mmpbsa.py 计算残基能量问题

lily49

用amber16的mmpbsa.py计算Energy decomposition，脚本如下： &general startframe=1, endframe=60, interval=1, / &gb igb=5, saltcon=0.150, / &decomp idecomp=2, dec_verbose=3, print_res="1-710" 运行$AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i decom.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp com_sol.prmtop -cp com.prmtop -rp rep.prmtop -lp lig.prmtop -y 60.mdcrd 一直提示failed with prmtop com.prmtop! mdout文件提示FATAL: NATOM mismatch in coord and topology files 换了很多种方法生成去水复合物的com拓扑但一直是同样的报错。 受体蛋白中有一个Zn离子且保留一个水分子，配体是多肽。 请问哪里出了问题会导致com的拓扑一直报错呢？？

冷血

用ante-mmpbsa重新生成com.top

success

楼主解决了吗， 我也是报一样的错