公社群聊Q&A整理：2016.06.23 06 ~ 2016.06.26 19 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-7-8 13:30:03

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2016.06.23 05:11:31
Q:
opt=ts freq联合计算
然后出来，link9999[图片]请问这个是ts的问题，还是freq的问题呢？应该在输出文件的哪里去判断呢？
A:
几何优化没收敛
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2016.06.23 05:12:01
Q:
请教个问题：linux 下高斯运行提示：段错误（核心已转储） g09 XX.gjf 这该怎么解决呢？？？
请教个问题：linux 下高斯运行提示：段错误（核心已转储） g09 XX.gjf 这该怎么解决呢？？？求指导
谢谢！输出提示g09权限过高Files in the Gaussian directory are world accessible.
This must be fixed.
我用chmod 755 g09之后，仍然出现相同的错误提示。。。
A:
750
Q:
谢谢 !尝试了770和750依然不行。。。，还有一个让我费解的现象：高斯的输入（XX.gjf）/输出(XX.log)文件全是绿色的。。。
A:
管它什么颜色
Gaussian目录下运行chmod 750 -R *
心里没数就ls -l再看看权限到底改没改
750绝对行
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2016.06.23 05:28:30
Q:
老师，我在计算激发态的时候遇到一个问题[图片]，是激发态优化的那一步，不仅振子强度=0，而且波长已经上万，而实验值只有400。请问这种情况我应该怎样处理呢
A:
什么关键词？
Q:
抱歉抱歉，老师，我的关键词是：#p opt td b3lyp/genecp fchk=all，然后基组是[图片]
那个只是输出fchk文件的
谢谢老师了，学生不知道为什么会得到这种结果，请您指点
A:
用M062X再试试
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2016.06.23 06:06:51
Q:
老师，看文献上好多从头算动力学都是平衡几个或几十ps就拿来说事，而经典动力学大都是要平衡几十几百ns才行，是因为AIMD太耗时还是因为它的能量比较准，ps级就够了，还是因为AIMD大都涉及化学反应，而化学反应大都在很短时间就完成了（如0.1-1ps）。不太懂，请您指教
A:
太耗时
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2016.06.23 07:28:12
Q:
老师，计算基态与某个激发态的偶极矩用什么泛函比较好
A:
B3LYP就可以
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2016.06.23 16:24:22
Q:
请教下各位，多个分子在VMD中显示，怎么找到其中的一个想要的分子呢？谢谢指点
A:
@阳光肉眼一看就知道。如果分子太多，建立新的representation用一些选择语句将某些部分高亮以便于观看
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2016.06.23 16:53:32
Q:
老师，您好，怎么通过垂直激发，看哪些是禁阻，哪些是允许的？
各位，如何通过垂直激发，看哪些是禁阻？哪些是允许？
A:
看振子强度
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2016.06.23 17:19:40
Q:
请问，[图片]这个版本是32位点的还是64位的？
A:
64
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2016.06.23 17:19:40
Q:
gview上面不可输入def-TZVP基组？
[图片]请问，这样输入和上面的关键字等价吗？
[图片]和[图片]是等价的吗？
A:
不等价
def-TZVP要写成TZVP
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2016.06.23 17:27:01
Q:
[图片][图片][图片] esp图为什么会这样老师
A:
操作流程不对
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2016.06.23 18:06:26
Q:
sober老师,我用guassview打开的某个fchk文件，想知道怎么来寻找哪个是我算的这个碱基和HIS+之间形成氢键的分子轨道？
[图片]
[图片]
A:
不要试图用分子轨道分析氢键，毫无意义。氢键怎么分析看
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
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2016.06.23 18:13:06
Q:
[图片]
联系molclus 报错，请问该怎么解决？@Sobereva
A:
图裂了
Q:
单独运行mopac 没问题
A:
看MOPAC输出文件找原因
那就怪了
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2016.06.23 18:19:02
Q:
sob，我想请教一下，在用一些片段做分析的时候，要保持和原来结构的原子序号一致，但是经常拆开成两个片段以后，序号顺序就变了，有什么办法可以重新编号吗？只能手动的调整吗？@Sobereva
