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[Material Studio] Material Studio做分子动力学模拟后,如何进行分子质心分析及统计

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各位老师,最近刚学习使用MS进行MD模拟,是在Compass力场中完成的模拟,目前卡在了数据分析部分,我做的是二元共混体系的动力学模拟,分子中原子个数较多,请问:
      在做完模拟后,如何能获得两种分子各自的质心坐标数据?
      MS中是否有相关的模块可以完成对这种情况下分子质心的分析与统计并且能够输出质心坐标数据呢?

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发表于 Post on 2023-2-9 00:55:16 | 只看该作者 Only view this author
M$我不清楚,如果导出来轨迹载入VMD,原则上写VMD脚本很容易就能输出
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-9 19:31:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-9 00:55
M$我不清楚,如果导出来轨迹载入VMD,原则上写VMD脚本很容易就能输出

谢谢老师了,只要有能实现的路径就好办多了
那请问老师,对于二元共混体系的质心分析的VMD的脚本有没有案例可以参考一下呢?十分感谢!

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发表于 Post on 2023-2-10 03:04:36 | 只看该作者 Only view this author
茶色玻璃 发表于 2023-2-9 19:31
谢谢老师了,只要有能实现的路径就好办多了
那请问老师,对于二元共混体系的质心分析的VMD的脚本有没有 ...

不可能存在对你的体系直接就能用的脚本,必须自己写,改造别人的脚本也得有脚本编写常识

北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里专门系统详细讲VMD脚本的编写,课上讲的一堆例子里挑一个和质心分析相关的供参考:


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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