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[GROMACS] 求助,如图这种自构建纤维素双链如何选择力场用GROMACS做动力学比较合适?

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本帖最后由 dahai7719 于 2024-4-10 10:57 编辑

sob老师好:如图中这种纤维素双链的伯羟基被双四唑环酯化桥接后,部分羟基被硝化,部分羟基与羟胺形成强H键,如果用GROMACS做乙醇:丙酮=1:1溶剂环境下的动力学,比较疑惑选择什么力场比较合适?纤维素属于糖类,但本身有接有双四唑环结构,而且还有硝基和与羟胺形成的H键,可以直接仿照sobtop官网上例5:产生聚合度为40的氯丁二烯聚合物的拓扑文件的做法进行么?谢谢老师解惑

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发表于 Post on 2024-4-11 01:00:57 | 只看该作者 Only view this author
虽然可以尝试用GAFF试一下,但效果未必理想,特别是中间双四唑那部分区域,GAFF自身没有很合适的参数
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-11 07:43:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-11 01:00
虽然可以尝试用GAFF试一下,但效果未必理想,特别是中间双四唑那部分区域,GAFF自身没有很合适 ...

好的,谢谢sob老师解答!

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