A:
@ D调 gview可以。看http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3585
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2016.06.23 18:26:55
Q:
各位，用cis优化出来的激发态和用tddft优化出来的最后结果会有很大差别吗？
40个原子的CHO构型tddft优化激发态要一个星期正常吗？
A:
激发能差很多
正常与否看输出文件判断。双路16核机子正常情况不需要这么久
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2016.06.23 19:05:15
Q:
[图片]
安装好出现图片错误怎么解决啊
A:
机子没装gv，或者安装流程不对（先安高斯，再把gv安到相同目录下）
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2016.06.23 19:15:17
Q:
[图片]请问大家出现这种错误怎么改呢？
A:
CCSD(T)没解析梯度，把要优化的坐标用变量表示。
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2016.06.23 23:32:12
Q:
MS做动力学模拟怎样确定盒子大小啊？
没有实验数据怎么办
是不是主要是要一个密度？
A:
做NPT模拟，通过控压可自发调整盒子
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2016.06.23 23:37:16
Q:
老师，计算解离能的那个公式，配体为未优化的，那配体的能量我直接从配合物上拆下来计算吗？这样合理吗
A:
算解离能时候片段要单独优化
Q:
老师，那结合能计算的时候，配体的能量怎么计算呢？可以将优化完成的配合物分别减去拆开的配体和金属离子吗？这样对吗
A:
整体能量减去金属和配体能量即是结合能
直接优化配体，算个单点，就是配体能量
Q:
老师，那算解离能的时候片段要单独优化，和算结合能时配体的优化差别在哪里呢？没理清楚
A:
结合能没有严格的计算方式的定义
无非就是片段优化还是不优化。
解离能是一定要优化片段的，而理论上研究键能则一般不优化片段
----------------------------------------------------
2016.06.23 23:38:04
Q:
老师，我通过单重激发态，算20个激发态，然后通过垂直激发，看哪些禁阻？哪些允许，这样输入可以吗？# p opt td=(singlets,nstates=20,direct)
A:
算垂直激发能不要写opt。direct、singlets都多余，是默认的
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2016.06.23 23:43:30
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
赝势定义的格式不对
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2016.06.23 23:49:41
Q:
请问哪位手中还有有关Gaussian计算零点能，热力学能，焓和自由能数据的解释图片，就是给每个数据后面加个解释的那张图片，之前在咱们群中看过多次，但是现在没有搜到[表情]
A:
[图片]
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2016.06.23 23:50:17
Q:
请问，溶剂的光学介电常数是怎样得来的？
A:
实验可以测，也可以根据折射率间接估计
感兴趣可以看看atkin的物理化学，里面有讨论
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2016.06.24 00:14:34
Q:
老师，这个GV通过fchk做ESP流程我按照老师你的博文做了，好多次，也在win下跑了chk用GV做，都不成功，到底是什么情况[图片]
为什么在GV里面调取HOMO 和LUMO 轨道是只有两个即 [图片]而用CHEM3D却能查看好多比如HOME+1等 @华电ding
[图片]
A:
把计算时用的关键词列出来
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2016.06.24 00:20:49
Q:
请问gauss是否可以计算材料化学上面的紫外可见漫反射光谱（DRS）？
A:
算不了
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2016.06.24 00:34:33
Q:
各位老师，请问对于多重态，β电子α电子是分开计算的，取轨道某一能量时，是取平均值还是取α轨道就可以了？
A:
非限制性开壳层时，取平均值没意义。此时“某一轨道”指的只能是某一自旋轨道，你必须考虑自旋
----------------------------------------------------
2016.06.24 02:02:43
Q:
宏观的磁场会不会对微观的芳香化合物环电流产生影响，进而改变反应结果呢？
A:
有可能
Q:
可以用量化来计算磁场对环电流的影响么？
A:
Utilizing AICD and GIMIC programs to study magnetically induced current density (幻灯片)
http://sobereva.com/148
使用AICD程序研究电子离域性和磁感应电流密度
http://sobereva.com/147
----------------------------------------------------
2016.06.24 02:02:43
