such as PATH, LD_LIBRARY_PATH and
    
84.                           CPATH etc.
    
85.   --with-PKG=no           Do not use the package.
    
86.   --with-PKG=<path>       The package will be assumed to be installed in
    
87.                           the given <path>, and be linked accordingly.
    
88.   --with-PKG              The option keyword alone will be equivalent to
    
89.                           --with-PKG=install
    
90. 
    
91.   --with-gcc              The GCC compiler to use to compile CP2K.
    
92.                           Default = system
    
93.   --with-intel            Use the Intel compiler to compile CP2K.
    
94.                           Default = system
    
95.   --with-intel-classic    Use the classic Intel compiler to compile CP2K.
    
96.                           Default = no
    
97.   --with-cmake            Cmake utilities
    
98.                           Default = install
    
99.   --with-ninja            Ninja utilities
    
100.                           Default = install
     
101.   --with-openmpi          OpenMPI, important if you want a parallel version of CP2K.
     
102.                           Default = system
     
103.   --with-mpich            MPICH, MPI library like OpenMPI. one should
     
104.                           use only one of OpenMPI, MPICH or Intel MPI.
     
105.                           Default = system
     
106.   --with-mpich-device     Select the MPICH device, implies the use of MPICH as MPI library
     
107.                           Default = ch4
     
108.   --with-intelmpi         Intel MPI, MPI library like OpenMPI. one should
     
109.                           use only one of OpenMPI, MPICH or Intel MPI.
     
110.                           Default = system
     
111.   --with-libxc            libxc, exchange-correlation library. Needed for
     
112.                           QuickStep DFT and hybrid calculations.
     
113.                           Default = install
     
114.   --with-libint           libint, library for evaluation of two-body molecular
     
115.                           integrals, needed for hybrid functional calculations
     
116.                           Default = install
     
117.   --with-libgrpp          libgrpp, library for the evaluation of ECP integrals, needed
     
118.                           for any calculations with semi-local ECP pseudopotentials
     
119.                           Default = install
     
120.   --with-fftw             FFTW3, library for fast fourier transform
     
121.                           Default = install
     
122.   --with-acml             AMD core maths library, which provides LAPACK and BLAS
     
123.                           Default = system
     
124.   --with-mkl              Intel Math Kernel Library, which provides LAPACK, and BLAS.
     
125.                           If MKL's FFTW3 interface is suitable (no FFTW-MPI support),
     
126.                           it replaces the FFTW library. If the ScaLAPACK component is
     
127.                           found, it replaces the one specified by --with-scalapack.
     
128.                           Default = system
     
129.   --with-openblas         OpenBLAS is a free high performance LAPACK and BLAS library,
     
130.                           the successor to GotoBLAS.
     
131.                           Default = install
     
132.   --with-scalapack        Parallel linear algebra library, needed for parallel
     
133.                           calculations.
     
134.                           Default = install
     
135.   --with-libxsmm          Small matrix multiplication library.
     
136.                           Default = install
     
137.   --with-elpa             Eigenvalue SoLvers for Petaflop-Applications library.
     
138.                           Fast library for large parallel jobs.
     
139.                           Default = install
     
140.   --with-cusolvermp       NVIDIA cusolverMp: CUDA library for distributed dense linear algebra.
     
141.                           Default = no
     
142.   --with-ptscotch         PT-SCOTCH, only used if PEXSI is used
     
143.                           Default = no
     
144.   --with-superlu          SuperLU DIST, used only if PEXSI is used
     
145.                           Default = no
     
146.   --with-pexsi            Enable interface to PEXSI library
     
147.                           Default = no
     
148.   --with-quip             Enable interface to QUIP library
     
149.                           Default = no
     
150.   --with-deepmd           Enable interface to DeePMD-kit library.
     
151.                           Default = no
     
152.   --with-plumed           Enable interface to the PLUMED library.
     
153.                           Default = no
     
154.   --with-sirius           Enable interface to the plane wave SIRIUS library.
     
155.                           This package requires: gsl, libspg, elpa, scalapack, hdf5 and libxc.
     
156.                           Default = install
     
157.   --with-gsl              Enable the gnu scientific library (required for PLUMED and SIRIUS)
     
158.                           Default = install
     
159.   --with-libvdwxc         Enable support of Van der Waals interactions in SIRIUS. Support provided by libvdwxc
     
160.                           Default = install
     
161.   --with-spglib           Enable the spg library (search of symmetry groups)
     
162.                           This package depends on cmake.
     
163.                           Default = install
     
164.   --with-hdf5             Enable the hdf5 library (used by the sirius library)
     
165.                           Default = install
     
166.   --with-spfft            Enable the spare fft used in SIRIUS (hard dependency)
     
