团簇切下来的一部分在运行MD或者优化过程走样

Tiwmdh · 发表于 Post on 2023-4-11 10:09:14

本帖最后由 Tiwmdh 于 2023-4-11 10:22 编辑

涉及这部分的问题主要有两个：
1.团簇Rh切片的优化过程出现结构走形，不能得到一个与预设的出是构型比较接近的优化结构，刚开始以为是周期性边界条件或者切掉的层数过多导致的，但是后续模拟量一下发现并不是
搜索了一下这个可能跟表面悬键有关，但是在另外一个结构中并没有相关的参数，但是却有截然不同的优化结果

2.关于CeO2的结构出现O大量迁移的现象，有一篇关于Au20CeO2结构的论文中，文章给出的作为基底的CeO2在MD模拟的过程中始终存在O的迁移，设置成周期性边界条件，保证重复单元能够衔接成为一块整体的CeO2也一样，这个是什么原因呢，两个问题可能是相似的原因吗

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-11 13:03:21

1 看不明白问题和给出的图片的逻辑

保证有4层，并且计算时要把底端和四周边缘的原子都冻住

Tiwmdh · 发表于 Post on 2023-4-11 14:39:20

本帖最后由 Tiwmdh 于 2023-4-11 14:52 编辑

sobereva 发表于 2023-4-11 13:03
1 看不明白问题和给出的图片的逻辑

保证有4层，并且计算时要把底端和四周边缘的原子都冻住

图四给出的是一个Rh的台阶结构，在MD模拟中周期性边界条件，不需要固定原子都很稳定，原子总共有三层。现在想要从原始的团簇中切出来一个台阶结构，如图八中所示，然后发现跑MD过程中不稳定，图一是额外加了一层底层，并把加了的这层固定之后运行的结果，仍然不稳定，初始构型是图七，图二是认为可能是因为三层太少了所以切成了一个台运行的结果，初始构型是图三。图五和图六是另外一个构型的MD初末态图，同样出现了原子迁移构型不稳定的现象，现在知道原因了，感谢SOB老师
（我不知道咋弄的把图的顺序调乱了）

Tiwmdh · 发表于 Post on 2023-4-12 15:06:55

sobereva 发表于 2023-4-11 13:03
1 看不明白问题和给出的图片的逻辑

保证有4层，并且计算时要把底端和四周边缘的原子都冻住

sob老师，我想再问一下CP2K中poisson的作用是什么，为啥同样的体系，poisson选项里写成PERIODIC NONE, SOLVER ANALYTIC整个构型就会散掉，而写成PERIODIC XYZ , SOLVER ANALYTIC就很稳定呢

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-12 18:15:02

Tiwmdh 发表于 2023-4-12 15:06
sob老师，我想再问一下CP2K中poisson的作用是什么，为啥同样的体系，poisson选项里写成PERIODIC NONE, S ...

决定怎么算静电作用
不同Poission solver各有不同特点，必须选择合适的。几句话说不清楚，北京科音CP2K第一性原理培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里很详细讲这些

SOLVER analytic强烈不建议使用，随真空区收敛巨慢

Tiwmdh · 发表于 Post on 2023-4-13 10:10:51

sobereva 发表于 2023-4-12 18:15
决定怎么算静电作用
不同Poission solver各有不同特点，必须选择合适的。几句话说不清楚，北京科音CP2K ...

感谢sob老师

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