Q:
请问，我想把名称为DRG resid为1的分子显示为drawing method=VDW，但是不知道怎么写tcl
我写了第一行，drawing method在display或者draw关键词里面找不到
atomselect top "name DRG"
A:
file-log tcl command to console，然后每一步操作对应的tcl语句都在控制台输出。自行在图形界面里切换显示方式，就知道对应的tcl语句了
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2016.06.24 04:18:14
Q:
[图片]老师，请问怎样利用Multiwfn得到图表中的每个原子的FED的数值
A:
做轨道成分分析
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
PS：我讨厌FED这个词，完全没有意义地去创造一个新词
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2016.06.24 04:39:37
Q:
[图片]（甲醛分子）
请问这个是啥轨道？
A:
sigma
----------------------------------------------------
2016.06.24 05:00:04
Q:
[图片]
这个配置3800亏不亏
A:
peace 性价比不高。内存太小
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2016.06.24 05:09:21
Q:
sob老师，molclus 中的isostat，是不是有原子数限制啊
[图片]
我用的是免费版的，应该上限是30个原子吧
A:
isostat没限制。molclus免费版上限是30个
Q:
[图片]
再问一遍，在练习molclus, 运行mopac 时报错，Mopac 单独可以运行，可能的原因是什么
我更新到Mopac2016了
A:
看MOPAC输出文件找原因
Q:
看文件说是密码问题，但是单独运行Mopac 不存在这个问题，所以就不知道怎么办了
A:
你单独运行的mopac和你用molclus调用的MOPAC确信是同一个么？
mopac会读取其所在目录下的license信息，单独能运行没理由molclus调用时无法运行
Q:
恩，是用的同一路径的mopac, 我觉得跟mopac版本有关，你有没有试过用moleclus 运行mopac2016? 现在我ChemDraw 也没法连到Mopac了，我已经给mopac 发邮件了，看看他们怎么回吧。
A:
2016没问题
你也可以直接从dos/linux下，在不同目录下调用mopac2016看看能否运行，能的话没理由molclus没法调用
2016和2012在用法上没任何区别
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2016.06.24 06:29:28
Q:
大家好，我是华师小硕，计算方面的新手。最近在算玻尔兹曼分布，需要用到吉布斯自由能，但不知道自由能怎么算，求助大神
看不懂[表情]
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
看第三节
Q:
我看了这个贴
我算的是分子自由能
A:
怎么算都已经很清楚得写了
Q:
看不懂
A:
没救了
[图片]
还怎么写得更清楚？
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2016.06.24 06:41:41
Q:
本人也是新手。我有一个小问题：我用IQmol 或者Avogadro 去画分子的结构，然后生成内坐标，然后做几何优化。我可以用优化后的分子内坐标，或者z-matrix 坐标，去构建一个分子结构么，就像我刚才用avogadro 画出来的那样，同时显示键长，键交。我知道我们可以通过 z-matrix 坐标读出来键长键角。但是想省事，我试了保存xyz 格式或者gzmat 格式，然后用软件都读不出来。有没有别的什么办法？
谢谢
A:
你用gview画多好，最方便
内坐标、笛卡尔坐标都直接定义了分子结构
Q:
我用的是q-chem。 gview 是gaussian 的软件么？能混用么？
A:
用gview建出来的结构可以给任何第三方量化程序用
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2016.06.24 06:46:53
Q:
老师，g09e.01用哪个版本的redhat安装？装了一个5，没法运行。
A:
6.x、7
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2016.06.24 07:00:07
Q:
老师，气相下不是标况下自由能怎么计算，分子不大，想用G4：温度20K,气压10^-3 pa,
A:
用temperature、pressure设定温度和压力即可
Q:
需要设定同位素值吗？
A:
不
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2016.06.24 07:05:12
Q:
请问各位老师，能垒为负（-1.19kcal/mol）会是哪一步出了问题？各关键词如下：
TS：opt=(calcall,ts,noeigen,tight) m062x/6-311+g** geom=connectivity nosymm
频率分析：freq m062x/6-311+g** scale=0.970 geom=connectivity
单点能：b2plyp/ma-tzvp
IRC：irc=(LQA,maxpoints=50,calcfc,stepsize=5) m062x/6-311g(d,p) geom=connectivity
复合物OPT：opt=tight m062x/6-311+g**
