公社群聊Q&A整理：2016.06.18 00 ~ 2016.06.21 05 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-7-2 19:02:06

相关概况可阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

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2016.06.18 00 ~ 2016.06.21 05 Concate.txt (68.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

2016.06.17 23:37:13
Q:
那位大侠可以分享一份，计算“自旋轨道”耦合的“.cjf”输入文件模板哟？鄙人先谢谢了！
A:
只要自己确信输入文件写对就行，不用管
Q:
那位大侠关注一下我需要的“.cjf”文件哟！谢谢，[表情][表情]！
A:
只听过gif、gjf、cif
Q:
不好意思老师，一着急就打错了。
那位大侠可以分享一份，计算“自旋轨道”耦合的“.gjf”输入文件模板哟？鄙人先谢谢了！
A:
[图片]
Q:
老师：您好！可以问一下，为什么要计算两个重态下的自旋轨道耦合呢？一个重态的可以不？
另外，老师可以分享一个搞自旋轨道耦合的博文哟，先谢谢您了，老师！
A:
高斯这个就是算两个态之间的旋轨耦合的，单个态旋轨耦合高斯只能用int=DKHSO，但是只支持HF
所以高斯这部分比较残废
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2016.06.17 23:55:27
Q:
请问优化正常结束，为啥chk文件打不开？提示这样[图片]
A:
[图片]
Q:
请问优化正常结束，为啥chk文件打不开？提示这样[图片]
有人遇到过这样的情况吗？
A:
确保路径没有中文
Q:
我是考到我自己的电脑上的
啊，那要咋办？
A:
不用加
Q:
怎么转，请教
A:
看此文
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
Q:
是打开log文件吗？
哦哦
A:
[图片]
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2016.06.18 00:35:55
Q:
请问优化(TiO2)9,氧原子用6-31+g** 基组，钛原子用LAND2DZ基组，输入文件这样写对么？[图片]
A:
不对，没定义赝势
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
Q:
谢谢
sob老师在刚才的输入文件里，分子坐标后改成这样是不是就可以了？[图片]
A:
land2dz改成lanl2dz
Q:
改成sdd吧
A:
sdd计算量太大
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2016.06.18 00:35:55
Q:
您好，深入系统学习lammps的高级功能，操作使用技巧。
咨询顾问：周恒
祝蒸蒸日上
这太low了！
我倒！
一封信就这样，鬼鬼祟祟的样子
A:
诈骗
Q:
[图片]
这个邮件是骗人的么？
A:
谨防各种骗钱的科研、软件培训和学术会议
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3547
Q:
是不是群里的某人退广告
A:
鉴于某公司还在不停地往本群群成员的QQ邮箱发坑钱的培训邮件，已成公害，有必要再次发一下这个链接
谨防各种骗钱的科研、软件培训和学术会议
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3547
此公司的人极有可能潜伏在本群内，获取成员qq邮箱地址，用以大批量发骗钱培训的邮件。若能提供证据揪出此公司的人潜伏在本群内的QQ号，请私信管理员sobereva，核实后奖励100元！
顺带一提，北京科音自然科学研究中心举办的暑期量子化学培训将在7月16日于北京举行，本人主讲，欢迎参加，详见科音官网www.keinsci.com。
Q:
/呲牙/呲牙/呲牙
谢谢提醒，我还以为是真的，跟同学们还交流了下。
A:
建议把帖子链接也互相转发避免有人受骗
Q:
[图片]
我只收到过这个
不知道真假
A:
这个应该是真的
Q:
[图片]
[图片]
A:
又来
邮箱又变了
Q:
还有人用qq邮箱！！！
/擦汗这个人到底是谁呢
这玩意不坑死你
A:
干脆把他发邮件的邮箱想办法弄废
Q:
我隐隐的觉着这人应该在这个群里潜伏着
我隐隐的觉着这人应该在这个群里潜伏着
举报
举报
A:
QQ邮箱有举报垃圾邮件的功能，大家收到这个邮件都选择举报垃圾邮件，没准能起到一定遏制作用
Q:
[图片]
这是假的吗
我也觉得是潜伏着，为啥知道我想等动力学培训
A:
谨防各种骗钱的科研、软件培训和学术会议
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3547
A:
我刚刚又把打假帖子更新了些内容
[图片]
[图片]
Q:
http://ccc.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3285&highlight=ntrerr%2Bcalled%2Bfrom%2Bfileio 看看这个帖子
连社长的广告都不相信了。。。
深度打假
社长官方邮箱给你发的当然可以相信
A:
是真是假稍微有点常识绝对判断得出来
Q:
培训费真是便宜呢，像我这种零基础的能学得到没[表情]
A:
能
Q:
哦，我看看宣传贴
A:
关键看是否好学
如果零基础，上课时候还玩手游、睡觉之类、qq群聊天之类就什么也学不到
Q:
嗯，
A:
这个培训是给初学者变成高手的一个最好的梯子，但不是电梯。自己不爬是提升不了海拔的
Q:
本来我老板也想来，但是她说她没有量子力学基础学不到东西
A:
实际上也不可能存在电梯，有那样的好东西，各种经验、知识直接输入到大脑里就完事了，学都不用学
没那么回事。
量子力学基础也会简要讲
Q:
量化一堆参数
A:
如今量化很多计算连高中生培养几天都能做
又不是几十年前了
Q:
自己带的电脑有什么要求没？
A:
没
Q:
是不是判断过渡态的唯一标准就是irc
A:
[图片]
感叹一下，基础班讲的内容真是涵盖>70%群里会问的问题
Q:
[图片]咳咳，请不要轻易转账汇款！
A:
本群里应该预防针打得差不多了
Q:
又一轮lampps广告开来了……
Lucifer撤回了一条消息
A:
不理他，也不用发截图，省得反倒群里别人看了更多人上当
----------------------------------------------------
2016.06.18 00:48:34
Q:
请问做膜动力学的时候，膜疏水层混进去水分子，请问有什么脚本语言可以去掉它？
[图片]
A:
waters and z>xxx and z<yyy
用来选中
----------------------------------------------------
2016.06.18 00:53:18
Q:
请问，我用GAUSSview中MOs计算的NBO轨道个数为什么跟NBO分析文件中的轨道数量不一样？[图片]
A:
跟gview有啥关系？
甭管gview
----------------------------------------------------
2016.06.18 00:53:18
Q:
老师，能不能不用高斯计算某个激发态的偶极矩？
A:
能啊
写上density
Q:
写了
不写的时候，可以计算基态的偶极矩，而且计算的很快，但是加了density，要算某一个态的偶极矩，整体太难收敛了
A:
算激发态偶极矩本身就要多花很多时间，这根收敛问题无关
Q:
计算激发态输出文件中，Excited state 1: f=0.0000。这个f代表啥，数值有什么意义么
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
Q:
是但是禁阻不是绝对的
A:
[图片]
Q:
自旋禁阻是考虑旋轨耦合吧？
对称禁阻考虑振动耦合
A:
对称禁阻来自于波函数空间部分
自旋禁阻来自于波函数自旋部分
旋轨耦合是对自旋部分来说的
Q:
那我算出来的这个激发态的激发能还能使用么
A:
看你用它干嘛
Q:
考虑一个物质在激发态下的还原势，是不是可以在自由能的基础上加上激发能，然后带到公式里计算？
A:
自由能指哪个电子态哪个结构下的？
Q:
基态下考虑溶剂效应后的自由能
A:
激发态结构都已经弛豫了，应当用激发态极小点下算的热力学量，加上激发态电子能量
激发态结构都已经弛豫了，应当用激发态极小点下算的热力学校正量，加上激发态电子能量
Q:
对，基态的阴离子自由能减去基态中性分子自由能再减去激发能
就是说激发态的热力学量得再计算一下？
A:
可不
除非假定激发态极小点下的频率和基态下的相仿佛，对应的热力学校正量也相仿佛
Q:
激发态下的热力学计算怎么计算呢？基组也用6-31g*及对应的校正因子么
A:
激发态计算时候带个freq就完了
对
----------------------------------------------------
2016.06.18 00:54:55
Q:
