求助，计算分子间的相互作用能前的轨迹提取问题

tym1999 · 发表于 Post on 2023-4-4 20:28:08

本帖最后由 tym1999 于 2023-4-4 20:27 编辑

动力学模拟了辛醇，B(OH)3和水的混合体系，准备用rerun模拟计算B(OH)3和辛醇分子间的相互作用能。
首先使用 gmx trjconv提取B(OH)3和辛醇的轨迹，输入命令gmx_mpi trjconv -f md.xtc -s md.tpr -n -o BOH3_R8.xtc，如下图所示。想要选择下图中3（BOH3)和4(辛醇）两个组，输入3&4，但是好像也只选择了一个组，因此无法提取B(OH)3和辛醇的轨迹，所以想要问问怎么提取B(OH)3和辛醇的轨迹？

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-5 07:13:45

根本没必要提取单独部分的轨迹
直接mdp里设能量组，对原有整体的轨迹rerun就完了

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[GROMACS] 求助，计算分子间的相互作用能前的轨迹提取问题