请问用Sobtop得到的拓扑文件对称位置的二面角参数不相同怎么修正

Yoghurt · 发表于 Post on 2023-7-3 09:07:07

本帖最后由 Yoghurt 于 2023-7-3 11:34 编辑

请教大家，用Sobtop生成分子拓扑文件时，分子是对称的，得到RESP电荷时从外部文件做了等价性设置，但是itp文件中，完全对称位置的二面角参数（C5-C4-C17-S21和C1-C3-C13-S22）差别很大，请问是什么原因，怎么修正，谢谢~~

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-3 09:17:49

把结构文件贴出来，并且把sobtop里输入的所有命令也贴出来
当前对5-4-17-21没有指认成X-c2-ca-X的参数所以不同

1 3 13 22 9 180.000 2.92880 2 ; C1-C3-C13-S22, prebuilt X-c2-ca-X
5 4 17 21 2 -46.540 5.511690E+02 ; C5-C4-C17-S21, mSeminario method

Yoghurt · 发表于 Post on 2023-7-3 11:38:59

sobereva 发表于 2023-7-3 09:17
把结构文件贴出来，并且把sobtop里输入的所有命令也贴出来
当前对5-4-17-21没有指认成X-c2-ca-X的参数所以 ...

谢谢老师。mol2文件已上传。Sobtop的命令为7-18-5-1-eqvons.txt-2-y。麻烦指点一下哪个步骤能指认成X-c2-ca-X的参数呢。

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-3 11:41:53

Yoghurt 发表于 2023-7-3 11:38
谢谢老师。mol2文件已上传。Sobtop的命令为7-18-5-1-eqvons.txt-2-y。麻烦指点一下哪个步骤能指认成X-c2- ...

你贴的是Multiwfn的命令而不是sobtop的

gview里可看到这两个键的特征不同，把右边的调成和左边相同，然后保存mol2再给sobtop用

Yoghurt · 发表于 Post on 2023-7-3 12:05:31

sobereva 发表于 2023-7-3 11:41
你贴的是Multiwfn的命令而不是sobtop的

gview里可看到这两个键的特征不同，把右边的调成和左边相同， ...

不好意思，命令混淆了。
Sobtop的命令为4thf.mol2——7——10——4thf.chg——0——2——回车——1——2——7——4thf.fchk——回车——回车。
我测试一下把mol2中的成键修正成真实的几重键。之前没有修正因为看到教程中说Sobtop只识别有没有键，可能理解有误。
多谢老师。

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