sob 老师 [图片]这个老是出错[图片]
A:
这么点体系用B3LYP/def2TZVP
----------------------------------------------------
2016.06.18 00:58:59
Q:
请问，某个键的焓值，这样描述对吗？
A:
确切应当说“键解离焓”
----------------------------------------------------
2016.06.18 01:01:02
Q:
报名表的邮箱写大学的邮箱会不会被拦截啊
A:
怎么会拦截
----------------------------------------------------
2016.06.18 01:02:55
Q:
[图片][图片]老师，您好。我在用g09 计算两个Lys氨基酸与铜离子的配合体，计算后结构中碳原子和碳原子断裂，这是怎么回事啊
A:
检查初始结构
看着像多了个氢
----------------------------------------------------
2016.06.18 03:00:39
Q:
[图片] 无意中看到了这个
A:
N年前的旧事了
Sobereva永久性离开小木虫论坛！
http://sobereva.com/256
----------------------------------------------------
2016.06.18 03:16:24
Q:
sob哪位给我发下sob老师讲dos的博文链接
A:
没博文
看Multiwfn手册4.10节的例子
----------------------------------------------------
2016.06.18 03:18:06
Q:
sob老师我在C3N4[图片]上负载了个ru原子，[图片]我想通过计算说明负载提高了金属原子的催化性能，这个能不能行的通，不知道怎么解释
A:
得结合具体反映讨论，光说分子本身不好说
----------------------------------------------------
2016.06.18 03:26:00
Q:
[图片]
各位大神这个是要出版费的意思么
我一开始也这么想。。不懂。。。
960美元吓到我了
A:
不算贵
----------------------------------------------------
2016.06.18 03:29:40
Q:
老师，记得你发过一个关于Gaussian各版本的帖子，您能在发一下吗？
A:
没印象
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2016.06.18 04:09:28
Q:
对某个结构，按照以下外推公式计算能量：
E[QCISD(T)/CBS]=1.4629*E[QCISD(T)/TZ]-0.4629*E[QCISD(T)/DZ]+1.6938*E[MP2/QZ]-2.1567*E[MP2/TZ]+0.4629*E[MP2/DZ]
直接将公式中的 QCISD(T) 换成 CCSD(T) ，不改每个能量前乘以的系数，这个公式是否成立？
A:
去看外推公式的源头，怎么搞来的
如果是诸如拟合来的，不严格成立
如果本身系数不是直接依赖于QCISD(T)的，则可以用在CCSD(T)
Q:
这是 http://sobereva/308 中给出的公式
A:
那公式的参数哪来的不知道，随便举个例子
Q:
第二个例子就是直接替换的，系数没变，不知道这是否可以都可以通用？
A:
如果原本适用，那么套上ONIOM并没关系
Q:
[图片]
A:
这种你可以改用CC
----------------------------------------------------
2016.06.18 05:23:26
Q:
请问过渡态跑irc，然后优化两边的物质，一点是产物和生成物吗。结构都是一样的吗
我是过渡态问跑完irc以后，两边的物质进行优化是不是以前的产物和生成物
意思是，比如说二面角有没有差别，还是几乎一模一样
是指极值点吗
我的意思是，比如 A-B,过渡态为C。然后过渡态跑irc，然后优化irc两边的物质，是不是得到A和B
A:
是
Q:
sob老师，优化的结构和A,B是一模一样吗，会不会有些微小的差别，比如某一个二面角
A:
拿IRC两边的结构当初猜优化完了就是A和B的结构啊
----------------------------------------------------
2016.06.18 05:32:52
Q:
请教各位一个问题 VASP计算得到的Bader charges 它的正值和负值能说明什么问题呢谢谢了
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3203
----------------------------------------------------
2016.06.18 06:55:31
Q:
老师，下图是我用TD算出的吸收光谱，一共有3个激发态，我应该用哪一个[图片]
A:
问用哪个之前要说你要干什么
Q:
得到计算值和实验值相比较
A:
实验值是啥？
要比较光谱就做光谱图和实验的比
Q:
直接看GV里面的UV吗
A:
y
或者用Multiwfn作
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2016.06.18 18:58:22
Q:
我以前搞微电子的，学过castep现在转量化是不是好一点
A:
没难度
----------------------------------------------------
2016.06.18 19:01:29
Q:
用吸附的构型做一个pdos，找到相互作用的，然后用轨道成分分析这样解释吸附能震荡可以嘛？
A:
可以算算氮的原子电荷，或氮在分子平面上方的静电势，或者算算福井函数
----------------------------------------------------
2016.06.18 19:06:03
Q:
谢谢! @Sobereva
我用更大的模型算过也是这样震荡的。。。
那个不同位置也包含了掺杂B的不同位置
在这个模型上，由于到边上的位置不一样，肯定会有一定的edge effect，但是我觉得出现了震荡，就不能单纯算作edge effect了
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.06.18 19:31:46
Q:
老师，MOPAC里面，计算单重态是不写C.I.但是计算二重台，需要，C.I.=多少呢
A:
写doublet就完了
Q:
可是三重态的时候，手册里要写CI
A:
不用啊，你又不做CI
Q:
[表情]可是我单机算的时候，写三重态，就不给算了
A:
C.I.=2
----------------------------------------------------
2016.06.18 21:12:59
Q:
老师，吸收带有可能是由孤对电子所占据的轨道向里德堡轨道跃迁产生的吗
A:
有可能
Q:
老师，这是LUMO+1轨道图
[图片]
这是里德堡轨道吗
A:
是
----------------------------------------------------
2016.06.18 22:17:55
Q:
Sob老师，培训班是要先汇款过去然后报道的时候拿发票么？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.06.18 22:26:21
Q:
[图片]请问下绘制表面静电势出现的颜色感觉不对，这是怎么回事呢？
A:
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
操作不对
Q:
这个看过了，出现个这样错误提醒[图片]
A:
先把文中的例子完整重复一遍再搞自己的
----------------------------------------------------
2016.06.18 22:52:16
Q:
请问G09支持泛函KT2和KT3吗？
A:
RTFM
Q:
手册里没有提这两个泛函，有没有其他办法？
A:
dalton支持KT2
----------------------------------------------------
2016.06.18 22:54:31
Q:
请问含多个铍原子的体系用什么方法和基组比较准确
A:
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
理论方法无特殊要求
----------------------------------------------------
2016.06.18 22:54:37
Q:
请问老师如何解决irc跑不通的问题，有什么帖子吗
A:
看报错提示
Q:
正常结束，但是就走2个点
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.06.18 22:57:14
Q:
PBE0,B3LYP方法和MP2方法 6-311+G(d)能量次序不一致
TPSSH 方法计算是极小,而PBE0,B3LYP方法和MP2方法计算是TS
A:
用双杂化、CCSD(T)
Q:
用CAM-B3LYP方法可以吗?
