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[新手求助] 大家好,用gaussian研究乙醇苯团簇的氢键和弱相互作用选MP2合理吗

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大家好,用gaussian研究乙醇苯团簇的氢键和弱相互作用选MP2/aug-cc-pVDZ或者MP2/6-311G++(d,p)合理吗?

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发表于 Post on 2015-7-28 19:46:45 | 只看该作者 Only view this author
Truhlar (做M06,M11的那个人) 在一篇文章中写过:

PBE, PBE1PBE, B3P86, MPW1K, B97-1, and BHandHLYP functionals give the best performance for hydrogen bonding.
MPWB1K, MP2, MPW1B95, MPW1K, and BHandHLYP give the best performances for charge transfer interactions
MPW3LYP, B97-1, PBE1KCIS, B98, and PBE1PBE give the best performance for dipole interactions.
MP2, B97-1, MPWB1K, PBE1KCIS, and MPW1B95 give the best performance for weak interactions.

《Benchmark Databases for Nonbonded Interactions and Their Use to Test Density Functional Theory》

不过这篇文章估计有几年的时间了,后来还有一些新方法出现,Minnesota Functionals里面也有一些处理弱相互作用比较好的

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发表于 Post on 2015-7-28 19:49:32 | 只看该作者 Only view this author
一般般,虽然可以,但不是最理想的。
比较推荐M062X/6-311G**优化(如果嫌慢,降到6-31G**也可以),然后在ORCA下用PWPB95-D3/def2-QZVPP下计算相互作用能。如果你偏向于只用高斯,那么相互作用能计算时可以用B2PLYP-D3/jul-cc-pVTZ来做(如果嫌慢,用M062X-D3/6-311+G**也可以)。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2015-7-28 19:50:59 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2015-7-28 19:46
Truhlar (做M06,M11的那个人) 在一篇文章中写过:

PBE, PBE1PBE, B3P86, MPW1K, B97-1, and BHandHLYP  ...

这个已经是老黄历了,千万别再信这些说法了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-29 09:18:34 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢sob老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-29 10:01:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-28 19:49
一般般,虽然可以,但不是最理想的。
比较推荐M062X/6-311G**优化(如果嫌慢,降到6-31G**也可以),然后 ...

sob老师请问能量需要用counterpoise校正吗?

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发表于 Post on 2015-7-29 10:05:06 | 只看该作者 Only view this author
fzmn 发表于 2015-7-29 10:01
sob老师请问能量需要用counterpoise校正吗?

PWPB95-D3/def2-QZVPP不要用counterpoise校正,矫正了可能反倒差
其它的如果计算量有富裕,可以做校正
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-29 10:16:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-29 10:05
PWPB95-D3/def2-QZVPP不要用counterpoise校正,矫正了可能反倒差
其它的如果计算量有富裕,可以做校正

非常感谢sob老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-7-29 11:22:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-28 19:49
一般般,虽然可以,但不是最理想的。
比较推荐M062X/6-311G**优化(如果嫌慢,降到6-31G**也可以),然后 ...

请问sob老师频率计算也采用M062X/6-311G**?

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发表于 Post on 2015-7-29 15:57:42 | 只看该作者 Only view this author
fzmn 发表于 2015-7-29 11:22
请问sob老师频率计算也采用M062X/6-311G**?


频率计算用6-31G*并考虑频率校正因子就足矣了。
不过如果你要在6-311G**下优化,频率计算也得这个基组。
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发表于 Post on 2016-3-7 19:13:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-28 19:49
一般般,虽然可以,但不是最理想的。
比较推荐M062X/6-311G**优化(如果嫌慢,降到6-31G**也可以),然后 ...

您好!我想请教一下您,我研究弱相互作用(两分子作用)的话,希望后续的分析是AIM,RDG,NBO和电荷转移之类的话;那么优化在B3LYP+D3/6-311+g**下,能量在PWPB95-D3/def2-QZVPP下算的,但是老师(我们课题组之前没有人搞过这样的计算)问起,
1、你们搞这些计算所采用的什么方法基组的选取有什么依据么?
2、为什么能量用的方法比优化用的方法高那么多呢,意思是你的优化采用的方法和基组是不是特别低呢?
3、优化加了D3之后,后续分析还能采用优化方法基组下计算频率的chk文件吗?
4、高斯算的真空下的作用和实际上有溶剂的下的作用能,是一致的吗?

我准备这样回答不知道行不,但是第4个不知道怎么回答?
1、一般看文献得到适合的方法和基组,描述弱相互作用的需要采用有色散矫正的泛函比如M062X但是速度比B3LYP+D3要慢很多(我没算过,只是看网上)。
2、优化一般采用较低级别的方法和基组是处于速度和精度的考虑,更高的方法和基组下的能量计算是问了更精确的比较;
3、应该是没什么问题的,和没有加D3时候一样分析。
请问下这样行么,不知道能不能说服老师。整个课题组我算是第一个接触这些的,好难啊。

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发表于 Post on 2016-3-7 21:03:51 | 只看该作者 Only view this author
tjuchan 发表于 2016-3-7 19:13
您好!我想请教一下您,我研究弱相互作用(两分子作用)的话,希望后续的分析是AIM,RDG,NBO和电荷转移 ...

1 M062X不包含色散校正,但它本身能合理描述色散作用。你用的级别没问题,是well-known能得到理想结果的,同行都懂。
2 应当说几何结构对计算级别远不如能量敏感,所以可以用低级别优化
3 可以
4 显然不同。溶剂下计算相互作用能还得把溶剂化能的变化考虑进去。
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发表于 Post on 2016-3-7 21:52:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-7 21:03
1 M062X不包含色散校正,但它本身能合理描述色散作用。你用的级别没问题,是well-known能得到理想结果的 ...

非常感谢您的解答!知道接下去该怎么做了

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发表于 Post on 2016-3-9 21:36:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-7 21:03
1 M062X不包含色散校正,但它本身能合理描述色散作用。你用的级别没问题,是well-known能得到理想结果的 ...

您好,在计算的过程中又遇到了些迷惑 。请教一下

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发表于 Post on 2016-3-9 22:03:09 | 只看该作者 Only view this author
tjuchan 发表于 2016-3-9 21:36
您好,在计算的过程中又遇到了些迷惑 。请教一下


你这种级别用PWPB95-D3/def2-QZVPP瞬间就算完了,算好几十个原子也就一两个小时的事。高斯里用B2PLYP-D3/jul-cc-pVTZ对这种体系也不会算不动。

M062X本身对于计算pi-pi作用有时不是很准,不能因为恰好-2.70更符合CCSD(T)/CBS就贸然说这个级别最合适,没准换一种构型这个级别又不如其它级别了。不知你考虑BSSE没有,若没考虑应考虑。另外你表格中前两列用的级别一样,数据却不同。
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