如何使用ATB得到GROMACS可识别的.top文件及.itp文件

UPC-Ning · 发表于 Post on 2021-7-12 18:06:15

各位老师好，我是运用分子动力学模拟的新人，想求助关于如何使用ATB得到GROMACS可识别的拓扑文件。我是在Materias Studio里建好需要的水，庚烷以及蒽酮紫-97结构，导出pdb文件，利用packmol组建了油水界面。

想咨询使用ATB时是需要将以上分子分别用ATB生成拓扑文件然后整合成一个.top文件嘛？这样原有油水界面体系.pdb文件中原子的Index顺序就不知道如何组装了。还是将packmol生成的.pdb直接用ATB产生拓扑文件呢？

感谢各位老师的不吝赐教，祝大家科研顺利！谢谢！

牧生 · 发表于 Post on 2021-7-12 19:59:56

基本思路这样的，因为ATB是联合原子的，所以建议使用服务器给出的gro来获得新的pdb，并使用ATB修改后的力场gromos54a7_atb.ff
将A传到ATB，得到A.itp A.gro，gmx editconf -f A.gro -o A.pdb命令得到A.pdb

将B传到ATB，得到B.itp B.gro,  gmx editconf -f A.gro -o A.pdb命令得到B.pdb

然后packmol，建立A+B的盒子，比如A,B各100个。

然后手写top文件，针对ATB的，一般可以这样

#include "gromos54a7_atb.ff/forcefield.itp"
#include "A.itp"
#include "B.itp"
#include "opc3.itp"    ；可以为别的种类的水模型
#include "ions.itp"       ;视情况要不要用离子
[ system ]
A+B in water
[ molecules ]
; Compound       nmols
A       100
B       100

然后向packmol得到的盒子加水 -cs命令（一般不用自己去生成水的top）

然后就得到了A+B的水溶液盒子，就可以进行能量最小，可以进行MD了

UPC-Ning · 发表于 Post on 2021-7-12 20:24:29

牧生发表于 2021-7-12 19:59
基本思路这样的，因为ATB是联合原子的，所以建议使用服务器给出的gro来获得新的pdb，并使用ATB修改后的力场 ...

感谢老师的热心与耐心指导我按照您的步骤来进行操作

UPC-Ning · 发表于 Post on 2021-7-12 23:10:07

牧生发表于 2021-7-12 19:59
基本思路这样的，因为ATB是联合原子的，所以建议使用服务器给出的gro来获得新的pdb，并使用ATB修改后的力场 ...

老师我在使用ATP时只能得到A.itp, A.top, A.top以及力场的压缩包文件并不能够得到A.gro文件。此外ATB不仅提供了联合原子，全原子也提供了。同时还要一个问题想问您就是editconf指令建立盒子后不会影响后期的packmol操作吧？

牧生 · 发表于 Post on 2021-7-13 07:36:58

是我粗心写错了

应该用红框内的itp和pdb文件，使用修改后的力场就行了。。

然后将pdb加入到设定大小的盒子就行了。
editconf和packmol都可以建立盒子，选择其中一种方法就行了。

UPC-Ning · 发表于 Post on 2021-7-13 09:24:06

牧生发表于 2021-7-13 07:36
是我粗心写错了

应该用红框内的itp和pdb文件，使用修改后的力场就行了。。

再次感谢老师的细心指导！

李鱼儿 · 发表于 Post on 2021-9-3 18:25:25

牧生发表于 2021-7-12 19:59
基本思路这样的，因为ATB是联合原子的，所以建议使用服务器给出的gro来获得新的pdb，并使用ATB修改后的力场 ...

请问能量最小化时报错 no such moleculetype A怎么办呢

牧生 · 发表于 Post on 2021-9-3 18:47:57

李鱼儿发表于 2021-9-3 18:25
请问能量最小化时报错 no such moleculetype A怎么办呢

说说你的详细操作步骤

李鱼儿 · 发表于 Post on 2021-9-8 16:57:54

牧生发表于 2021-9-3 18:47
说说你的详细操作步骤

谢谢您的回复，已经解决了，我太粗心了拓扑文件有一个地方没有改

wangdafeixh · 发表于 Post on 2021-10-26 16:14:55

牧生发表于 2021-7-13 07:36
是我粗心写错了

应该用红框内的itp和pdb文件，使用修改后的力场就行了。。

老师您好，我需要用小分子的gro文件和蛋白质的gro文件一起构建复合物，请问根据上述操作后，如何生成小分子的gro文件？

wangdafeixh · 发表于 Post on 2021-10-30 10:21:46

李鱼儿发表于 2021-9-8 16:57
谢谢您的回复，已经解决了，我太粗心了拓扑文件有一个地方没有改

您好，我也出现了相同的问题，请问您是怎么修改的？

tytzqtian123 · 发表于 Post on 2023-10-20 12:00:58

请教一下，使用二楼提供的top文件格式，atoms/moleculetype等字段如何补齐？我在添加离子中gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral 只更新了top文件，而没有新生成gro文件。我想着应该是top文件缺少对具体分子的补齐造成的？

zhangfaxue · 发表于 Post on 2023-11-23 21:46:13

牧生发表于 2021-7-12 19:59
基本思路这样的，因为ATB是联合原子的，所以建议使用服务器给出的gro来获得新的pdb，并使用ATB修改后的力场 ...

请问ATB得到的PDB文件用PACKMOL建模时残基名称全部变为MOL,然后用pdb2gmx生成gro时显示残基名称不存在应该怎么处理？已下载ATB提供的力场并在top文件里面include各个itp文件

牧生 · 发表于 Post on 2023-11-24 07:13:14

zhangfaxue 发表于 2023-11-23 21:46
请问ATB得到的PDB文件用PACKMOL建模时残基名称全部变为MOL,然后用pdb2gmx生成gro时显示残基名称不存在应 ...

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