请问SOMO轨道的制作是否正确？

yzy0326 · 发表于 Post on 2023-2-7 17:38:53

本帖最后由 yzy0326 于 2023-2-7 19:25 编辑

描述反应机理时，推测自由基中间体有I和II两种共振式（图1a），另外一个自由基中间体与其发生偶联反应时，可以发生在对位或者邻位。实验得到的产物是发生在对位的。计算方法是：UM06-2X/6-31G*

问题1：请问根据图1b的spin populations和图1c的mayer键级分析是不是就足够说明，另一个自由基偶联是更倾向于发生在对位（C1）上，而不是邻位(C2)上。

问题2：老板觉得spin populations和键级分析还不够，要求我做个SOMO轨道。我参考的是http://sobereva.com/448这篇文章中的2.2小节。请问我制作的结果是否正确？
在得到biortho.txt文件后，我选取的44号轨道做的图。

结合VMD做出的SOMO轨道如下：

这是制作SOMO轨道过程得到的biortho.txt文件。biortho.fch文件上传没成功。

biortho.txt (15.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)
这是优化得到的log文件

L.log (284.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-7 17:54:18

大致看了一下，应该没问题。但是最严格的做法还是找过渡态算活化自由能，在已经有自旋布居结果的情况下，画SOMO主要的意义是为了好看，不太能提供更多的信息。如果是过渡金属配合物，那SOMO倒是能提供比自旋布居更多的信息，例如单电子在dz2上还是dxz上。

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-7 19:04:07

不要试图上传fch文件，首页公告栏和置顶的社员必读贴都说了，较大文本文件必须先压缩再试图上传，还太大传网盘

如果你的自旋布居分析结果能解释实际算出来的势垒的差异，就可以在文中这么解释

Mayer键级的图里标重了

yzy0326 · 发表于 Post on 2023-2-7 19:15:46

wzkchem5 发表于 2023-2-7 17:54
大致看了一下，应该没问题。但是最严格的做法还是找过渡态算活化自由能，在已经有自旋布居结果的情况下，画 ...

多谢解答。谢谢

yzy0326 · 发表于 Post on 2023-2-7 19:16:42

sobereva 发表于 2023-2-7 19:04
不要试图上传fch文件，首页公告栏和置顶的社员必读贴都说了，较大文本文件必须先压缩再试图上传，还太大传 ...

嗯嗯，好的，多谢解答。我把图片修改一下。

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