长时间gromacs模拟时ECC内存是否必须？

JJY

在网上查阅到ECC内存可以用于纠错，防止因为各种原因造成的数据错误。同时，普通的内存平均每5天就会发生一次错误。
本人想自己配一台电脑，装双系统，平时主要跑gromacs和一些基因组的分析，闲的时候玩一玩游戏（这才是主要目的）。
CPU目前相中了13700K，是支持ECC内存的。然后在选主板上遇到困难了。支持ecc的主板死贵死贵的。
我自己用过的服务器都是用的ECC内存，还没有尝试过用普通内存长时间跑过gromacs。听说内存出错会导致科学计算终止。不知道是网上忽悠人还是确有其事。


有没有对此有经验的同志能解答一下？

JJY

为了防止普通内存出错，是不是得将长时间的任务分段跑，并做好备份方便回档，然后减少因为中断的损失？

Entropy.S.I

不是必须，但有最好。DDR5自带片上ECC，用这个就够了，这个功能不需要主板特别支持。

13700K带GPU加速GMX不上不下的，不如直接用13900K，而且你是自己买，完全可以上tb买散片，才3800左右1颗，但是主板得在JD自营买。

即使内存错误出现在关键位置，导致gmx跑崩甚至系统死机，也可以通过gmx默认保存的cpt文件从相应的检查点重启模拟，和连着跑不会有什么区别。

最后，经典MD并不怕内存出错，因为其精度本来就不高，混沌效应很明显。

5撇到3撇

Entropy.S.I 发表于 2023-3-18 01:46
不是必须，但有最好。DDR5自带片上ECC，用这个就够了，这个功能不需要主板特别支持。

13700K带GPU加速GM ...

歪个楼，请教下层主，gmx做md的时候13900k能否榨干4090的性能呢？

Entropy.S.I

5撇到3撇 发表于 2023-4-18 00:35
歪个楼，请教下层主，gmx做md的时候13900k能否榨干4090的性能呢？

先检索，检索不到再提问。
http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-35960-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-35986-1-1.html