求助：模拟有机分子的膜结构在最后的平衡模拟报错

GGCD · 发表于 Post on 2023-3-26 09:58:21

最后10ns的平衡模拟报错信息
Fatal error:
One or more atoms moved too far between two domain decomposition steps.

报错的日志文件：

md.log (18.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

首先，通过Sobtop生成有机分子的top文件，bond和angle参数基于Hessian得到，其它部分用GAFF的。

然后通过以下步骤模拟有机分子的膜结构：
(1)随机将有机分子插入 10×10 ×10 nm3 盒子生成初始模型；
用gmx insert-molecules在10×10 ×10 的盒子中插入450个有机分子，最终插入347个有机分子。
然后能量最小化，min.mdp:

min.mdp (432 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)
Steepest Descents converged to Fmax < 10 in 47091 steps
Potential Energy  =  1.8553990e+04
Maximum force    =  7.3775835e+00 on atom 25731
Norm of force    =  1.2329124e+00

然后NVT平衡，nvt.mdp：

nvt.mdp (863 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 6)
298k跑100ps，然后用200ps升温到600k，在600k跑300ps。
使用V-rescale 热浴
gen-vel=yes
gen-temp=298

(2)在600k和100bar条件下进行初始5ns的压浴，使分子紧密结合；
NPT平衡，npt.mdp：

npt.mdp (861 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4)
gen-vel=no
continuation= yes
V-rescale热浴和Berendsen压浴。
使用-t nvt.cpt继续。

(3)在600k和1bar 条件下再进行10ns 模拟，然后在3ns内从600k逐渐冷却到298k，再进行10ns的模拟；
quench.mdp:

quench.mdp (1.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)
gen-vel=no
continuation=yes
V-rescale热浴和Berendsen压浴。
使用-t npt.cpt继续。

(4)在298k和1bar条件下进行最后10ns的平衡模拟。
md.mdp:

md.mdp (869 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)
gen-vel=no
continuation= yes
Nose-Hoover热浴和Parrinello-Rahman压浴。
使用-t quench.cpt继续。

然后就报错，报错如帖子开头提供的日志文件，麻烦各位老师帮我看看哪里出了问题，我该怎么解决？

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-27 01:13:50

如果第4步之前什么问题都没有，就一直用V-rescale热浴和Berendsen压浴

若无特殊理由，强烈不建议用Nose-Hoover热浴。始终用V-rescale就完了

GGCD · 发表于 Post on 2023-3-27 09:36:08

sobereva 发表于 2023-3-27 01:13
如果第4步之前什么问题都没有，就一直用V-rescale热浴和Berendsen压浴

若无特殊理由，强烈不建议用Nose- ...

第4步之前没有任何报错和警告。
我去试试最后10ns平衡用V-rescale热浴和Berendsen压浴，谢谢老师指点。

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