A:
你是指电子能量为负？
走IRC也得6-311+g**，否则和找TS级别不一致
Q:
是电子能量+zpe为负，老师
A:
电子能量本身呢？
Q:
电子能量本身也是负的，-0.002091kcal。。。
好的老师，我重新算一下IRC。是IRC基组不同导致复合物找不准确吗？[表情]
我学习机理不太久，所以对很多数据的意义还把握的不太好。。[表情]
这个barrier应该是没问题的吧？是羟基自由基攻击呋喃上的一个C。
A:
基于热力学形式的TST算k的时候才必须自由能求差得到自由能垒
m062x/6-311+g**级别下反应物和TS谁单点能高？
如果还是反应物高，100%算错了。因为IRC两边的点必然能量比TS低，拿一侧的点优化，能量继续降低，注定不可能反倒比TS还高了。
算得动的话，可以反应物、TS优化都用M062X/ma-TZVP，再看看B2PLYP/ma-TZVP算出来势垒还是不是负的
B2PLYP/ma-TZVP和M062X/6-311+G**有2kcal/mol的差异很正常
Q:
刚刚才找到[表情]，正如所说ts高1.2kcal，谢谢。好的老师，我换这个基组试试。那IRC是不是也得更换成ma-tzvp？@Sobereva
这个反应能垒太低了……
A:
是，IRC、振动分析用的级别必须与几何优化严格一致
Q:
为什么这个能垒不准呢？我分别算了电子能量，但是自由能没算，这个情况要用自由能来评价能垒吗？
A:
[图片]
[图片]
Q:
老师，我今天也在看这个ppt，有点疑惑。什么时候适合用电子能量求差，什么时候适合用自由能求差么？@Sobereva
您的意思是说这种情况下用电子能量算的能垒低估了熵损失，所以要用自由能能垒？那啥时候熵损失会被低估呀？/衰
您的意思是说这种情况下用电子能量算的能垒低估了熵损失，所以要用自由能能垒？那啥时候熵损失会被低估呀？[表情]
A:
自由能跟电子能量，最关键是两点差异
1 ZPE
2 熵效应
自由能求差获得自由能垒主要用来根据TST算k
纯理论研究一般用电子能量差，也算是作为自由能差的近似（因为不用做振动分析）
Q:
谢谢sob老师~之前做了一个路径里一些自由能差，发现有的比电子能量差高，有的比电子能量差底，差别还挺大的(约有10kcal吧)，这样的差异电子能量差为什么还能作为自由能差的近似呢？
A:
电子能量占大头
Q:
/衰那不会出现有的反应1比反应2电子能垒低，但是反应2比反应1自由能能垒低的情况吗？万一出现了应该信哪一个呢？
A:
可能会
没有什么“信哪个”的说法，只不过是给出两种不同的量，都有意义，看你讨论什么
Q:
噢~原来是这样子。那如果讨论哪一条反应路径更可行用电子能量就行了吗(无论反应的温度压力条件)？
A:
自由能垒
Q:
哦哦[表情]，那电子能量能垒的意义是什么呢？
A:
答案在我发的幻灯片里
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2016.06.24 07:07:26
Q:
用m062x优化，再用b2plyp 计算能量？
这不是扯吗？b2plyp有m06-2x准吗？计算能量
A:
b2plyp当然比m06-2x准
Q:
有测试过？
A:
双杂化泛函怎么可能精度比M062X还低？这样的话谁还用它？
B2PLYP在双杂化泛函中再烂它也是双杂化泛函，跟普通泛函不是一个档
瘦死的骆驼比马大
不用测，属于常识
Q:
b2plyp用的人多吗？怎么都是见到m06-2x
A:
多了去了
更昂贵当然用的人少
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2016.06.24 07:19:48
Q:
sob老师，NMODES是什么程序啊
[图片]
A:
不知道。如果做PED可以看
PED分析软件VEDA4简介
http://sobereva.com/183
Potential energy distribution(PED)计算软件GAR2PED使用简介
http://sobereva.com/75
以及
Gaussian中分析振动模式成份的关键词freq=intmodes
http://sobereva.com/106
Q:
哦哦，感谢sob老师我就要最后一个
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2016.06.24 07:23:02
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
发射过程是从已经占据了的pi*返回空着的n
----------------------------------------------------
2016.06.24 07:27:07
Q:
Multiwfn不可以做振动模式成分分析么
A:
不能，和波函数分析八竿子打不着
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2016.06.24 07:38:03
Q:
请问 Multiwfn 软件的 manual 有中文版的吗？
A:
无
相关帖子一堆，好几十万字，这里有汇总
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
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2016.06.24 07:44:44
Q:
还有计算计算熵时，把小于100的频率都认为是100，可以减小误差。
b2plyp 和 b2plyp(full) 有什么区别？
A:
后者把内核电子的相关作用也考虑了，前者用冻核近似
Q:
算了一个水分子，给出的 scf done E 都是一样的
A:
scf部分当然一样，差异在后面算MP2部分时候才体现
Q:
计算能垒不是取 scf done E 吗？
A:
双杂化泛函取最后头输出的能量
Q:
是 E2(...)=..... E(B2PLYP)=..... 这一行的 E(B2PLYP) ?