A:
绝对不行
Q:
请问用双杂化优化,用CCSD(T)算单点呢,还是优化,优化估计困难
A:
[图片]
双杂化优化,用CCSD(T)算单点
----------------------------------------------------
2016.06.18 23:01:56
Q:
[图片]
这个信息能判断什么
A:
没用
----------------------------------------------------
2016.06.18 23:17:36
Q:
Sob进行一轮全国巡讲吧
A:
没兴趣
----------------------------------------------------
2016.06.19 00:34:22
Q:
lammps和gromacs有哪些不同？哪个更好一些？更容易入门？
A:
面向的领域不同，gmx主要是面向生物分子、有机小分子，偏化学。lammps更偏向材料，偏物理
----------------------------------------------------
2016.06.19 01:10:22
Q:
我是故意设置1的
A:
nstates哪能设1，这么设连你优化的第一激发态都不准，看此贴
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2016.06.19 01:14:50
Q:
[图片]
@Sobereva
出现g_read
第一次遇到，什么情况，大神们
A:
列出关键词
Q:
就是优化命令
[图片]
A:
field去掉再试
Q:
就要加电场是高斯出错吗
A:
遇到报错，先想着把烂七八糟多余关键词都去掉再试再说
----------------------------------------------------
2016.06.19 02:15:27
Q:
研究气体在水溶液中的行为用哪个动力学软件好一些？什么力场更适合研究这种情景？
A:
gromacs、NAMD、Amber、Tinker、forcite等等都可以
力场看具体的气体，搜搜文献找相关的模拟文章
----------------------------------------------------
2016.06.19 04:43:47
Q:
老师，用MOPAC计算正常结束之后，看构型居然发现少了原子
这是怎么回事
用gabedit
A:
用别的看，如果没问题，就是gabedit程序bug
Q:
[表情]能推荐一个吗，讲义上只写了这一个
还有，letddmin=0.0一定要写上去吗
A:
mopac2xyz + VMD
Q:
老师，将.xyz文件拖入VMD后，该继续怎么做呢？
没有显示啊
不对，我的载入后什么都没有
A:
图都对不上，结构式里边俩硫，三维结构就一个硫
Q:
老师，按照MOPAC2xyz+VMD的方法看，发现结构不少原子，那么接下来我想看轨道，该怎么操作呢
A:
轨道只能gabedit看
Q:
[表情]缺原子不影响轨道吗……
是的，老师，是一类分子，我没有平面图，就用个类似的替代了
请老师帮我看下我这个问题出在哪里了
A:
可能影响也可能不影响，bug难讲
----------------------------------------------------
2016.06.19 05:28:42
Q:
[图片]请教老师们，这样一个分子，用如下条件优化，准备计算RESP电荷，[图片]优化已经20个小时了，刚打开.chk文件发现结构有点变形，其中的 N-C键显著变长，请问老师们怎么办？谢谢
[图片]
是不长，我是想问老师这个结构正常吗？
是我的什么参数设置不合理吗？还是？
老师，优化还没有结束，那个N原子去质子化了？是不是得在输入文件里怎么指明吗？高斯怎么判断这个N带一个负电荷呢？@LiYuanhe
%nprocshared=2
%mem=1GB
%chk=D:\G09W\PVD.chk
# opt b3lyp/6-31+g(d)
PVD
-2 1
S -2.38761080 -0.07717832 -1.56640721
O -1.48814304 3.29332057 1.74117989
O -4.08720870 -2.46835376 2.36614733
O -5.32641722 -0.53163492 1.99002853
O 1.26571996 2.42836767 -0.87450754
O 3.12123842 0.49852350 -0.33241301
N -3.21185165 0.84233160 0.73724722
N -0.36154260 1.31137786 0.20286375
C -2.69527425 1.36762567 -0.56669548
C -3.54587899 -1.03255524 -0.67931780
C -3.22880889
-0.63986516 0.77288680
C -1.38899713 2.16751570 -0.40727076
C -1.64197950 3.38895332 0.49588510
O -2.00253857 4.48267513 -0.01140225
C -4.97956623 -0.61080549 -1.05116151
C -3.41109389 -2.54512144 -0.93539832
C -4.28659524 -1.19632056 1.74399231
C 0.93015073 1.50928635 -0.08314573
C 2.00652307 0.61236746 0.55604024
C 4.12071689 -0.33434199 0.26111723
C 4.25534401 -0.38237762 1.65520820
C 4.96557560 -1.10251749 -0.55131296
C 5.
%nprocshared=2
%mem=1GB
%chk=D:\G09W\PVD.chk
# opt b3lyp/6-31+g(d)
PVD
-2 1
S -2.38761080 -0.07717832 -1.56640721
O -1.48814304 3.29332057 1.74117989
O -4.08720870 -2.46835376 2.36614733
O -5.32641722 -0.53163492 1.99002853
O 1.26571996 2.42836767 -0.87450754
O 3.12123842 0.49852350 -0.33241301
N -3.21185165 0.84233160 0.73724722
N -0.36154260 1.31137786 0.20286375
C -2.69527425 1.36762567 -0.56669548
C -3.54587899 -1.03255524 -0.67931780
C -3.22880889 -0.63986516 0.77288680
C -1.38899713 2.16751570 -0.40727076
C -1.64197950 3.38895332 0.49588510
O -2.00253857 4.48267513 -0.01140225
C -4.97956623 -0.61080549 -1.05116151
C -3.41109389 -2.54512144 -0.93539832
C -4.28659524 -1.19632056 1.74399231
C 0.93015073 1.50928635 -0.08314573
C 2.00652307 0.61236746 0.55604024
C 4.12071689 -0.33434199 0.26111723
C 4.25534401 -0.38237762 1.65520820
C 4.96557560 -1.10251749 -0.55131296
C 5.23482588 -1.19859249 2.23686950
C 5.94505773 -1.91873254 0.03034860
C 6.07968103 -1.96677182 1.42444000
H -3.43898831 2.00220500 -1.00154999
H -2.26793697 -1.00566756 1.06922063
H -1.05349097 2.49779597 -1.36813012
H -5.15818479 -0.82620117 -2.08392483
H -5.67830790 -1.15189525 -0.44793522
H -5.09833936 0.43871390 -0.87998333
H -3.60041385 -2.75024727 -1.96834618
H -2.42052582 -2.86247013 -0.68447039
H -4.11869269 -3.07358570 -0.33130436
H -0.62820271 0.58101967 0.83172725
H -4.51640823 -2.47538363 3.22483141
H 2.32934191 1.04557562 1.47963040
H 1.59748479 -0.35884249 0.74134717
H 3.61027765 0.20414348 2.27551647
H 4.86278557 -1.06584075 -1.61573252
H 5.33761488 -1.23527048 3.30128905
H 6.59012507 -2.50525297 -0.58995946
H 6.82753511 -2.58997224 1.86855186
23482588 -1.19859249 2.23686950
C 5.94505773 -1.91873254 0.03034860
C 6.07968103 -1.96677182 1.42444000
H -3.43898831 2.00220500 -1.00154999
H -2.26793697 -1.00566756 1.06922063
H -1.05349097 2.49779597 -1.36813012
H -5.15818479 -0.82620117 -2.08392483
H -5.67830790 -1.15189525 -0.44793522
H -5.09833936 0.43871390 -0.87998333
H -3.60041385 -2.75024727 -1.96834618
H -2.42052582 -2.86247013 -0.68447039
H -4.11869269 -3.07358570 -0.33130436
H
-0.62820271 0.58101967 0.83172725
H -4.51640823 -2.47538363 3.22483141
H 2.32934191 1.04557562 1.47963040
H 1.59748479 -0.35884249 0.74134717
H 3.61027765 0.20414348 2.27551647
H 4.86278557 -1.06584075 -1.61573252
H 5.33761488 -1.23527048 3.30128905
H 6.59012507 -2.50525297 -0.58995946
H 6.82753511 -2.58997224 1.86855186
这是输入文件
请老师帮我看看，非常感谢
A:
图都对不上，结构式里边俩硫，三维结构就一个硫
Q:
是的，老师，是一类分子，我没有平面图，就用个类似的替代了
请老师帮我看下我这个问题出在哪里了
老师，是一类分子，我没有平面图，就用个类似的替代了
