pdb2gmx如何识别非蛋白、核酸的残基?

liuzejiang

在下希望得到超高分子量(20000以上)的聚合物拓扑文件，自写了聚合物的单体残基的.rtp文件，先后尝试放到charmm27、oplsaa力场中用pdb2gmx命令后提示无法将其识别为Protein/DNA/RNA,修改过残基类型文件residuetypes.dat、键参数文件ffbonded.itp仍不起作用。
求教各位大佬，像这种不属于蛋白核酸的有机高分子聚合物的单体残基怎么用pdb2gmx得到拓扑呢?

------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
我的PDB文件如下，结构式为(CH3-O-CH2-CH2)-(O-CH2-CH2)-(O-CH2-CH3)
REMARK   This PDB file was created by CS Chem3D.
SEQRES   1      1  PEG
ATOM    1  C1    PEGmid         1      -0.623  -0.638  -0.020                      C
ATOM    2  C2    PEGmid         1       0.245  -1.887  -0.009                      C
ATOM    3  C1    PEGend         1       0.134  -4.224   0.020                      C
ATOM    4  C2    PEGend         1      -0.851  -5.389   0.041                      C
ATOM    5  C2    PEGhead       1      -0.511   1.699  -0.039                       C
ATOM    6  C1    PEGhead       1       0.474   2.859  -0.045                       C
ATOM    7  C0    PEGhead       1       0.600   5.195  -0.055                       C
ATOM    8  H23   PEGend        1      -0.315  -6.365   0.051                      H
ATOM    9  H21   PEGmid        1       0.893  -1.891   0.899                       H
ATOM   10  O1    PEGend        1      -0.591  -3.018   0.008                       O
ATOM   11  O1    PEGmid        1       0.213   0.493  -0.030                       O
ATOM   12  O1    PEGhead      1      -0.248   4.066  -0.051                       O
ATOM   13  H11   PEGmid       1      -1.268  -0.632  -0.929                       H
ATOM   14  H12   PEGmid       1      -1.266  -0.615   0.891                       H
ATOM   15  H21   PEGhead     1       -1.152   1.741  -0.949                      H
ATOM   16  H22   PEGmid       1       0.885  -1.912  -0.921                      H
ATOM   17  H11   PEGend       1       0.771  -4.284  -0.892                      H
ATOM   18  H12   PEGend       1       0.780  -4.261   0.927                      H
ATOM   19  H21   PEGend       1      -1.511  -5.372  -0.857                      H
ATOM   20  H22   PEGend       1      -1.502  -5.349   0.945                      H
ATOM   21  H22   PEGhead     1      -1.153   1.753   0.871                      H
ATOM   22  H11   PEGhead     1       1.117   2.817   0.865                      H
ATOM   23  H12   PEGhead     1       1.116   2.807  -0.955                      H
ATOM   24  H01   PEGhead     1      -0.039   6.106  -0.060                      H
ATOM   25  H02   PEGhead     1       1.232   5.206   0.861                      H
ATOM   26  H03   PEGhead     1       1.235   5.198  -0.969                      H
TER
CONECT    1    2   11   13   14
CONECT    2    1   10    9   16
CONECT    3    4   10   17   18
CONECT    4    3    8   19   20
CONECT    5    6   11   15   21
CONECT    6    5   12   22   23
CONECT    7   12   24   25   26
CONECT    8    4
CONECT    9    2
CONECT   10    2    3
CONECT   11    1    5
CONECT   12    6    7
CONECT   13    1
CONECT   14    1
CONECT   15    5
CONECT   16    2
CONECT   17    3
CONECT   18    3
CONECT   19    4
CONECT   20    4
CONECT   21    5
CONECT   22    6
CONECT   23    6
CONECT   24    7
CONECT   25    7
CONECT   26    7
END
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
自定义的非标准残基文件PEG.rtp如下：
[ bondedtypes ]
; bonds  angles  dihedrals  impropers all_dihedrals nrexcl HH14 RemoveDih
     1       5          9        2        1           3      1     0

