如何使用Multiwfn定性甚至定量计算不同溶剂两对分子间弱相互作用的影响？

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2023-4-18 12:05:34

如题。各位前辈，想通过计算，来表征实验中观察到的，两亲性分子AL（一种亲水纳米球接上了疏水多肽）在水中和DMF中的相互作用差异（主要是想分析一下可能的组装结构）。
我目前的尝试是利用XTB在GFN2-xTB级别下分别做这两种溶剂下的结构优化，然后用Multiwfn算弱相互作用性质，但是优化后的构象太接近了，没啥明显区别。另外用Multiwfn该怎么分析会比较好呀？还请各位前辈们能帮帮解答一下，这样的思路怎么改进比较好？？？

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-18 15:50:13

标题里别连着写那么多问号，给你改了，以后注意

说明谁和谁的相互作用。如果是和溶剂的相互作用，用复合物去考察，分析手段看比如
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

如果是不同溶剂环境下的AL分子之间的相互作用，在隐式溶剂模型下很难讨论出什么差异，应当做分子动力学模拟考察

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2023-4-18 17:14:46

sobereva 发表于 2023-4-18 15:50
标题里别连着写那么多问号，给你改了，以后注意

说明谁和谁的相互作用。如果是和溶剂的相互作用，用复合 ...

非常感谢社长的回复！
我想分析不同溶剂条件下的AL分子之间的相互作用，因为实验中观察到不同溶剂下自组装结构的差别很大，所以有些懵，不清楚去算哪些性质可以更好的来反映这个。。。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-18 18:56:19

建议做构象搜索或者MD。可能这个分子在水里和在DMF里都有两类构象，一类分子间作用强、一类分子间作用弱。而虽然这两种构象的三维结构受溶剂影响不大，但是两种构象的比例受溶剂影响很大。此时每种溶剂只计算一种构象就是不够的

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2023-4-18 19:56:01

wzkchem5 发表于 2023-4-18 18:56
建议做构象搜索或者MD。可能这个分子在水里和在DMF里都有两类构象，一类分子间作用强、一类分子间作用弱。 ...

谢谢前辈！

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