我主要想让您看下那个阴离子结构
老师们真是火眼金睛啊
[图片]这个是核心结构
A:
电子结构差老远，根本没可比性
你的结构N旁边都没sp2杂化的碳
Q:
老师，这是个酶水解产物的结构，我直接从反应物的结构通过断键得到的这个结构，您的意思这个结构中N应该合理吗？ [图片]老师，图中1不是sp2C吗？
更正下：N不合理吗？
A:
你这是已经优化到散架之后的结构，初始结构哪有sp2的
初始结构下五元环那个氮怎么看都不稳定
你可以在隐式溶剂模型下再优化一次，环还散架就说明根本没这个结构
Q:
好的，老师
老师，顺便帮我看看初始结构，到底哪里有问题，谢谢
老师，再打扰您一下[图片]初始结构中那个C是sp3杂化，但是优化过程中C-S键好像断了，那个C就变成sp2了，老师，我的初始结构应该没有问题，我看2003年一篇文献中对这个结构好像是用HF/6-31g*优化的，老师那我应该怎么办嫩？能不能把弥散去掉@Sobereva
A:
初始结构看不出问题
不是弥散的事
不要用HF
Q:
老师，03年那时候都怎么没加弥散呢
A:
对优化的必要性没那么大
人家是为了偷懒、省时间才这么干的
或者本身缺乏常识也有可能
Q:
那您的意思，优化的时候我可以不用弥散，下一步算静电势时再加上，也影响不大是吗？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.06.19 06:42:27
Q:
[图片]老师，这幅图的描述：11O的2p轨道和7C的2p轨道形成pi的反键轨道；这样表述合理吗？如果不是，它是什么轨道类型呢
A:
右边是甲醇？
Q:
是
A:
这是孤对电子轨道
把等值面数值设大了就剩氧那一坨了
Q:
[图片]老师，那这个是什么轨道?应该不是孤对电子轨道
A:
sigma和孤对电子特征混合特征
----------------------------------------------------
2016.06.19 06:44:43
Q:
激发态的频率计算出现虚频，这正常么？
A:
正常，需解决
Q:
需要消掉虚频再用校正因子求吉布斯自由能么？
对激发态结构再优化？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.06.19 06:59:54
Q:
sob老师，请问下在寻找离子液体阴阳离子相互作用最稳定结构时，能不能根据阴阳离子静电势最强位点定性摆放，就不各个位点进行寻找了？
A:
这只能说，如果只试一次，这是最大可能得到最稳定结构的方法，但未必一定能得到最稳定结构
Q:
如果允许多尝试几次的话，是不是在静电势最大的周围试试就可以了
A:
y
----------------------------------------------------
2016.06.19 07:09:01
Q:
请问，分子说明部分包括电荷自旋多重度原子坐标原子连接关系这些内容，还包括冗余坐标定义的约束算不算分子说明？
请问，分子说明部分包括电荷自旋多重度原子坐标原子连接关系这些内容，另外，冗余坐标定义的约束算不算分子说明？
A:
算
----------------------------------------------------
2016.06.19 18:31:59
Q:
老师，请教您一个问题。上次您说ELF计算出来的盆的.cube文件能够用Chimera 软件作图会好看一些。但是您发我的连接是做等值面的，所以对盆的作图不同，我研究了好久还是不会做，请您给予我指导，谢谢！
A:
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179
导出cube文件也可以用VMD作，Multiwfn手册3.20.3节提了
----------------------------------------------------
2016.06.19 19:34:21
Q:
老师们，我现在用半经验方法重新优化昨天的分子，像这种结构的，[图片]，尝试了多种方法：[图片]PM6
[图片]AM1
[图片]PM3
只有PM3在优化完毕保持了正确的结构，那我能用这个结构去计算静电势拟合resp吗？
这个中间物分子单独存在确实不稳定
等待老师的指点，麻烦您了
看来PM6的结构最接近DFT
PM6对于前三周期的元素来说，精度还是可以接受的。
A:
能优化出来不代表是稳定结构，非得用这个结构的话那就用PM3的
----------------------------------------------------
2016.06.19 21:17:44
Q:
我看了内容，好像gaussian多一些，而且这次正好赶上出差，请问什么时候有VASP培训？
A:
没有
Q:
请问，本次培训计划多少人参加？
A:
现在不好估计
Q:
会超过百人？
A:
不打算
----------------------------------------------------
2016.06.19 21:17:44
Q:
Sob老师在啊，哈哈，正好请教一个问题，G09的ONIOM对周期性模型效果怎么样，我算过一个，边界处的分子扭曲很大
优化激发态
A:
周期性甭用ONIMO搞
Q:
比如一个TiO2表面吸附一个有机分子，结构优化，用Gaussian可以搞吗
A:
高估ONIOM的价值、乱用ONIOM只会适得其反
可以，按照团簇来算
Q:
手册里有说明吗？或者sob老师给个连接可以吗？
A:
什么说明？
Q:
团簇计算，TiO2表面吸附一个有机分子，结构优化，
A:
手册里当然不可能说明
Q:
难道你的意思是构建一个团簇，然后像普通分子一样计算？
A:
手册里都没几个像样的例子，更轮不到这么小众的问题
[图片]
Q:
对的，就是这样的
A:
计算化学公社的搜索栏里搜“团簇”，能搜到一大堆讨论
----------------------------------------------------
2016.06.20 00:14:33
Q:
各位，请问谁在Linux系统下装过g09?
求助各位老师
[图片]
[图片]
能不能把网址链接发一下呢？
[图片]
A:
啥网址？
老老实实按我幻灯片里的做法配置就完了，别写乱七八糟的
Q:
老师，请问幻灯片在哪能看到呢？
A:
参加科音基础量化培训班才能得到纸质版讲义，里面有1700多页幻灯片，包括这个
凡是看到这种上面写着“科音基础量子化学培训班”的截图，都是来自于培训班的幻灯片
Q:
这是sob老师说的那个幻灯片吗？
A:
是
Q:
好的，那我试试，谢谢老师和@LiYuanhe
能把关于高斯安装的整个步骤的幻灯片发给我吗？
A:
这就是整个安装步骤，没有其它的
Q:
可是我的g09文件夹里没有default文件
A:
自己去建
Q:
那内容编辑什么呢？
A:
幻灯片都写了啊
-M-是默认的%mem，-P-是默认的%nproc
Q:
老师，那“重新进入shell使环境生效”是什么意思呢？
A:
登出在再登进来
Q:
退出账户吗？
A:
不懂基础的话去网上google写linux基础
----------------------------------------------------
2016.06.20 00:25:24
Q:
老师请问下在石墨烯表面修饰羟基的话力场文件该怎么解决啊有参考资料吗[表情]谢谢
还有个问题就是在体系里面加水遇到这个问题 [图片] 请问是怎么回事
谢谢
A:
名称随意，涉及到的各文件里保持一致即可
不用管这提示。看最终加完之后结构合理、数目差不多合适就行
自己改拓扑关系，填进合适的力场参数
或者用amber更容易一些
----------------------------------------------------
2016.06.20 00:57:28
Q:
sob老师，有个小问题请教您，我在优化一个结构的三重态，出现了这样的问题：[图片]，我的输入命令是这样子的：#p pbe1pbe/6-31g。但是我用b3lpy,m06，它都是可以收敛的，请问我应该怎样修改呢？
A:
不得用6-31g
拿另外两个收敛的波函数当初猜
Q:
老师，我用tzvp也是一样的
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
噢，也就是用收敛的结构做初猜，然后再用pbe0+合适基组算吗
老师，我就是不太懂这一步应该怎样做[图片]
A:
你那是SCF不收敛，跟结构无关
Q:
嗯~那我学习一下怎么读取波函数
A:
某个结构下，先用其它泛函算一次单点，然后换成你的泛函，guess=read
Q:
噢~sob老师，请问是guess=read的同时，再加上opt嘛？
A:
如果你打算优化就加
Q:
是的，因为我一开始就是要优化三重态的
A:
已经优化多少步了？
Q:
在results里显示不了opt，是灰色不可选的
老师，如果是这样的话，请问我在用其它泛函算单点的时候，是不是也要设置自旋度为3呀
A:
拿其它泛函优化收敛的结构当当前的初始结构再用PBE1PBE优化
当然得
----------------------------------------------------
2016.06.20 04:13:19
Q:
[图片]各位老师请教一下红色框的部分的数值在0K的时候为0吗？谢谢了老师
A:
当然为0
----------------------------------------------------
2016.06.20 04:18:26
Q:
怎么从gromacs的trr文件中提取坐标，为什么每一步都这么难/流汗导入到VMD中也看不了
怎么从gromacs的trr文件中提取坐标，为什么每一步都这么难[表情] 导入到VMD中也看不了
A:
trjconv转换为.pdb、.gro之类文本格式
VMD看不了是你操作不对
分明很简单
Q:
/惊讶
[表情]
sob老师，是VMD哪个地方需要设定一下吗？
显示了FRAME 和ATOMS Display中没有东西
A:
先载入gro再往相同id载入trr
----------------------------------------------------
2016.06.20 04:21:48
Q:
老师好，我想建立一个CdSe@ZnS的核壳构型做计算，CdSe是核，有33对儿；ZnS是壳，有78对儿。我现在有核CdSe33对儿构型的坐标，但是没有完整的核壳构型的坐标，请问老师有什么好的方法建立这样的一个完整核壳构型吗？构型如下[图片]
谢谢各位老师了！
嗯嗯
嗯嗯
这个算是半导体纳米材料
是的
我现在构型还没有建起来
建立构型，然后优化
老师有没有什么好的方法关于建立这样的一个构型？
A:
把ZnS复制延展成足够大的复晶胞，载入VMD，把Cd33Se33结构也载入进去。利用VMD的选择语句恰当选取出一个ZnS球状壳层，把Cd33Se33挪进去，如果看起来差不多对上，就保存结构。如果细节处有不妥的再在gview里修改修改
估计直接这么搞出来和实际还差很多，得再自行挪挪原子
Q:
VMD是什么软件？
A:
google第一条就是
----------------------------------------------------
2016.06.20 04:58:32
Q:
[图片] 老师编辑47号文件输出nbo文件出现这个错误
请问老师这个问题怎么解决呢谢谢老师
A:
你已经有了.47文件，然后自己改了.47文件，放NBO里运行报的错？
Q:
对我已经修改47文件了
可是就老出现这个错误
A:
改之前能运行不？
----------------------------------------------------
2016.06.20 07:35:03
Q:
各位老师好：在优化过渡态时，输入文件后报错， EOF while reading ECP pointer card.