[ PEGhead ]
[ atoms ]
  C0     CTL3   -0.100     1
  H01    HA3   0.090       1
  H02    HA3    0.090      1
  H03    HA3    0.090      1
  O1     OS     -0.339     1
  C1     CTL2   -0.011     1
  H11    HA2    0.090      1
  H12    HA2    0.090      1
  C2     CTL2   -0.011     1
  H21    HA2    0.090      1
  H22    HA2    0.090      1
[ bonds ]
C0    O1  
C0    H01  
C0    H02   
C0    H03
O1    C1  
C1    H11  
C1    H12   
C1    C2  
C2    H21  
C2    H22        
C2    +O1

[ PEGmid ]
[ atoms ]
  O1     OS    -0.338     1
  C1     CTL2  -0.011     1
  H11    HA2   0.090      1
  H12    HA2   0.090      1  
  C2     CTL2  -0.011     1
  H21    HA2   0.090      1
  H22    HA2   0.090      1
[ bonds ]
-C2   O1
O1    C1  
C1    H11  
C1    H12   
C1    C2  
C2    H21  
C2    H22      
C2    +O1


[ PEGend ]
[ atoms ]
  O1     OS    -0.338     1
  C1     CTL2  -0.014     1
  H11    HA2   0.090      1
  H12    HA2   0.090      1  
  C2     CTL2  0.162      1
  H21    HA3   0.090      1
  H22    HA3   0.090      1
  H23    HA3   0.090      1
[ bonds ]
-C2   O1
O1    C1  
C1    H11  
C1    H12   
C1    C2  
C2    H21  
C2    H22  
C2    H23     


---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
加氢文件PE.hdb如下：
PEGhead        3
3        4        H0        C0        O1        C1        
2        6        H1        C1        O1        C2               
2        6        H2        C2        C1        +O1               
PEGmid        2        
2        6        H1        C1        O1        C2               
2        6        H2        C2        C1        +O1        
PEGhead        2        
2        6        H1        C1        O1        C2               
3        4        H2        C2        C1        O1        
        

------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
终端输入：gmx pdb2gmx -f PEG3.pdb -o PEG3.gro -ignh -water tip3p -ter -ff charmm27

报错：
Warning: No residues in chain starting at PEGm0 identified as Protein/RNA/DNA.
This makes it impossible to link them into a molecule, which could either be
correct or a catastrophic error. Please check your structure, and add all
necessary residue names to residuetypes.dat if this was not correct.
Problem with chain definition, or missing terminal residues.
This chain does not appear to contain a recognized chain molecule.
If this is incorrect, you can edit residuetypes.dat to modify the behavior.


Fatal error:
Residue 'PEGm' not found in residue topology database

wuzhiyi

把文件、错误贴出来 搞这个没有问题 应该是你的设置问题

liuzejiang

wuzhiyi 发表于 2020-4-14 17:28
把文件、错误贴出来 搞这个没有问题 应该是你的设置问题

谢谢，我已按阁下的要求附上文件和报错信息。

wuzhiyi

residuetypes.dat 没有贴

liuzejiang

wuzhiyi 发表于 2020-4-14 21:19
residuetypes.dat 没有贴

谢谢，我已经解决了。
由于pdb格式对列间距、空行、对齐有严格的限制，而我的pdb格式不严谨，导致残基名称只被机器读取了一半。

sio

liuzejiang 发表于 2020-4-15 17:31
谢谢，我已经解决了。
由于pdb格式对列间距、空行、对齐有严格的限制，而我的pdb格式不严谨，导致残基名 ...

请问具体是什么样的？有网站说明吗？

Frozen-Penguin

sio 发表于 2022-4-23 11:29
请问具体是什么样的？有网站说明吗？

https://www.cgl.ucsf.edu/chimera ... rials/pdbintro.html

sio

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-23 19:14
https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/pdbintro.html

感谢，后来我再手册里找到了。

18231865105

Frozen-Penguin 发表于 2022-4-23 19:14
https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/tutorials/pdbintro.html

感谢

LR241308

想请教一下几个问题：1.自定义的非标准残基文件rtp和加氢的hdb文件是怎么得到的呢？2.需要把这两个文件放在什么位置呢？我用的是opsl力场，初次接触，能麻烦你帮我解答一下吗？非常感谢