新手求助MOFs结构优化问题

zhoufan88 · 发表于 Post on 2016-6-7 15:37:30

各位老师们有没有谁作过MOFs的分子模拟计算的，我现在想得到MIL-101(Cr)的一个cluster的优化结构，刚开始是自己在GV,MS里画结构，也试着调整了各种结构参数，可是优化结果都是无法收敛，后来我们找到它的cif文件，从cif文件中取出一个金属中心的cluster，再优化（HF/3-21G）,结果金属周围的键都断了，还是无法得到优化结构。目前我们已经无计可施，还请知道的大神不吝赐教。先行谢过！

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-8 04:54:37

传个输入输出文件看一下就清楚了（输出文件若超过2MB先压缩），没准初始模型或关键词或计算级别不合理。过渡金属靠3-21G也没法正确描述，HF计算量和DFT一样，何不用精度明显更好的DFT？

14xlliu · 发表于 Post on 2016-6-8 09:29:38

我直接用MS优化单晶胞。

zhoufan88 · 发表于 Post on 2016-6-13 09:41:23

sobereva 发表于 2016-6-8 04:54
传个输入输出文件看一下就清楚了（输出文件若超过2MB先压缩），没准初始模型或关键词或计算级别不合理。过 ...

老师，附件中就是我们模拟的输入和输出文件。其中输入文件是从MIL101(Cr)的cjf文件中截取出来的，即使这样，还是无法得到它的优化结构，GV查看输出文件发现过渡金属周围的键部分断裂了，这背离了MOF的稳定结构。请老师帮我们看看问题出在哪，谢谢老师。

zhoufan88 · 发表于 Post on 2016-6-13 09:44:56

14xlliu 发表于 2016-6-8 09:29
我直接用MS优化单晶胞。

请问你们的晶胞是从文献中找到的CJF文件吗，我们找到的cjf文件中原子数达到1000多个。

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-13 10:23:42

zhoufan88 发表于 2016-6-13 09:41
老师，附件中就是我们模拟的输入和输出文件。其中输入文件是从MIL101(Cr)的cjf文件中截取出来的，即使这 ...

你不用管gv判断是否成键。那是根据距离经验性地判断，经常判断有误。你就看配位键的距离是否还在合理范围内就行了。
另外你用的基组很不合理，如果计算机性能不足，建议金属用Lanl2DZ，配位原子用6-31G*，其余的再用3-21G，别都用3-21G，这基组太烂。

zhoufan88 · 发表于 Post on 2016-6-13 11:01:09

sobereva 发表于 2016-6-13 10:23
你不用管gv判断是否成键。那是根据距离经验性地判断，经常判断有误。你就看配位键的距离是否还在合理范围 ...

好的，受益匪浅，谢谢老师。
还有，老师，我还没做过一个分子中不同的原子用不同的基组的情况，您那有没有什么博客或者教材什么的。请老师指教。

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-13 12:17:37

zhoufan88 发表于 2016-6-13 11:01
好的，受益匪浅，谢谢老师。
还有，老师，我还没做过一个分子中不同的原子用不同的基组的情况，您那有没 ...

详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

zhoufan88 · 发表于 Post on 2016-6-14 10:26:58

sobereva 发表于 2016-6-13 12:17
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

好的，非常感谢老师。

14xlliu · 发表于 Post on 2016-6-15 21:31:05

zhoufan88 发表于 2016-6-13 09:44
请问你们的晶胞是从文献中找到的CJF文件吗，我们找到的cjf文件中原子数达到1000多个。

嗯，我是从文献中下的cif文件，我的没你的那么大。

zjs09070412 · 发表于 Post on 2016-6-20 22:39:14

sobereva 发表于 2016-6-13 10:23
你不用管gv判断是否成键。那是根据距离经验性地判断，经常判断有误。你就看配位键的距离是否还在合理范围 ...

老师您好，优化后的结构用GV打开没有成键，这样即使配位距离在合理范围内，结果也不收敛啊，这样的话能进行后续的计算吗？希望老师帮忙，谢谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-20 23:41:26

zjs09070412 发表于 2016-6-20 22:39
老师您好，优化后的结构用GV打开没有成键，这样即使配位距离在合理范围内，结果也不收敛啊，这样的话能进 ...

显示不显示成键，跟能否收敛（无论是SCF收敛还是几何优化收敛）、结果是否合理根本没必然关系

zhoufan88 · 发表于 Post on 2016-6-21 10:43:43

sobereva 发表于 2016-6-13 12:17
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

老师好，我们的MOF（MIL101(Cr)）优化时，按照您说的改成了混合基组，但结果还是不收敛，输入输出文件见附件。其中输入文件还是直接从其CIF文件中截取出来的。请老师帮我们看看问题出在哪。谢谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-21 15:00:01

zhoufan88 发表于 2016-6-21 10:43
老师好，我们的MOF（MIL101(Cr)）优化时，按照您说的改成了混合基组，但结果还是不收敛，输 ...

结构建得很诡异，比如C23上怎么还连着一个氢？
诡异的结构是很难SCF收敛的。本身含过渡金属的体系就不容易收敛，再加上配体都很诡异，更收敛不了了。

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