Error termination via Lnk1e in /home/users/nwnuliujc/Gaussian/g09/l301.exe at Mon Jun 20 00:12:28 2016.
这个怎么解决
A:
赝势格式不对
----------------------------------------------------
2016.06.20 08:15:28
Q:
伞形采样里面生成pull.tpr报错，内容如下：
Replacing old mdp entry 'nstxtcout' by 'nstxout-compressed'
ERROR: pull-coord1-groups should contain 2 pull group indices
WARNING 1 [file md_pull.mdp, line 62]:
Unknown left-hand 'pull_group0' in parameter file
WARNING 2 [file md_pull.mdp, line 62]:
Unknown left-hand 'pull_group1' in parameter file
WARNING 3 [file md_pull.mdp, line 62]:
Unknown left-hand 'pull_rate1' in parameter file
WARNING 4 [file md_pull.mdp, line 62]:
Unknown left-hand 'pull_k1' in parameter file
（但是mdp第62行是空白）
我的index.ndx文件是
0 System : 26878 atoms
1 Other : 6418 atoms
2 DRG : 18 atoms
3 DPPC : 6400 atoms
4 Water : 20460 atoms
5 SOL : 20460 atoms
6 non-Water : 6418 atoms
7 drug : 18 atoms
8 lipid : 6400 atoms
我想drug从lipid拉出，因此mdp为
tc-grps = system ; two coupling groups - more accurate（没有蛋白，所以用system）
... ...
pull_group0 = lipid ; strong_posre
pull_group1 = drug ; leaving group
请问怎么办？
A:
照着手册写。gmx 5开始写的方式变了。按老方式写就用老版本
Q:
4.6.7的mdp与5.0.5一样啊
A:
看手册
一样还能unknown?
----------------------------------------------------
2016.06.20 16:37:22
Q:
[图片]请问为什么我的log文件是这样的，而chk文件却是这样的？[图片]
这两个氢上的键是什么回事？
一样的
就突然多了两个键
但是我画图的时候，要用到chk文件，HOMO,去了键就看不到轨道分布了
A:
可以自行调节fch里的连接关系，使得改变连接方式后依然可以在gv里看MO，见
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2708
----------------------------------------------------
2016.06.20 18:29:50
Q:
[图片]请问下各位老师，审稿意见中的SAOP这个是什么意思呢？应该是怎么去修改呢？谢谢大家了
A:
即曰让你用SAOP泛函算算TDDFT。根本没必要这么搞，这么小众向的泛函，都不被什么程序支持。
----------------------------------------------------
2016.06.20 18:36:44
Q:
请教各位老师和同我的C H ＯＮ　Ｃl 的体系，用COSMO模型比较好还是SMD模型比较好？
A:
不知道用什么时候一律用SMD
----------------------------------------------------
2016.06.20 18:52:04
Q:
各位老师好，我在用高斯优化结构时出现轨道的系数太大[图片]，最后的结果一直错误，这个怎么解决啊
A:
不用管那个提示
----------------------------------------------------
2016.06.20 19:29:46
Q:
高斯计算TD的时候有个垂直激发能，但是分子的基态加上这个垂直激发能比LUMO能级还要低，是不是因为，轨道平方和为0.5的原因？有知道的么。
A:
本来和LUMO就没有任何可比性
----------------------------------------------------
2016.06.20 19:35:30
Q:
用gmx solvate加入水分子的时候是不是有些水分子会超出盒子的边界范围导致EM NVTMD的时候水分子的键比盒子边长还长[表情][图片]
A:
用trjconv重新搞一下轨迹，让轨迹里分子保持完整就完了
----------------------------------------------------
2016.06.20 19:38:37
Q:
[图片]老师，零点振动校正是不是按这个公式？
A:
当然不是。那是ZPE
而且你这个公式是完全错误的
----------------------------------------------------
2016.06.20 22:01:37
Q:
请问R-ORP基组就是这样写吗？gaussian里有定义吗？
请问R-ORP基组就是这样写吗？gaussian里有定义吗？还是属于自定义基组？
A:
没定义
没定义，EMSL上都没有，得根据原文自己定义
Q:
[图片]
我不知道该怎么写
没用过
A:
里面有原文IJQC,116,1084
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
这么新的基组EMSL上是不会有的，要在理解自定义基组格式的基础上自行看原文来设定
Q:
C 0
S 6 1.00
3047.5249000 0.0018347
457.3695100 0.0140373
103.9486900 0.0688426
29.2101550 0.2321844
9.2866630 0.4679413
3.1639270 0.3623120
C 0
S 1 1.00
3047.5249000 0.0018347
S 1 1.00
457.3695100 0.0140373
S 1 1.00
103.9486900 0.0688426
S 1 1.00
29.2101550 0.2321844
S 1 1.00
9.2866630 0.4679413
S 1 1.00
3.1639270 0.3623120
这两个等价吗？都对吗？
A:
不等价。前面的收缩了，下面的没收缩，所以下面的结果会更好，但是计算量更大
Q:
恩，谢谢
Table S1. R-ORP basis set for hydrogen.
s-type functions
34.06134100 0.00601459 0.00000000 0.00000000
5.12357460 0.04512065 0.00000000 0.00000000
1.16466260 0.20107577 0.00000000 0.00000000
0.32723041 0.50627625 0.00000000 0.00000000
0.10307241 0.00000000 1.00000000 0.00000000
0.03246618 0.00000000 0.00000000 1.00000000
p-type functions
0.35000000 1.00000000 0.00000000
0.09000000 0.00000000 1.00000000
这是文献给我，我真不知道该怎么写了
sob老师指导一下吧，麻烦您了
A:
H
S 4 1.0
34.06134100 0.00601459
5.12357460 0.04512065
1.16466260 0.20107577
0.32723041 0.50627625
S 1 1.0
0.10307241 1.00000000
S 1 1.0
0.03246618 1.00000000
P 1 1.0
0.35000000 1.00000000
P 1 1.0
0.09000000 1.00000000
应该是这样
Q:
谢谢sob，不过我觉得好诡异，还是不明白具体
我依葫芦画瓢，一会画完您帮我检查下哈
葫芦撤回了一条消息
Table S2. R-ORP basis set for carbon.
