求助：利用Amber和orca进行QM/MM模拟

阿志 · 发表于 Post on 2023-3-28 15:35:43

各位老师，我利用Amber和orca对蛋白质配体复合物进行QM/MM模拟，在开始的最小化出现了问题，没有报错，只是过了一天，它一步都没有动，我不知道是为啥，所以想问问看各位老师，有没有可能是我哪步做错了，图是我的输入文件，麻烦老师帮忙看看是否有问题。

我的Amber和orca安装应该是没有问题的，Amber我一直在用；orca的安装是按照卢老师的安装步骤来的，然后我在终端输入orca，它显示让我输入ORCA XX.INT，所以我觉得应该是安装好了。

casea · 发表于 Post on 2023-3-29 08:23:49

1. qmmm区域选择的原子过多，你这应该是选择了1-251位残基，肯定算起来特别慢（如果计算资源充足，当我没说）。
2. 应该是num_threads把

阿志 · 发表于 Post on 2023-3-29 09:29:58

casea 发表于 2023-3-29 08:23
1. qmmm区域选择的原子过多，你这应该是选择了1-251位残基，肯定算起来特别慢（如果计算资源充足，当我没说 ...

谢谢您的回复，主要是有点太慢了，所以怕自己弄错了。我去把参数改了

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Amber] 求助：利用Amber和orca进行QM/MM模拟