A:
y
----------------------------------------------------
2016.06.24 10:03:18
Q:
创腾李明宪那个castep 班怎么那么贵
网上不都有教程吗？
还有个教学网站
A:
创腾的培训历来就很贵
再加上讲课的人来头大，出场费估计不少给
Q:
网上也有网站的
搞不懂还要开培训做啥
[图片]
6000太多了，黑心
我知道有个老师去创腾的班总共吃住花了4万
国家基金都被这么用了
A:
唉
Q:
我们想搞点钱，好难[表情]
算了，反正商业公司的培训再也不去了
有钱就支持科音吧
以前被商业公司培训忽悠过几次，啥也没学到
A:
定价一人6000块钱，来15个人，和定价一人1000块钱，来60个人，商业公司会选前者，我肯定选后者，一方面能造福更多研究者，一方面也对得起自己良心。
----------------------------------------------------
2016.06.24 16:33:12
Q:
[图片][图片]老师这就是昨天做ESP图出错的命令行，ESP的步骤是按照博文做的，好多次都这样，
A:
fch文件给我
----------------------------------------------------
2016.06.24 16:46:41
Q:
请问研究石墨烯的层间，是否可以在gauss上固定两层之间的的距离？从而模拟实际情况？
A:
可以
----------------------------------------------------
2016.06.24 17:24:20
Q:
老师，你好，问一下，MS-display style-(Origin defult)格式的区别是什么？是不是模型计算的时候一般采用Origin模式
刚刚接触计算，有好些地方不明白
[表情]
A:
随便选，你看着效果好看就行。不明白的看help
----------------------------------------------------
2016.06.24 17:34:47
Q:
老师我在做一个COSMO的文件时采用这样的输入命令总是算到一半就停下来了 log文件也没有报错我不知道哪里出问题了请老师帮我看看谢谢您了
[图片]
[图片]输出文件的最后一页
A:
就一个原子你优化什么？
----------------------------------------------------
2016.06.24 17:40:14
Q:
请问，M062X算单点，最后输出的[图片]和[图片]都是M062X算出的电子能量呢？
A:
都是m062x能量
----------------------------------------------------
2016.06.24 18:55:46
Q:
利用orbital info.-show all 为什么不是全部，而是从300-628？
利用orbital info.-show all 为什么不是全部，而是从300-628？ @LiYuanhe
A:
show all就是全部，如果用wfn/wfx，不包含空轨道，才只会给你占据轨道，这里写了
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
----------------------------------------------------
2016.06.24 18:58:42
Q:
[图片]
优化至过渡时，碰到这种情况怎么办？即，能量最高点不是一个峰，而是一个平台。
[图片]
优化至过渡态时，碰到这种情况怎么办？即，能量最高点不是一个峰，而是一个平台。
[图片]
A:
如果当前是实际的IRC曲线，说明有三个过渡态，之间有两个很浅的极小点。都要找到
Q:
irc一般不都是能量依次减小的平滑去西曲线吗
A:
它这个是复合反应的总IRC
当然前提是实际就是如此而不是随手画的
Q:
恩，我指的应该是基元反应的一步IRC
那就说明，他有两个极小在势能面非常平滑的地方，可能不是很好找
A:
y
----------------------------------------------------
2016.06.24 19:39:24
Q:
DFT方法算一个势能面上的鞍点能量，有的加int=ultrafine，有的不加可以么
Gaussian输出文件的计算时间不对是怎么回事呢
A:
要加必须都加
Q:
老师，就是说同一个势能面上不同鞍点可以有的加int=ultrafine，有的不加，对么？
A:
比较能量当然要加都要加
用了int=ultrafine会影响势能面
Q:
[图片] 李老师这个不再优化了，加int=ultrafine跑个单点行不行？@Sobereva
A:
int=ultrafine对于结构影响很小，所以可以基于没带int=ultrafine的结构带着int=ultrafine只算个单点
int=ultrafine对于结构影响很小，所以可以基于没带int=ultrafine的结构带着int=ultrafine只算个单点
----------------------------------------------------
2016.06.24 19:47:51
Q:
vmd里面如何去掉盒子？我记得昨天有人做过？求指导
A:
选上
[图片]
----------------------------------------------------
2016.06.24 21:00:48
