如何将同一个分子内原子的编号连续起来？谢谢

小范范1989

1：背景：取了实验上3个晶体文件 cif文件。然后保存了坐标如附件，然后做ONIOM模型，同时把low层分子后面用背景电荷的方式处理，所以，这个同一个分子的编号连起来最好，这样好处理。

2：现在是通过cif得到的坐标，初始没有H，后来，我用VESTA软件保存了坐标，然后再用高斯view打开就是H的编号不再分上。

3：能不能帮我弄一下，让分子的编号连接起来，或者介绍一个方法。谢谢指点，
之前在qq群中，冰释之川和perl高手 两位老师给我指点了，但是没明白。谢谢两位老师。

liyuanhe211

首先选分子边上的一个原子

把它设成第一号

然后如上操作，可见已经“连续起来”了。。。

小范范1989

liyuanhe211 发表于 2016-6-22 11:43
首先选分子边上的一个原子

把它设成第一号

谢谢你，应该可以了，我再检查一下，谢谢你。
PS：我记得当时上sob老师培训课的时候，和你聊起来。你不是做实验的来？怎么理论操作懂这么多？牛人，嘿嘿。

liyuanhe211

小范范1989 发表于 2016-6-22 11:54
谢谢你，应该可以了，我再检查一下，谢谢你。
PS：我记得当时上sob老师培训课的时候，和你聊起来。你不 ...

噫~~多好玩

小范范1989

liyuanhe211 发表于 2016-6-22 12:01
噫~~多好玩

李老师，按照你的方式，我把分子重新编号了，确实能够实现同一个分子连续。
但是，我现在遇到这样的问题，就是相同的分子，他的编号是不对应的，比如说：第一个分子中S是1，N是2.然后在第二分子中S是5，N却是10，按说N因该是6才对。
不知道我这样说的是否明白，就是虽然同一分子内的编号是连续了，但是，相同的分子，他们的顺序是不对应的。
我尝试了这样的方式：
把第一个分子的元素，复制到第二个分子，第三个分子..第12个分子上，然后再用高斯view打开，挨个改元素对应，但是这样又变了。
自己也没想到好的办法，不知道李老师是否有好的方式，让这两个附件分子顺序连续并且相同分子之间也是对应的。谢谢指点。