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[综合交流] 求助如何计算重复模拟结果的平均RMSD

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楼主
大佬们好,纯动力学小白,疑问如题,按审稿意见补充了纯蛋白以及蛋白质和配体的三次动力学模拟,之后审稿人要求以这三次的RMSD/RMSF结果计算平均RMSD/RMSF(calculate average RMSD /RMSF),我准备用Xmgrace直接计算平均值,请问这么做可以吗,还是有更规范的做法?另外审稿人还要求了show the RMSF for the ligand (not for the protein residues),请问这个是只针对配体计算RMSF就可以吗,横轴应该用atom?


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发表于 Post on 2023-3-17 03:31:32 | 只看该作者 Only view this author
可以

是。给出配体整体的值就够了,没必要分解到原子上
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-17 09:24:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-17 03:31
可以

是。给出配体整体的值就够了,没必要分解到原子上

好的,十分感谢sob老师

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