167.                           Default = install
     
168.   --with-spla             Enable the Specialized Parallel Linear Algebra library (required by SIRIUS)
     
169.                           Default = install
     
170.   --with-cosma            Enable cosma as a replacement for scalapack matrix multiplication
     
171.                           Default = install
     
172.   --with-libvori          Enable libvori for the Voronoi integration (and the BQB compressed trajectory format)
     
173.                           Default = install
     
174.   --with-libtorch         Enable libtorch the machine learning framework needed for NequIP and Allegro
     
175.                           Default = no
     
176.   --with-dftd4            Enable the DFTD4 package by Grimme
     
177.                           This package requires cmake, ninja
     
178.                           Default = install

复制代码

默认安装选项（Default = install）里增加了 --with-ninja, --with-dftd4,
可选安装项里增加了 --with-deepmd


另外，从 scripts/stage1/install_openmpi.sh 里可以看到，这次的 openmpi 升级到 5.0.5 版

牧生

链接：https://pan.baidu.com/s/1CqNaJQratxkAT2e3753H_g
提取码：txmx

乐平

昨天安装了之后发现，默认安装选项里的 --with-ninja 和 --with-dftd4 并没有默认安装……
需要手动设置 --with-ninja=install  --with-dftd4=install 才会安装……
安装 DFTD4 的前提是先安装 ninjia， 这和 DFTD4 官网上推荐的安装方式是一致的。

牧生

为了装dftd4，同时也需要装mctc-lib。

如果你的网不好，手动去https://github.com/grimme-lab/mctc-lib 下载，并且把这个压缩包也放在build里面

乐平

牧生 发表于 2024-8-10 10:11
为了装dftd4，同时也需要装mctc-lib。

如果你的网不好，手动去https://github.com/grimme-lab/mctc-lib  ...

是的
另外，根据 CP2K-2024.2 的提示，下载 0.3.0 版，
Retrieving mctc-lib revision v0.3.0 from https://github.com/grimme-lab/mctc-lib

（最新的版本是 0.3.1 版，但是为了避免可能存在的不必要的冲突，还是按 CP2K 的提示来下载 0.3.0 版）

Weldingspock

DFT-D4 会增加计算时间么

wth1219

Weldingspock 发表于 2024-8-10 14:34
DFT-D4 会增加计算时间么

这一版会。

https://groups.google.com/u/1/g/cp2k/c/DZLSipQLUGQ

wuy069

牧生 发表于 2024-8-10 10:11
为了装dftd4，同时也需要装mctc-lib。

如果你的网不好，手动去https://github.com/grimme-lab/mctc-lib  ...

单独下载压缩包后，放在cp2k的toolchain的build或者dftd4-3.6.0下面的buid文件夹都不好使啊。还是整了个能连github的机器安装好的

1305559799

wuy069 发表于 2024-8-20 09:15
单独下载压缩包后，放在cp2k的toolchain的build或者dftd4-3.6.0下面的buid文件夹都不好使啊。还是整了个 ...

我也试了，不好使，我的机子没网，现在不知道咋解决

乐平

1305559799 发表于 2024-8-26 09:15
我也试了，不好使，我的机子没网，现在不知道咋解决

安装 DFTD4 的前提是要安装 ninja

1305559799

乐平 发表于 2024-8-26 09:58
安装 DFTD4 的前提是要安装 ninja

ninja已经安装了，只是在安装DFTD4时需要联网下载mctc-lib，我机器的环境没有网络，不好解决

乐平

1305559799 发表于 2024-8-27 09:35
ninja已经安装了，只是在安装DFTD4时需要联网下载mctc-lib，我机器的环境没有网络，不好解决

先用自己的电脑在 GitHub 上下载 mctc-lib，
Retrieving mctc-lib revision v0.3.0 from https://github.com/grimme-lab/mctc-lib
注意，是 0.3.0 版




下载完之后，上传到你的服务器里，放在 cp2k-2024.2/tools/toolchain/build 目录下

然后重新编译，cp2k 会自动解压安装它【前提是，你之前 ninja 安装成功了】

1305559799

乐平 发表于 2024-8-27 11:22
先用自己的电脑在 GitHub 上下载 mctc-lib，
Retrieving mctc-lib revision v0.3.0 from https://github ...

手动下载放到这个目录下没用的，DFTD4不会在这里去找它；目前问题已自行解决了，需要下载解压放到DFTD4的解压后的源码目录里面

Santz

一个包含build的安装包，可用于离线安装CP2K-2024.2

wuy069

昨晚发布的修订版CP2K v2024.3
This is a minor release to fix an issue with the PW environment that can lead to stalls during MD .
Since this only affects MPI jobs, the ssmp binaries from the previous 2024.2 release are still up-to-date.