cp2k-AIMD模拟吸附解离的相关几个问题请教

Aridea

各位大佬，我做了电极材料对A2B离子化合物的静态吸附，打算加溶剂和温度做个AIMD；目前先试着做了不加溶剂的，默认真空，给200fs到达298k的目标温度，跑了1200fs，起始态给的是把A2B放在slab表面3A左右的地方，轨迹显示A2B逐渐靠近slab，最后两个A-B键断裂一个，断掉的A飞到slab上方~8A高度的真空区，剩下的AB部分吸附在slab上，目前有以下几个问题：
1.全程温度控制不是很稳定，一直在350K 正负70K波动，和298K有点差距，键已经断了温度还没控下来

2.最想知道的是这种情况下的AIMD模拟能做那些有用的分析呢？不同slab体系如何比较他们的优劣呢

3.因为解离的A部分飞出了盒子外，如何在vmd里加非正交盒子，让A的轨迹一直跑出周期边界会在另一个边界出现呢，或者找最短间距的时候考虑周期性呢

4.最后，想请教一下这个体系做AIMD是否有必要加溶剂，如果加，是否需要给slab表面一层显式溶剂，溶剂中的碱金属离子要不要给呢。我试着摆了一下，因为slab 14A的边长比较小，3个溶剂分子就把slab给占满了。这种情况下能否只加隐式溶剂呢，cp2k里的SCCS溶剂模型除了必须的介电常数，是否有必要加上非极性相关的参数呢， 这里溶剂模型的GAMMA [mN/m] 大概是表面张力，那 ALPHA [N*m^-1] 和 BETA [kbar] 指的什么呀

问题有点多，第一次做AIMD，先拜谢了~

dmh1998dmh

第一个问题，你用的是什么thermostat、timecon和timestep的取值，这和热平衡都有关系。以及，1.2ps的弛豫时间是不是有些短？

Aridea

dmh1998dmh 发表于 2021-11-4 08:20
第一个问题，你用的是什么thermostat、timecon和timestep的取值，这和热平衡都有关系。以及，1.2ps的弛豫时 ...

NVT系综
timestep: 1fs
thermostat: CSVR
timecon 200 fs
1.2ps是为了省时间，考虑200fs的时候键已经断裂了，感觉加时间意义不大，不知是否有必要追加呀

社会主义小战士

Aridea 发表于 2021-11-4 15:44
NVT系综
timestep: 1fs
thermostat: CSVR

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