Q:
[图片]
[图片]
这是什么意思
A:
即四个核以SMP方式单机并行，即曰：%nproc=4
----------------------------------------------------
2016.06.24 21:02:14
A:
多中心键级、NICS等，哪些能用视环的具体特征而定
Q:
[图片]我想做这种大环的不同稳定构象芳香性对比，您觉得什么指标比较好？NICS(1)zz，AICD的磁感应电流密度？可以吗？还有什么比较好的参数
[图片]
A:
这个不好考察芳香性，而且这么大环，电子整体离域可能性也很低，没什么好考察的
----------------------------------------------------
2016.06.24 21:29:54
Q:
请问要求273K条件下的反应焓，是不是直接将temperture=273 加入关键词就行了？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.06.24 21:39:19
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
也有可能
----------------------------------------------------
2016.06.24 22:14:59
A:
那个lammps培训的公司居然还打电话来，要挟要删掉计算化学公社那个打假帖子
还死不承认是跑到本QQ群来获取成员qq邮箱地址
实在太猖獗了
Q:
特别气人
死不承认自己的行为
A:
一定不要去那个培训，一定要向同行相互转告
一看就是骗子被揭穿，狗急跳墙
Q:
那个公司的？
A:
就是老往群成员qq邮箱发培训邮件的那个公司
Q:
不学lammps。。
[图片]屏蔽了吗？
A:
对
要不然丧心病狂的人指不定干出什么来
Q:
被谁屏蔽了？
A:
我屏蔽的
Q:
被他们威胁了？
A:
对
Q:
卧槽[表情]
是不是堵了他们的财路
毕竟断人财路如同杀人父母啊
A:
显然
猖獗至极
Q:
无耻
这么无耻，不过消息还是挺灵通的
Lammps看看视频，看看命令网页就可以了
A:
骗子消息当然灵通
Q:
[图片]
当骗子还这么嚣张
把优酷那个视频看完了
估计就可以了
没有含金量的培训没用
可惜我也被骗过
莫要理会便好，要是再嚣张便举报他们
举报110
骗子太多，傻子不够用
这也有一门学科，从网络安全发展出来的-》社会工程学
反正科音光明磊落，扫尽一切邪魔外道
我想说的是那个公司确实在5月份在苏州办了个lammps培训
A:
不是苏州那个
Q:
不是那家吗，
A:
泰科那个lammps培训是真的（虽然质量怎么样我不知道），假的是之前往大家QQ邮箱里偷偷摸摸发漏洞百出的北京lammps培训通知的那家
Q:
代理maps的那个公司还是正规的，别的就不清楚了！乱入了啊
界面也是个鸡肋，到处卖没人要
[图片]
说的是这个吧
A:
就是这个
联合抵制
Q:
这个是有问题的
[图片]搞得还一副挺有情怀的样子。。。
叫做北京博宏科睿企业管理顾问有限公司
企业管理和培训感觉不太搭啊
A:
稍有点常识的人看了通知都知道是假的
还说什么他们的学员有固定客户，有固定客户还跑来偷偷摸摸往大家qq邮箱发信息？
Q:
这样的管理公司怎么也对分子模拟感兴趣
估计也骗了一些钱了
所以敢嚣张
[图片]
感觉这个公司貌似有点真[表情]
A:
主页一看就和那个骗子公司不是一个档次的
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2016.06.24 22:41:36
Q:
你的博客里面，**** 自己装FFTW的情况，"注意--enable-float代表编译单精度版本FFTW。如果是给双精度Gromacs用的，应该把--enable-float去掉。"
我该如何知道我的Gromacs是单精度还是双精度呢？
A:
默认是单精度
Q:
[图片]
那那句，我就直接./configure --prefix=/sob/fftw333 --enable-sse2 --enable-float --enable-shared
这样就行了？不需要去掉--enable-float？
A:
编译双精度时应去掉
Q:
实际上，我默认单精度就够了吧？SOB老师
A:
对
Q:
[图片]单机并行gromacs的话，这个openmpi不用装，是吧
A:
不用
Q:
[表情]
自己装FFTW的情况，make install这一步末尾出现：
[图片]
是怎么回事？
为什么我装个GROMACS这么坎坷啊，晕死
A:
看更上头
Q:
[图片]
A:
[图片]
编译命令有问题，牵扯到了/sob
Q:
[图片]
绝对路径
那我的如下：./configure --prefix=/sob/fftw333 --enable-sse2 --enable-float --enable-shared
该怎么写？
[图片]
sob老师，我直接把./configure --prefix=/sob/fftw333 --enable-sse2 --enable-float --enable-shared
这里的sob去掉吗？还是改成liuzeyu，或者是liuzeyu/fftw-3.3.4？我还是没搞清楚，不好意思
刚才忘了不是root装的，这个有关系？
A:
肯定得改成自己的路径啊
Q:
难道这个路径不是自己自动生成吗？我还是不明白，就拿我这个例子，那一部分怎么写？现在的绝对路径是：/home/luzeyu/fftw-3.3.
