动力学模拟固体在溶液当中的扩散过程中溶质结构出现变形

果果123 · 发表于 Post on 2023-2-9 21:11:22

本帖最后由果果123 于 2023-2-10 11:02 编辑

我这面需要模拟固体在溶液当中的扩散过程，先后进行了能量最小化——250ps 热平衡过程（溶质冻结）——250ps NVT（溶质冻结）——250ps NVT（溶质释放），在此过程中查看报错pdb文件发现结构变形，之后未检测是否是溶质分子的top文件和gro文件出现了错误，于是在真空下进行了能量最小化——250ps 热平衡过程（溶质释放）——250ps（溶质释放过程），在此过程中并没有发现溶质分子变形的情况。请问各位老师，还有可能是哪里出现了错误呢？下面是我计算用到的文件，gro为60*60*60的盒子中 1个V6O7(OC3H7)12 100个[NBu]4[PF6] 1650个CH3CN

em.mdp (409 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

md_heat_NVT(dongjie).mdp (696 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

md_NVT(dongjie).mdp (596 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

md_NVT.mdp (588 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

Pr.top (178.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-10 04:43:17

信息不充分
溶质具体是什么结构也不贴个图，别人也不知道变形了是什么样
sobtop产生的基于GAFF/UFF原子类型的拓扑文件没法在里面加入OPLS-AA的原子类型。都用GAFF多好，凡是OPLS-AA能描述的小分子靠GAFF都能描述。

问题排查方法看
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

nianbin · 发表于 Post on 2023-2-10 10:08:58

固体在液体中模拟？固体要不要考虑周期性？

果果123 · 发表于 Post on 2023-2-10 10:59:22

本帖最后由果果123 于 2023-2-10 11:04 编辑

nianbin 发表于 2023-2-10 10:08
固体在液体中模拟？固体要不要考虑周期性？

感谢你的回复我的表述可能有问题溶质最初是固体后续会溶解在溶剂中所以有一个冻结和释放的操作并且分子的比例是为了还原实验中的浓度关系如果考虑周期性溶剂分子数目可能较多我这面的机时不太够用所以我这面没有考虑固体的周期性

果果123 · 发表于 Post on 2023-2-10 19:47:27

本帖最后由果果123 于 2023-2-10 19:50 编辑

结构图和变形图如下

果果123 · 发表于 Post on 2023-2-10 19:48:26

本帖最后由果果123 于 2023-2-10 19:51 编辑

sobereva 发表于 2023-2-10 04:43
信息不充分
溶质具体是什么结构也不贴个图，别人也不知道变形了是什么样
sobtop产生的基于GAFF/UFF原子类 ...

感谢sob老师的回复变形的结构中拔掉了氧和烷基基团我这面又尝试了把冻结去掉发现依旧发生变形去掉限制没有输出pdb文件但是报错Segmentation fault (core dumped) gmx mdrun -nt $NSLOTS -v -deffnm md -ntmpi 1 去掉初速度设置选项依旧报同样的错误

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-10 23:34:11

果果123 发表于 2023-2-10 19:47
结构图和变形图如下

检查力场参数
看不出毛病的话，把V-O、O-V-O、V-O-V的力常数反复加大并不断尝试，直到形态能维持好为止

果果123 · 发表于 Post on 2023-2-11 08:44:51

sobereva 发表于 2023-2-10 23:34
检查力场参数
看不出毛病的话，把V-O、O-V-O、V-O-V的力常数反复加大并不断尝试，直到形态能维持好为止

好的感谢sob老师

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