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[GROMACS] 请问gromacs跑蛋白与其抑制剂出现这样的氢键分布正常吗

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各位老师好,我用gromacs跑了一个蛋白与其抑制剂的md,蛋白和配体的氢键数量如图所示,请问这样的结果正常吗?我用多酚对接时的氢键数目都比这个抑制剂的结果要密集,这是该蛋白已经明确效果用于药用的抑制剂,结果氢键数量很少。




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发表于 Post on 2023-2-28 02:12:17 | 只看该作者 Only view this author
在VMD里载入轨迹,drawing method设为Hbond,将图像与上图结合分析,自然就清楚怎么回事。
记得把氢键判据设得相同(VMD判断氢键键角的用的键角定义和习俗不同)
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发表于 Post on 2023-3-12 00:18:27 | 只看该作者 Only view this author
你好,我模拟的是p450酶和底物相互作用,现在需要转到p450酶和抑制剂相互作用,也可以用分子动力学模拟方向来研究吗?如何是不可逆抑制剂,抑制剂和活性中心血红素共价连接,是否需要把抑制剂和血红素看作是一个整体重新算一下力场,然后再进行MD?
我刚拿到这个研究方向,你能给推荐一篇相关得文献吗?
非常感谢

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