A:
/sob/fftw333改成比如/home/luzeyu/fftw33
Q:
谢谢，我试试哈
要用管理员装吧
A:
你装在home你自己目录下面当然不需要管理员
Q:
那比如我装在跟liuzeyu平行的目录下，就需要管理员吗？
A:
什么叫平行目录？如果装在liuzeyu目录下面由你自己权限就够了，装在home下面其它用户目录下必须管理员或者那个人的权限
Q:
那接下来，我要装cmake和gromacs，如果都在我自己的目录下，就都不用管理员权限，是吧
A:
y
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2016.06.24 23:41:31
A:
pdb、xyz等VMD都能打开
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2016.06.24 23:41:31
Q:
VM中的linux是直接调用内存还是通过vm向windows调用呢？
window显示内存用了9G多，但是vm只用了30M而已，win7本身也用不了多少内存
A:
通过vm
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2016.06.25 00:03:44
Q:
老师问一下，在Gaussian 09计算，中氧气是三重态稳定，那氧气吸附到一个三重态的团簇结构上时，算这个吸附结构的自旋多重度是几呢？
A:
3
1的情况也可以一起算算
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2016.06.25 00:10:17
Q:
sob老师请教一下，我设置了赝势，但是在输出文件中会有这个提示，是为什么？。。。
[图片]
[图片]
A:
还没报错呢，继续算
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2016.06.25 00:38:10
Q:
谢谢sob耐心！
[图片]之前出现这个错误，我将输入微调还是一样的，是不是改成内坐标输入会解决？
A:
opt=cartesian
Q:
OK
为什么局部结构微调解决不了？这个问题到底如何引起的
A:
内坐标本身就有限制，比如角度不能是180度等。而且优化算法内部还牵扯到内坐标与笛卡尔坐标转换之类，也可能转换过程出错。
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2016.06.25 00:42:47
Q:
请问各位老师，VASP算原子电荷有什么比较好的方法吗，用了Bader Charge Analysis感觉不是很好，限制性很差，中性的东西算出来电荷将近-0.2，他们论坛上也有人正面质疑过这个问题，官方人员只是回答调整INCAR里的一个参数调得到你desired的数字。。。这我觉得有点虚。。。有没有像是比较靠谱的Hirhfeld之类的电荷在第一性原理中有什么软件可以实现的吗？
A:
可以尝试这个
http://sourceforge.net/projects/ddec/
可以算DDEC电荷，和Hirsfheld类似，支持VASP
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2016.06.25 01:43:56
Q:
请问本征值波函数模的平方就是电荷密度吗？
A:
叙述不清
可以说轨道波函数的模方就是这个轨道的电子密度函数
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2016.06.25 01:59:11
Q:
可不可以用m06-2x/6-311+G(d,p)的频率校正因子来替代m06/6-311+G(d,p)的啊？因为没有找到后者的校正因子…… 老师
A:
不能
HF成份对校正因子影响极大
找不到就用其它相似基组的
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2016.06.25 03:22:04
Q:
老师，请教您一个问题。算出来的ELF 盆的电子的多少能说明哪些问题？谢谢
A:
体现有多少电子参与那个电子结构特征区域，比如共价键、孤对电子
对于键的话，对讨论键的强度、是几重键有用
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2016.06.25 04:28:05
Q:
[图片]各位老师，这个错误到底怎么可以解决调呢，最近一直是这个错误
A:
没具体信息不好说，看看当前结构有没有诡异之处，或者换换关键词试试
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2016.06.25 04:32:31
Q:
[图片]请问老师用QST2法找过渡态时一开始就出现这个问题是什么意思？
A:
opt里写cartesian
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2016.06.25 04:33:19
Q:
[图片]缺了一块啊老师
A:
盒子设得太小。当等值面数值取得太小，等值面很大，就会超过盒子，出现截断
@天堂鸟
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2016.06.25 04:33:19
Q:
请问大家ccsd方法能否用于寻找过度态呢？
A:
可以，但一般没必要用这个级别，太耗时
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2016.06.25 05:12:05
Q:
热力学组合方法算能量时,如何获得不同温度的能量,关键字如何写?