s-type functions
8506.03840000 0.00051039 0.00010867 0.00000000 0.00000000
1275.73290000 0.00394372 0.00084386 0.00000000 0.00000000
290.31187000 0.02023658 0.00434683 0.00000000 0.00000000
82.05620000 0.07865967 0.01744452 0.00000000 0.00000000
26.47964100 0.22851902 0.05388508 0.00000000 0.00000000
9.24145850 0.43506553 0.12665993 0.00000000 0.00000000
3.36435300 0.35573323 0.17108907 0.00000000 0.00000000
0.87174164 0.04196349 -0.14334921 0.00000000 0.00000000
0.36352352 -0.01271868 -0.59498063 0.00000000 0.00000000
0.12873135 0.00000000 0.00000000 1.00000000 0.00000000
0.04558649 0.00000000 0.00000000 0.00000000 1.00000000
p-type functions
34.70949600 0.00533303 0.00000000 0.00000000
7.95908830 0.03583140 0.00000000 0.00000000
2.37869720 0.14216808 0.00000000 0.00000000
0.81540065 0.34127498 0.00000000 0.00000000
0.28953785 0.46636609 0.00000000 0.00000000
0.10084754 0.00000000 1.00000000 0.00000000
0.03512572 0.00000000 0.00000000 1.00000000
d-type functions
0.18000000 1.00000000 0.00000000
0.07000000 0.00000000 1.00000000
C 0
S 9 1.00
8506.03840000 0.00051039 0.00010867
1275.73290000 0.00394372 0.00084386
290.31187000 0.02023658 0.00434683
82.05620000 0.07865967 0.01744452
26.47964100 0.22851902 0.05388508
9.24145850 0.43506553 0.12665993
3.36435300 0.35573323 0.17108907
0.87174164 0.04196349 -0.14334921
0.36352352 0.01271868 -0.59498063
S 1 1.00
0.12873135
S 1 1.00
0.04558649
P 3 1.00
34.70949600 0.00533303 0.00000000 0.00000000
7.95908830 0.03583140 0.00000000 0.00000000
2.37869720 0.14216808 0.00000000 0.00000000
P 1 1.00
0.81540065 0.34127498 0.00000000 0.00000000
P 1 1.00
0.28953785 0.46636609 0.00000000 0.00000000
P 1 1.00
0.10084754 0.00000000 1.00000000 0.00000000
P 1 1.00
0.03512572 0.00000000 0.00000000 1.00000000
D 1 1.00
0.18000000 1.00000000 0.00000000
D 1 1.00
0.07000000 0.00000000 1.00000000
A:
那还发两遍...
不用贴，都知道是R-ORP的补充材料里的
Q:
sob老师，没法两遍啊
A:
15:34:11
15:34:33
明显是两遍
Q:
第一，不明白S函数为什么是5列
第二，不知道p函数后面的那么多0.00000000何用
谢谢
我发错的，撤回了，你可能版本问题看不到撤回
A:
计算化学公社量化版资源分享区有
不要指望撤回功能有效
Q:
麻烦帮我改下吧，谢谢
不太理解后面那些0.00000的意义，所以不知道该如何处理，抱歉
A:
S 9 1.0
8506.0384 0.00051039
1275.7329 0.00394372
290.31187 0.02023658
82.0562 0.07865967
26.479641 0.22851902
9.2414585 0.43506553
3.364353 0.35573323
0.87174164 0.04196349
0.36352352 -0.01271868
S 9 1.0
8506.0384 0.00010867
1275.7329 0.00084386
290.31187 0.00434683
82.0562 0.01744452
26.479641 0.05388508
9.2414585 0.12665993
3.364353 0.17108907
0.87174164 -0.14334921
0.36352352 -0.59498063
S 1 1.0
0.12873135 1.00000000
S 1 1.0
0.04558649 1.00000000
P 5 1.0
34.70949600 0.00533303
7.95908830 0.03583140
2.37869720 0.14216808
0.81540065 0.34127498
0.28953785 0.46636609
P 1 1.0
0.10084754 1.00000000
P 1 1.0
0.03512572 1.00000000
D 1 1.0
0.18000000 1.00000000
D 1 1.0
0.07000000 1.00000000
里面有两处tab改成空格
----------------------------------------------------
2016.06.20 22:03:54
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
你把ATM凭条拍下来发给到科音邮箱也有效
----------------------------------------------------
2016.06.20 22:31:04
Q:
大社长，你在RDG研究弱相互作用的文章里说这种方法有局限和弊端，请问这个局限和弊端是什么
A:
弊端是指不好定量化，而且色彩刻度选取任意性大，必须要求在平衡结构进行（近了反倒被认为成了化学键），而且sign(lambda2)rho的符号在某些区域会一下子反转（比如红、蓝区域直接相接），这个太sharp了，没有过渡
----------------------------------------------------
2016.06.20 22:32:18
Q:
各位老师好，我现在算的是CF2=CFCl+HF在Cr2O3下的取代反应，算了几次之后发生了取代，但是整体都变得越来越小，距离也越来越远，没有办法结束了，，请问老师们是什么原因啊？？
[图片]
Cr2O3是固体，怎么可能真的只画一个Cr2O3，这模型没有合理性
老师的意思是应该画成类似簇的形式吗，，，
用足够好的团簇或直接做表面上的计算（Gaussian不行）
是用Gaussian不能完成这个催化反应机理的分析吗？？
A:
不是高斯不能，而是你建的模型太差，完全反映不了实际
----------------------------------------------------
2016.06.20 22:37:01
Q:
想用multiwfn分析多个键鞍点的性质，除了把每一个的坐标记下来，然后进行分析，有没有简单一些的方法
A:
那叫键临界点
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
直接用主功能2选项7就能看临界点的性质，仔细看此文
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
----------------------------------------------------
2016.06.20 22:42:07
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
恩
----------------------------------------------------
2016.06.20 22:46:02
Q:
群主，我看了5.0和4.6的版本，指令是差异非常大，尤其这两个参数看不清怎么使用？教程和手册也说得不详细
pull-group1-name：
pull-coord1-groups：
能否指导一下麼？
A:
不懂索性就降回gmx4
gmx5也并没多大好处
Q:
但是前期gro准备以及top都采用5.0，很辛苦才得到这个它们
A:
top和gro是可以和gmx4兼容的
----------------------------------------------------
2016.06.20 22:49:40
Q:
sob老师，Multiwfn里面介绍绘制密度差的图，绘制一个石墨烯（C54H18）上放置碱金属Ca2+的[图片]在绘图时候我用B3lyp 6-31g*作图的，然后在VMD里面作图选取isovalue=0.002然后有：[图片]，但是我老师说这样
是错的，说边界的H是用来H封闭的，（当然我计算的时候加了H是用的全优化计算的，没有冻住H），作图的话边界的C-H是不会有密度差变化的，后来我慢慢把isovalue调到0.006才不出现边界的密度差[图片]，我想问问sob老师我老师所说的正确吗？
