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[VMD] VMD里怎么移动体系单个分子位置

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VMD新手小白请教各位大神,怎么才能在建模好的pdb文件中,由于位置不合理, 需要在体系里调整一下其中单个分子的位置,试来试去只能平移和旋转整个体系,印象中有方法是各科在VMD中通过鼠标改变的,先提前谢谢大家解答了

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发表于 Post on 2022-3-18 12:14:49 | 只看该作者 Only view this author
VMD只能看结构不能修改,用GaussView

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发表于 Post on 2022-3-18 12:48:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 丁越 于 2022-3-18 12:49 编辑

恰当语法选择要移动的分子 sel,然后按照下面transoffset所示的产生平移变换矩阵 trans_matrix,然后$sel move $trans_matrix
或者更简单点用Multiwfn的强大几何变换功能去弄

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-18 15:31:15 | 只看该作者 Only view this author
agent99 发表于 2022-3-18 12:14
VMD只能看结构不能修改,用GaussView

可是用高view就没有了我的盒子尺寸,跑动力学会失败

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-18 15:32:24 | 只看该作者 Only view this author
丁越 发表于 2022-3-18 12:48
恰当语法选择要移动的分子 sel,然后按照下面transoffset所示的产生平移变换矩阵 trans_matrix,然后$sel m ...

感谢回答,可是不太理解什么是变换矩阵,我就是想移动一个甲醇分子的微信hi

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发表于 Post on 2022-3-18 16:17:33 | 只看该作者 Only view this author
VMD里可以修改结构,我的分子动力学与GROMACS培训班里的ppt:



只不过结构修改不是VMD的长项。而且没有撤销键,修改时需谨慎。

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agent99 + 1 长知识了

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发表于 Post on 2022-3-19 06:34:19 | 只看该作者 Only view this author
雨雨xt 发表于 2022-3-18 15:32
感谢回答,可是不太理解什么是变换矩阵,我就是想移动一个甲醇分子的微信hi

直接在图形窗口里移动不牵扯到变换矩阵
只有你像手术机器人一样精细操作,移动的距离和角度要量化到具体数值时,才会牵扯到
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发表于 Post on 2022-3-19 11:32:37 | 只看该作者 Only view this author
mouse-move先移动,然后transoffset 移动,trans center $sel axis y 90进行旋转,能解决90%问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-19 12:26:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-18 16:17
VMD里可以修改结构,我的分子动力学与GROMACS培训班里的ppt:

谢谢sob老师!万分感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-19 12:29:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-19 06:34
直接在图形窗口里移动不牵扯到变换矩阵
只有你像手术机器人一样精细操作,移动的距离和角度要量化到具体 ...

嗯嗯,明白啦sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-19 12:42:03 | 只看该作者 Only view this author
CruiseBend 发表于 2022-3-19 11:32
mouse-move先移动,然后transoffset 移动,trans center $sel axis y 90进行旋转,能解决90%问题

嗯嗯,谢谢你呀

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发表于 Post on 2023-12-22 14:26:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-18 16:17
VMD里可以修改结构,我的分子动力学与GROMACS培训班里的ppt:

卢老师您好,请问move后按shift旋转相应部分,怎么旋转90°这种想要的度数,手动转只能靠感觉判断转了多少

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发表于 Post on 2023-12-22 15:55:41 | 只看该作者 Only view this author
许豪铭 发表于 2023-12-22 14:26
卢老师您好,请问move后按shift旋转相应部分,怎么旋转90°这种想要的度数,手动转只能靠感觉判断转了多 ...

需要对atomselect对象用命令行来实现精确的旋转




如果不是非得用VMD实现的话,也可以用下文Multiwfn里的功能,更容易

Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html

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发表于 Post on 2023-12-25 14:11:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-22 15:55
需要对atomselect对象用命令行来实现精确的旋转

谢谢老师

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