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[GROMACS] 眼球晶状体膜和蛋白结合模拟选用什么MD软件合适

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毕业设计老师让研究 α晶体蛋白(alpha-crystallin)和人眼晶状体膜的蛋白质分子动力学,之前没有学习过分子动力学,老师让使用 Amber 来做,但是跟了两个 Amber 的教程(官方教程)以后发现做不出来,数据直接使用教程里的,软件版本一致也不行。在考虑和老师商量改用 GROMACS,感觉 GROMACS 用的人多,教程也更多,不知道可行性如何,没有学习过这方面知识,可能表述存在问题,希望各位能给点建议

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发表于 Post on 2023-3-9 13:33:59 | 只看该作者 Only view this author
可以用Amber力场,没有必要用Amber软件,目前分子动力学主流软件是Gromacs和NAMD,支持的模拟技巧多,计算效率也高。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-9 13:44:58 | 只看该作者 Only view this author
ys_song 发表于 2023-3-9 13:33
可以用Amber力场,没有必要用Amber软件,目前分子动力学主流软件是Gromacs和NAMD,支持的模拟技巧多,计算 ...

嗯嗯,感谢,打算今晚和导师商量下

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发表于 Post on 2023-3-9 16:14:15 | 只看该作者 Only view this author
用GROMACS是首选
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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