计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1779|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] 求助用cp2k跑MD,结构变化很小

[复制链接 Copy URL]

181

帖子

0

威望

731

eV
积分
912

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
请问各位老师,我的体系是包含二十个金属的分子和1000个水分子的体系(本身是零维材料),跑MD四百多步发现结构无明显变化,键长变化0.003,并且水分子位置没有变化,请问是我参数设置有问题,还是什么原因呢?附件是输入文件

Ag15 H-5.inp

4.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 7

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-3-14 10:25:12 | 只看该作者 Only view this author
若无特殊情况,热浴一律用CSVR
注意监控温度,很低的话自然动不起来。为了让体系较快达到平衡,预平衡阶段一般要设较小的热浴时间常数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

181

帖子

0

威望

731

eV
积分
912

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-14 15:09:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-14 10:25
若无特殊情况,热浴一律用CSVR
注意监控温度,很低的话自然动不起来。为了让体系较快达到平衡,预平衡阶段 ...

谢谢老师,温度我设置300K,但是一开始升到了800多K,慢慢开始回落,还没有到目标温度300K。我根据文献使用的都是 Nos´e–Hoover thermostat 方法,并且目前没有进行预平衡。请问老师,是需要设置一段时间的预平衡吗还是直接改用CSVR的热裕方法?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2023-3-14 21:32:48 | 只看该作者 Only view this author
chen0201 发表于 2023-3-14 15:09
谢谢老师,温度我设置300K,但是一开始升到了800多K,慢慢开始回落,还没有到目标温度300K。我根据文献使 ...

始终用CSVR,无论预平衡还是正式的MD。只要有了温度,除非你对原子做了冻结,原子不可能一丁点都不动
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 07:27 , Processed in 0.168238 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list