sob老师，Multiwfn里面介绍绘制密度差的图，绘制一个石墨烯（C54H18）上放置碱金属Ca2+的[图片]在绘图时候我用B3lyp 6-31g*作图的，然后在VMD里面作图选取isovalue=0.002然后有：[图片]，但是我老师说这样是错的，说边界的H是用来H封闭的，（当然我计算的时候加了H是用的全优化计算的，没有冻住H），作图的话边界的C-H是不会有密度差变化的，后来我慢慢把isovalue调到0.006才不出现边界的密度差[图片]，我想问问sob老师我老师所说的正确吗？
A:
边界氢的电荷发生微小变化是很正常的，等值面数值设小了肯定能看出来
Q:
谢谢老师，如果我把边界的C-H显示在文章的图里面会受到攻击吗？或者老师您知道利用Multiwfn绘制密度差的那块是否有人发过相应的文献呢？
A:
谁攻击谁傻
1100多篇引用Multiwfn程序的文章里最起码50篇都作了密度差图
----------------------------------------------------
2016.06.20 22:56:20
Q:
我计算一个分子片段，包含NH4+,直接利用晶体的结构数据，NH4+的某些N-H不能找到键临界点，如果优化之后再找的话，因为原子数目比较多，只能用低档的计算水平，又担心优化之后，结构与晶体结构相差太大
A:
晶体测的氢的位置一般是严重不准的。应当固定重原子重新优化氢原子位置
优化氢原子位置用6-31G**就已经够了
Q:
我如果用数值基组直接优化晶体后，然后再重新选取分子片段，采用DFT分析拓扑性质，还是以原始晶体为基础，选取分子片段，采用DFT方法优化分子片段，再进行拓扑分析，这两种路线哪种更合理
A:
不都有晶体了，还重新优化晶体干嘛？
Q:
不是晶体内NH4+的H位置不合理嘛
想优化一下
A:
看你想研究什么啊
研究在晶体构型下，还是孤立状态构型下
Q:
研究晶体内的分子间相互作用
A:
那就用晶体构型就完了，何故取出来再优化
如果是指你要用Multiwfn做拓扑分析，Multiwfn不支持数值基组，此时才要从晶体复晶胞里取出一个团簇，用高斯之类固定重原子优化氢原子位置，然后对得到的波函数用Multiwfn进行拓扑分析
----------------------------------------------------
2016.06.20 23:03:05
Q:
请问multiwfn可以计算partial DOS吗？
A:
可，看手册4.10节
Q:
multiwfn的partial DOS模块好像不支持cub文件吧
A:
本来cube里的信息也根本没法用来绘制PDOS
----------------------------------------------------
2016.06.20 23:12:57
Q:
请问老师有引用molclus软件的文章没，谢谢老师
A:
目前没有
Q:
老师用了molclus软件想法文章需要怎么引用呢直接引用网址编辑说打不开[表情]
A:
http://www.keinsci.com/research/molclus.html这个molclus网址有谁打不开？
Q:
打得开
A:
不知道编辑怎么想的
----------------------------------------------------
2016.06.20 23:17:06
Q:
sob老师计算一个氢键复合物，用camb3lyp,lanlzdz一直振荡不收敛，用了calcall也不行,试了小基组STO-3G,还是不收敛，请问老师应该怎样解决，谢谢老师
A:
甭用cam-b3lyp，根本不适合计算此类问题
lanl2dz不适合给一般原子用，只适合>=第四周期的
STO-3G收敛了也毫无意义，太烂
Q:
老师我算的是这个复合物[图片]
是不是氧气的位置摆放的有问题
A:
先把计算级别搞合理了再说
Q:
哦哦老师一定得用混合基组吗
A:
没说非得一定
图省事就直接写def2SVP
Q:
老师如果计算的一个复合物的激发能是负值，是说明结构有问题还是设置的不合理
A:
没收敛到基态波函数
Q:
老师那我这个体系改用def2svp,就差不多能收敛了吗，谢谢老师啦
A:
未必
说收敛之前必须先把更严重的问题解决。计算级别都不合理，收敛了也白搭
Q:
老师计算机别是指我用的泛函和基组都不合理吗
A:
y
Q:
用B3LYP,可以吗老师，谢谢老师啦
A:
仔细看看
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
Q:
嗯嗯，谢谢老师
A:
你对弱相互作用的计算还处于完全外行阶段
----------------------------------------------------
2016.06.20 23:19:33
Q:
各位老师，哪位有Linux版本的Gaussian09D0.1的安装包啊？
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=175&highlight=gaussian
[图片]，李老师这里的Gaussian09格式是zip
[图片]虚拟机里的gaussianview装了好几次了，打开之后就这样，请问这和我虚拟机设置有关系吗？
Linux可以安装Zip的吗？
A:
改用vmware虚拟机，是虚拟机里最好的
应该就是虚拟机的事
还不如直接用linux的gv
正因为linux下不好解压rar，才刻意用.zip
Q:
老师，我把这个安装包给卖服务器的让他装软件，他说这个版本是windows的
A:
卖服务器的完全是linux外行
Q:
哦哦，多谢各位老师的指点。
A:
明显连unzip都不知道
主流Linux图形界面也能直接解压zip
Q:
他们是看到里面有.exe就误以为是windows了
现在没问题了
A:
一看都没装过高斯，让它们装也装不好
Q:
现在只想打包windows自己就可以zip，想要高压缩率有7-zip，然而还是有无数的人打包必须得装winrar。。。
A:
rar压缩率比zip高
7zip压缩速度太慢，程序也没winrar用着方便
所以我只是在储藏较大的文本文件(.out、.fch、.cube）的时候才会压成.7z，平时一般还是winrar，发布linux的程序则用.zip
----------------------------------------------------
2016.06.20 23:55:06
Q:
sob,用multiwfn做CDA的时候，吧complex的log弄进去软件直接就退出了，用fchk文件的话，到第一个片段的时候，也就退出来了。是什么情况呢？
A:
用最新版本，还这样就说明输入文件有问题
Q:
哦哦。我重新下一个试试看看。谢谢
[图片][图片]sob,用新版本也不行，complex和片段的输入文件分别是这么写的，按照手册来的。
写错了吗？
A:
不用写这些，就拿单点任务的fch文件按就行了
你先把手册里的例子完成重复一遍
Q:
那个重复出来了
我就是自己算的结构，进去就秒退
软件的例子重复出来了。
A:
打开.fch文件，看里面有没有古怪的情况，比如出现型号，或者末尾不完整
用的啥基组？
Q:
6-31g*
[图片]fchk进去也没啥问题，后面按着就退出了
A:
输入输出文件和fch文件都发给我
Q:
好的。稍等。
A:
Multiwfn直接显示的轨道图
并没有闪退。
先载入ts.fchk，再载入s.fchk和ni.fchk
[图片]
错误提示是因为你单独用6-31G*的时候没写5d 7f。这点在群共享里《广义化的电荷分解分析(GCDA)方法》和博文里都特意强调了
----------------------------------------------------
2016.06.20 23:59:32
Q:
老师，有没有介绍diabatic states计算的资料[表情]
A:
Annu. Rev. Phys. Chem. 2010. 61:149–70
还有
[图片]
----------------------------------------------------
2016.06.21 00:01:41
Q:
我想问一下在高斯选择内存大小的时候内存的选择说一般选择3N^3 大小
那后面的单位是什么，是B还是字？
不是一个汉字代表两个字节么，所以……
A:
别信这个
尽可能分配大
----------------------------------------------------
2016.06.21 00:07:44
Q:
Sob老师请问这个图形是怎么做的呢？[图片]
A:
Multiwfn直接显示的轨道图
Q:
Sob老师，我想看整个反应中的电子转移的情况，请问在Multiwfn中直接观看轨道图就可以吗？
A:
做密度差图，或者看原子/片段电荷的变化（也可以绘制成电荷 vs IRC坐标的曲线图直观考察）
----------------------------------------------------
2016.06.21 00:35:28
Q:
用vasp做计算时，需要的文件有KOPINTS,POSCAR,POTCAR,INCAR。我现在想要做截断能的测试，需要哪些文件呢？在服务器上提交作业只能用.pbs提交。侯柱峰老师关于截断能测试的脚步如下[图片]这部分脚步内容是写在哪个文件里呢？谢谢
A:
没用过他的脚本，图也没看到
自己写个脚本也很容易，每次循环更改INCAR里的ENCUT算一次
Q:
脚本事单独作为一个输入文件吗？
A:
脚本每次循环自动更新INCAR里的内容，并调用vasp执行计算
可以参考
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258
----------------------------------------------------
2016.06.21 00:35:46
Q:
老师：您好！请问在NBO6的安装过程中，[图片]，按照您的帖子，我下载了这些文件[图片]，根据NBO的
[图片]我还是不知道怎样安装，他说这里，[图片]下载MSYS，可是我这个网址不对。请老师指教谢谢····/抱拳
