MD RMSD分析结构稳定问题

yuanen · 发表于 Post on 2021-6-3 15:22:42

本帖最后由 yuanen 于 2021-6-3 15:30 编辑

本人GROMACS入门小白，想请教一下做金属与有机小分子结合（练手)通过GROMACS的rms命令得到RMSD图如下：
1，关于有机分子的结构是否稳定，虽然在一定值上下波动，但感觉波动范围偏大（0.5埃）
2，将有机小分子和金属写在一个组内整体的RMSD，波动范围更大了（6埃）3，有机小分子（33个原子）通过编辑参数添加到CHARMM27中
请问这是正常的吗？是什么因素引起的？不太清楚，还请帮忙解答

panernie · 发表于 Post on 2021-6-3 19:20:37

你的体系没有说清楚。如果你的体系为多个一种小分子，想研究它在某金属溶液（确定金属的浓度）中与某金属的结合情况。你可以测金属在小分子周围分布的径向函数。在MD中，如果没有对金属做约束，那么这个离子很显然是个自由移动状态。

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-4 09:12:11

哪怕是刚性有机小分子，由于热运动，结构自然也会有波动。在VMD里对小分子做align，把多帧同时显示出来就可以清楚地看出小分子的波动情况，比看RMSD直观得多

“有机小分子和金属写在一个组内整体的RMSD”这没有意义，本来金属就可以在小分子附近倒处晃悠。除非你是指配合物那种金属和配体位置关系保持固定的情况。

yuanen · 发表于 Post on 2021-6-4 09:21:54

本帖最后由 yuanen 于 2021-6-4 09:41 编辑

panernie 发表于 2021-6-3 19:20
你的体系没有说清楚。如果你的体系为多个一种小分子，想研究它在某金属溶液（确定金属的浓度）中与某金属的 ...

感谢回答，现在只是一个有机分子和一个金属离子在水模型下跑MD，我是通过直接将金属离子摆放在可能的结合位点，通过观察轨迹文件我发现金属离子与有机小分子是同步移动的。
关于对金属做约束，是什么约束？

yuanen · 发表于 Post on 2021-6-4 09:40:43

sobereva 发表于 2021-6-4 09:12
哪怕是刚性有机小分子，由于热运动，结构自然也会有波动。在VMD里对小分子做align，把多帧同时显示出来就可 ...

感谢回答也就是说关于有机小分子的波动可以暂时看做是合理的，我现在就是直接做的金属与有机分子的配合物这种所以才有这样的疑惑，是缺少什么设置吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-5 10:15:19

yuanen 发表于 2021-6-4 09:40
感谢回答也就是说关于有机小分子的波动可以暂时看做是合理的，我现在就是直接做的金属与有机分子的配合 ...

我不知道你说的设置是什么
看轨迹，根据基本常识解释计算出的和结构有关的数据

yuanen · 发表于 Post on 2021-6-6 18:56:19

sobereva 发表于 2021-6-5 10:15
我不知道你说的设置是什么
看轨迹，根据基本常识解释计算出的和结构有关的数据

好的，我再查考一下看看

xingbb · 发表于 Post on 2022-6-27 21:03:32

请问各位老师，模拟体系的平均RMSD值，是否就是得到的rmsd.xvg文件最后一行的数值呢？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-6-27 21:08:45

xingbb 发表于 2022-6-27 21:03
请问各位老师，模拟体系的平均RMSD值，是否就是得到的rmsd.xvg文件最后一行的数值呢？

不是，最后一行是最后一帧的rmsd

xingbb · 发表于 Post on 2022-6-28 08:52:16

Frozen-Penguin 发表于 2022-6-27 21:08
不是，最后一行是最后一帧的rmsd

好的，谢谢您！请问我想要得到平均rmsd是需要自己去拟合吗

科大小盒 · 发表于 Post on 2023-3-13 18:54:08

大佬您好，我目前是一名gromacs小白，想用二价铁离子和铁蛋白跑gromacs，想和您请教下相关操作。

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