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[综合交流] piaton的使用问题

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楼主
各位老师,我想用platon计算一下ππ堆积的弱相互作用等,第一次接触这个软件,看教程初步要导入cif文件,我想问一下这个文件是怎样形成的,是通过其他软件跑出来的吗?sob老师写的Multiwfn这个软件可以计算质心之间的距离,但我还不清楚是否可以计算ππ堆积的弱相互作用和二面角等,谢谢老师的指点
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发表于 Post on 2016-6-28 01:11:50 | 只看该作者 Only view this author
没听说过这个程序。
cif文件一般都是做X光衍射实验测到的,估计你这个程序是直接分析实际晶体结构里的pi-pi堆积
Multwifn分析pi-pi堆积强烈建议用RDG方法,看
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

我不清楚你说的二面角具体是指什么,如果是芳香环平面的夹角,可参考
计算两个平面夹角的小程序
http://sobereva.com/302
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-28 08:25:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-28 01:11
没听说过这个程序。
cif文件一般都是做X光衍射实验测到的,估计你这个程序是直接分析实际晶体结构里的pi-p ...

谢谢sob老师,cif正是老师说的用X射线扫描得到的,应该是质谱分析,这个软件有专门算pi-pixi相互作用的模块,这几天看文章,研究弱相互作用还是用老师的Multiwfn比较多,我想两种方法都尝试一下
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-30 21:38:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-28 01:11
没听说过这个程序。
cif文件一般都是做X光衍射实验测到的,估计你这个程序是直接分析实际晶体结构里的pi-p ...

老师,我想问一下,pi-pi二聚体之间的距离是指质心距离还是几何中心的距离,我用Multiwfn计算了二者的质心距离和实验差距挺大
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发表于 Post on 2016-7-1 01:11:43 | 只看该作者 Only view this author
三石草祭 发表于 2016-6-30 21:38
老师,我想问一下,pi-pi二聚体之间的距离是指质心距离还是几何中心的距离,我用Multiwfn计算了二者的质 ...

那你看实验测的是什么了,质心距离和几何中心距离都可以算,也都可以用。
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