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[GROMACS] 求助,做蛋白质-配体复合物的限制性动力学时出现报错,称找不到配体的位置限制wen'...

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各位老师,我在做蛋白质-配体的相互作用,其中在限制性动力学过程中出现报错(如图),我的配体的.itp和.top文件是在sobtop中生成的,其中配体的.itp文件中的[atomtypes]部分挪到了ffnonbonded.itp中,且"#ifdef POSRES#include "posre_btn1.itp
#endif"也插入到btn2.itp末尾
请问为什么会出现如图报错呢

202302231434497603..png (58.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

202302231434497603..png

btn1.top

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btn2.itp

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porse_btn1.itp

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topol.top

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发表于 Post on 2023-2-23 15:51:25 | 只看该作者 Only view this author
你topol文件中itp的顺序与molecules中物质的顺序保持一致试试看?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-23 18:39:30 | 只看该作者 Only view this author
confidence 发表于 2023-2-23 15:51
你topol文件中itp的顺序与molecules中物质的顺序保持一致试试看?

仍然报错

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发表于 Post on 2023-2-24 05:59:18 | 只看该作者 Only view this author
itp文件没找到,显然检查路径问题
如果那个itp没放在当前目录下,就放到当前目录下,或者include时候用绝对路径。如果本来就用不着位置限制,不include也可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-24 10:27:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 qingqingdong 于 2023-2-24 10:28 编辑
sobereva 发表于 2023-2-24 05:59
itp文件没找到,显然检查路径问题
如果那个itp没放在当前目录下,就放到当前目录下,或者include时候用绝 ...
E:\S\Complex\b-a\P-Ligand
这些文件都是放在一个文件夹里的

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1677205596445.jpg

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