老师：您好！请问在NBO6的安装过程中，[图片]，按照您的帖子，我下载了这些文件[图片]，根据NBO的[图片]我还是不知道怎样安装，他说这里，[图片]下载MSYS，可是我这个网址不对。请老师指教谢谢····[表情]
A:
NBO就NBO，跟molpro何干？
Q:
[表情]
我是根据[图片]。来下载的文件的，可是有好多，所以就有点病急乱投医····，我现在已经下载了NBO[图片]，里面的子目录如下，
我是根据[图片]。来下载的文件的，可是有好多，所以就有点病急乱投医····，我现在已经下载了NBO[图片]，里面的子目录如下，[图片]。可是点击后出现闪退···
[图片]。可是点击后出现闪退···
A:
你下这个
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3448&highlight=NBO6
Q:
是全部下载吗？还有老师。在优化的时候出现了这个错误，，，是需要调整结构重新算吗？[图片]
A:
帖子都给了下载地址啊下载地址：https://pan.baidu.com/wap/share/home?uk=2453613143
GENNBO就按我说的在命令行下提供.47文件就直接运行了
之后诸如./gennbo6 < xxx.47就能运行
Q:
老师：您说的是下载这个[图片]里面的吗？，这个网址打开后，有如下文件：[图片]，是都下载吗？谢谢！
恩好的，谢谢老师，您说的我之前就下载好了，所以才没能理解您说的，抱歉，至于您说的，[图片][图片]。我还是没有明白您说的。例如这个
[图片]，这个是用dos来命令打开NBO程序吗？然后加入老师您刚刚说的[图片]。之前没有单独使用过NBO ,理解迟钝，还请老师您多多包涵，，，。如下是我按照老师您给的网址下载的NBO的第一个子目录列表
[图片]，然后点击bin文件夹后，出现了这样的NBO程序[图片]。请问我现在要做的是什么呢？/撇嘴，/奋斗
[图片]，然后点击bin文件夹后，出现了这样的NBO程序[图片]。请问我现在要做的是什么呢？/撇嘴，/奋斗
恩好的，谢谢老师，您说的我之前就下载好了，所以才没能理解您说的，抱歉，至于您说的，[图片][图片]。我还是没有明白您说的。例如这个[图片]，这个是用dos来命令打开NBO程序吗？然后加入老师您刚刚说的[图片]。之前没有单独使用过NBO ,理解迟钝，还请老师您多多包涵，，，。如下是我按照老师您给的网址下载的NBO的第一个子目录列表[图片]，然后点击bin文件夹后，出现了这样的NBO程序[图片]。请问我现在要做的是什么呢？[表情]，[表情]
A:
双击run运行
run用文本编辑器一打开就知道是干什么的了
Q:
我双击了，然后出现了闪退，并且衍生出了两个红色方框文件[图片]
A:
打开test.out，是运行test.47得到的输出文件
那不叫什么闪退。运行完毕窗口当然会自动关闭，除非你一开始就是先进入DOS界面才运行的run
Q:
老师：请问关于NBO使用这的理解，是这样的吗？我都快被自己给蠢哭了·····[表情]。可以麻烦您帮我看看吗？我前面问老师的问题···
A:
你一双击run.bat，它就自动调用bin\gennbo载入输入文件test.47计算，然后你查看输出文件test.out就完了，不要做多余的事
Q:
老师：您的意思是说：我要算的文件的文件直接命名为test.47, 然后双击run,就直接运行我要计算的，是吗？[表情]
A:
y
----------------------------------------------------
2016.06.21 00:50:13
Q:
sob老师，我用gmx trjconv 的atom,nojump修改了轨迹，感觉体系的能量都会发生改变/惊讶
sob老师，我用gmx trjconv 的atom,nojump修改了轨迹，感觉体系的能量都会发生改变[表情]
A:
能量跟轨迹是分离的，根本没直接关系。能量在edr里
----------------------------------------------------
2016.06.21 00:52:04
Q:
各位前辈好！能不能请教一个问题：过渡金属配合物单重态的金属中心的价态和三重态的金属中心价态一定不同，这个说法对吗？能不能举个简单例子
A:
没必然关系
----------------------------------------------------
2016.06.21 00:53:32
Q:
[图片]老师，做CDA出现这个错误，是不是我的自旋多重度有问题
A:
要么你计算时候自旋多重度不合适，要么你在Multiwfn里让你选择翻转自旋的时候没设对
Q:
自旋多重度我是单独算了一下片段的，取能量最低的，这样对吗
A:
[图片]
应当尽量和复合物中的状态相对应
----------------------------------------------------
2016.06.21 00:55:45
Q:
中途计算中断，命令中加入 opt=restart geom=chk ，但是出错，请问如何解决？错误提示：GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Restoring state from the checkpoint file "4-vinylpyridinecomplex201.chk".
Title: [No Title]
Route: # freq b3lyp/6-31g(d,p) opt pop=nbo
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
NTrRot= 0 NTRed= 219 NAtoms= 43 NSkip= 0 IsLin=F
Error in internal coordinate system.
Error termination via Lnk1e in /usr/g09/l103.exe at Mon Jun 20 23:39:57 2016
A:
用restart就甭用geom=check了
----------------------------------------------------
2016.06.21 00:59:30
Q:
[图片]想请教下，ω代表什么？谢谢。
A:
外场频率
----------------------------------------------------
2016.06.21 01:04:04
Q:
rotational symmetry number的定义是什么？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.06.21 01:18:19
Q:
请问一下老师，我在opt+fre结果的基础上计算分子的紫外吸收光谱，但计算一小时后出现如下错误，不知道出错原因是什么[图片][图片]
[图片]
错误提示你，%mem应该大于38MW@海上無風
A:
增加%mem
要么就减小基组
----------------------------------------------------
2016.06.21 01:18:34
Q:
请问一下计算最稳定的结构，寻找最低能量里，300个点，里面有10个不太理想，没事吧。。。
A:
没事
----------------------------------------------------
2016.06.21 01:43:27
Q:
[图片]
[图片]
难道格式不是这样的吗？
A:
关键词怎么写的？
Q:
[图片]
A:
把外场频率写在基组定义前面
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2016.06.21 03:09:35
Q:
Linux有什么绘图软件吗？类似origin的
A:
gnuplot
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2016.06.21 03:26:50
Q:
想问一下，想计算偶极，最有效的方法是什么？@
A:
B3LYP/def2TZVPD一般足够
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2016.06.21 03:30:31
Q:
[图片] 双能级模型中， Uee-Ugg 在实际计算中是选择“模之差”还是“差的模”呢？
A:
激发态偶极矩与基态偶极矩之差
Q:
是|Uee|-|Ugg| 对吗？不是|Uee-Ugg|
因为偶极矩是矢量
所以纠结到底用前者还是后者
A:
按照http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpcc.6b04849
这篇，应该是先求模再求差
[图片]
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2016.06.21 03:35:10
Q:
请问老师，我计算的NBO一直出现L607错误，怎么改正呢。尝试很多办法都不可以，请问老师应该怎么改呢
[图片]老师，这个错误
[图片]就是这个呢
[图片]
A:
甭用saveNBO
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2016.06.21 04:06:16
Q:
请问，我用关键词pop=CHELPG算电荷，在.out
文件中查找什么关键词，能找到电荷，charge吗
我用charge查找有两处涉及到了，不知道用哪个[图片][图片]该用按个charge,谢谢！
下面那个是Mulliken电荷
Mulliken电荷一般都用不到吗
A:
看群共享里《原子电荷计算方法的对比》
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2016.06.21 04:21:40
Q:
密立根不能加弥散的把
A:
不存在密立根电荷，见
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2016.06.18 00 ~ 2016.06.21 05 Concate

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