请教蛋白-配体模拟结果的解释问题

dzdhp · 发表于 Post on 2023-3-30 09:32:05

我模拟了8种蛋白-配体，每个跑100ns，rmsd结果显示每一个蛋白都非常稳定，且配体（黄酮类）一直都待在结合部分，最后用pb方法算结合自由能也都为正，整个模拟无不合理的情况出现，力场也是适合蛋白和配体的，RESP2电荷也算了，先限制然后放开了跑。但配体在模拟过程并不老实，部分配体相对蛋白的rmsd曲线会出现多次突跃（并不是周期性的问题），按照sob老师的方法在消除平动转动后对别前后轨迹，发现配体在多种构象间变换，于是我将变换最多的一对延长到200ns，结果在150-200ns的时候还在变换，最后又算了一次结合自由能（突跃的轨迹也包含进去了），结果同样为正。
现在想请教一下各位老师，这样的数据发文章的时候还能不能用，如果能用，是不是只要合理解释配体相对蛋白的rmsd曲线突跃现象就可以了，如果不能用，我该直接舍弃现在的数据还是怼它跑更久的模拟。

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-1 10:06:08

不知道你想靠模拟表达什么
如果计算方式确实合理，结合作用能为正说明结合内在不稳定，动力学过程中配体呆不住也是正常的

dzdhp · 发表于 Post on 2023-4-2 14:18:45

sobereva 发表于 2023-4-1 10:06
不知道你想靠模拟表达什么
如果计算方式确实合理，结合作用能为正说明结合内在不稳定，动力学过程中配体呆 ...

抱歉老师，是我笔误，结合自由能算出来是负数，因为是负数而配体又不是很老实所以才不知如何解释，想靠模拟验证配体和蛋白的亲和性，已上传其中一个配体结构变化和rmsd图，烦请老师解惑

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-3 07:12:22

dzdhp 发表于 2023-4-2 14:18
抱歉老师，是我笔误，结合自由能算出来是负数，因为是负数而配体又不是很老实所以才不知如何解释，想靠模 ...

假设力场、模拟设置什么的都合理，说明实际中配体与蛋白结合方式就是不唯一，而且自由能相差不大、结合构型变换的自由能垒也不高，实际中就是会在不同结合构型之间互变

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