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[辅助/分析程序] 成轴对称环结构的二聚体,使用dimerscan程序做势能面扫描的准备工作

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本帖最后由 liuhui1118 于 2023-3-16 08:39 编辑

大家好,本人现在遇到的问题是:
本人做了一个二聚体,优化出的结构是轴对称的结构,有两组性质相同的相互作用,形成六元环。单体有20个原子。二聚体中两组相互作用的原子标号分别是19,38和18,39。
现在需要做势能面扫描,但是dimerscan程序好像不能输入两组原子标号。
请问该怎么操作?或者用其他方法(主客体复合物,构建虚拟坐标)?

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发表于 Post on 2023-3-14 16:55:19 | 只看该作者 Only view this author
描述得太抽象,给个图就清楚了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-14 19:20:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-14 16:55
描述得太抽象,给个图就清楚了

老师您好,我已经将图放到了前面。

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发表于 Post on 2023-3-14 21:42:31 | 只看该作者 Only view this author
liuhui1118 发表于 2023-3-14 19:20
老师您好,我已经将图放到了前面。

把原子序号标上去
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-15 18:05:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-14 21:42
把原子序号标上去

老师您好,今天有点事儿,回复晚了。图已经更新了。
结构中是S-N的相互作用形成六元环。

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发表于 Post on 2023-3-16 00:41:35 | 只看该作者 Only view this author
就让dimerscan按照19-38伸长的方向扫描就完了,如果不符合期望到时候再说
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-16 08:39:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-16 00:41
就让dimerscan按照19-38伸长的方向扫描就完了,如果不符合期望到时候再说

好的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-16 10:12:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-16 00:41
就让dimerscan按照19-38伸长的方向扫描就完了,如果不符合期望到时候再说

老师您好,用一组原子坐标是可以的。之前操作的时候出现的问题是因为内坐标文件导出错误,现在已经修改了。
没有一直按照步骤走来问,麻烦老师了。

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