小分子晶体中氢原子的限制性优化

光子

各位老师同学大家好，我现在有一个晶体的cif文件，想算一下分子间相互作用力。想问问大家，这种情况下需要建立超晶胞去优化晶胞中所有的氢原子吗？还是仅仅优化这一个分子就足够呢？

sobereva

分清楚相互作用能和相互作用力，仔细看此文
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

说清楚对什么条件下进行计算，真空、溶液还是晶体状态

仅对于算晶体结构下的相互作用能才需要用晶体结构。此时需要优化氢原子，这和用不用超胞没直接关系，诸如CP2K等程序可以考虑k点对小晶胞直接优化氢原子，比起用同等倍数的超胞只考虑gamma点快得多。

如果是真空下或溶液下计算，需要用molclus搜索二聚体/多聚体再计算相互作用能，看
molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

光子

sobereva 发表于 2023-2-25 02:46
分清楚相互作用能和相互作用力，仔细看此文
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/29 ...

sob老师好，我描述的不太准确。我想看的是晶体分子间的相互作用方式以及强弱，然后让它以图像的方式展现出来。看了您哔站上做的Hirshfeld surfaces分析以后，有了一些想法，谢谢sob老师。