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[GROMACS] 请教一下RMSD分析的问题,目前是否算是收敛了

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各位老师好!先感谢下论坛,从论坛查了很多资料,能够让我将整个程序跑完。现在我是在做一个含有金属的蛋白与底物小分子的MD。在跑完之后,rmsd分析结果如图,发现在17900ps左右的时候rmsd突然增大。参考了老师说的方法,将180000帧和182410帧比较之后发现,偏差主要发生在整个蛋白的loop区域和末端。小分子底物区域没有什么特别大的变化,请问这样的结果可以用吗?

先谢谢大家了

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发表于 Post on 2023-12-22 16:40:07 | 只看该作者 Only view this author
如果当前研究和那部分没直接关系就可以用。也可以只对感兴趣的残基部分计算RMSD来证明这部分已经充分收敛了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-22 20:24:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-22 16:40
如果当前研究和那部分没直接关系就可以用。也可以只对感兴趣的残基部分计算RMSD来证明这部分已经充分收敛了

感谢sob老师的回复,我这就按照这个方案处理。再次感谢!

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发表于 Post on 2024-2-23 15:15:29 | 只看该作者 Only view this author
Newbee_Ccc 发表于 2023-12-22 20:24
感谢sob老师的回复,我这就按照这个方案处理。再次感谢!

你好,如果按照这样处理,忽略loop区和末端的变化,需要做哪些说明呢

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