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[GROMACS] 请教纤维素表面水分子的挥发问题

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我在CHARMM36力场下,计算纤维素表面水分子薄膜(3nm)的挥发过程,体系里包含少量表面活性剂(CTAC),很奇怪的是我跑了50ns,基本没观察到水分子挥发。纤维素分三层,最下面一层固定。盒子上方有10nm的真空区。下图是NVT下跑了50ns时的结果:



附件是运行参数设置,各位老师有做过类似研究的,帮小弟看看是否参数设置有问题
NVT50.mdp (1.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-30 18:34:05 | 只看该作者 Only view this author

图片漏掉了,补发一下

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发表于 Post on 2021-7-1 04:39:59 | 只看该作者 Only view this author
l12332145665 发表于 2021-6-30 18:34
图片漏掉了,补发一下

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2021-7-1 04:42:42 | 只看该作者 Only view this author
这种带真空区的体系不要用DispCorr    = Ener
我不知道你的控温组那几个都对应什么。不要把水、表面活性剂和离子作为不同的控温组对待

295K情况下能蒸发出来的水非常少,模拟很长时间才可能出来一个。你如果想看到较多水的蒸发应当尝试更高温度
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-1 10:37:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-1 04:39
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员 ...

不好意思啊社长,我下次注意

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发表于 Post on 2022-12-27 09:33:27 | 只看该作者 Only view this author
老师 请教一下你的纤维素是怎么建模的呢

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发表于 Post on 2023-4-23 20:38:48 | 只看该作者 Only view this author
s541040349 发表于 2022-12-27 09:33
老师 请教一下你的纤维素是怎么建模的呢

这个应该是cellulose builder

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