mdrun运行时的线程数问题

科研小白123 · 发表于 Post on 2021-1-4 18:22:29

老师您好，目前在自学gromacs，租借的计算集群做gromacs的溶菌酶教程。
使用的是编译后的2019.6版本，纯CPU计算。
最初分配的资源是16核CPU，运行没有问题，如图：

CPU核数增加为32后，出现下图问题：运行被终止。
而在32核的条件下，若指定16核，可以运行程序：。
向有经验的师兄咨询之后，回复说该体系没有满足“多线程并行”的条件。
请老师指导。

snljty · 发表于 Post on 2021-1-4 22:51:55

本帖最后由 snljty 于 2021-1-5 09:25 编辑

把-nt和它的参数删掉，尝试不同的-ntmpi和-ntomp组合，两者后面的参数乘积等于原来的-nt的参数试试。另外，你贴图的方式不对，看一下论坛的指定贴怎me正确贴图~

王寓于 · 发表于 Post on 2021-1-5 09:22:29

论坛里有一篇帖子专门测试过gromacs效率问题，你可以找一下

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-5 14:06:14

看我培训班幻灯片，补充点基本知识自然就知道怎么回事

科研小白123 · 发表于 Post on 2021-1-8 11:09:31

snljty 发表于 2021-1-4 22:51
把-nt和它的参数删掉，尝试不同的-ntmpi和-ntomp组合，两者后面的参数乘积等于原来的-nt的参数试试。另外， ...

谢谢老师，通过不同的-ntmpi和-ntomp组合，最后的32核CPU可以全部用上.感谢

科研小白123 · 发表于 Post on 2021-1-8 11:10:15

sobereva 发表于 2021-1-5 14:06
看我培训班幻灯片，补充点基本知识自然就知道怎么回事

好的，谢谢老师

科研小白123 · 发表于 Post on 2021-1-8 11:11:39

王寓于发表于 2021-1-5 09:22
论坛里有一篇帖子专门测试过gromacs效率问题，你可以找一下

好的，谢谢老师

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[GROMACS] mdrun运行时的线程数问题