有没有办法一次计算一系列的温度
常规的方法Sob在课上讲过, 我想用CBS-QB3或者G4MP2计算,遇到了这样的问题
文献中有用CBS-QB3 计算300-2500k的热力学数据的,20多个温度的热力学数据
A:
有办法获得其他温度的，手册里有，
[图片]
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2016.06.25 06:27:26
Q:
请问下，为何我这个图显得那么虚化？
[图片]VMD作图
A:
用tachyon渲染一下看看结果
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2016.06.25 06:47:08
Q:
用DFT计算第一过渡系金属配合物的单点能，6-311G**和赝势基组lanl2dz哪个更合适些？
A:
用lanl2TZ或lanl2TZ(f)多好
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2016.06.25 07:08:34
Q:
老师，您的意思是tz比dz更准确？这两种基组计算量差别大吗？
A:
当然更准，计算量大一些，lanl2DZ算得动TZ也能算
Q:
/抱拳谢谢老师，又学到了新东西，lanl2tz基组在g09说明书里都找不到
[表情]谢谢老师，又学到了新东西，lanl2tz基组在g09说明书里都找不到
A:
EMSL上下载定义
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2016.06.25 07:34:58
Q:
老师，我将计算得到的电子、空穴中心的坐标文件复制到垂直激发的输入中，以Bq,X来代替，但为什么其电子、空穴中心这么偏？[图片]
A:
高斯会自动把输入坐标调整到标准朝向
Q:
意思是输出的电子、空穴中心是以调整后的构型来计算得到的？
A:
你把输出文件或fch拖到gv，看到的就是标准朝向的，保存成的新的输入文件后，你再把质心写进去。
Q:
哦，好的
A:
fch、wfn文件在你没用nosymm都是在标准朝向下的
Q:
还有个问题，我输入空穴和电子的cub文件，在VMD中显示，原理上应该iso=0.002是空穴的，-0.002是电子的，但我只有显示0.002才能显示电子的图形(-0.002啥都没有)，这样电子-空穴交叠cub就只能显示一种颜色，为啥？
A:
空穴和电子是两个cube文件，都是正值，都得用比如0.002才能同时显示
Q:
"空穴和电子是两个cube文件，都是正值，都得用比如0.002才能同时显示"
那holeeleovlp.cub应该能够既显示空穴又显示电子啊，若只有一个值，那不就只有一种颜色吗？
A:
不可能靠holeeleovlp.cub同时显示空穴和电子，这取的是二者在各个格点的最小值
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2016.06.25 11:33:09
Q:
群里有谁用过wB97XD这个泛函吗？我最近在计算激发态的时候用这个，看文献需要优化其w的大小，不知道怎么弄，看高斯说明书也没有看到对应的关键词
A:
没事甭去试图优化w
Q:
但是我外导要我去优化这个
这两个帖子我都看了
A:
不知道怎么优化就甭优化，乱优化只不过是去凑数据而已，毫无意义
他非让你优化你就问他想怎么去优化
Q:
优化的过程我是知道的，我只想知道这个在高斯输入文件里面怎么体现
我看官网都找不到
A:
IOp(3/107) 设定短程和长程HF交换项。0时使用标准HF交换项，MMMMMNNNNN时短程用NNNNN/10000的HF交换而长程用MMMMM/10000的HF交换。这两个数对应于输出文件中HFx后面的wShort和wLong。
IOp(3/108) 设定短程和长程DFT交换项。0时使用标准DFT交换项，MMMMMNNNNN时短程用NNNNN/10000的DFT交换而长程用MMMMM/10000的DFT交换。这两个数对应于输出文件中DFx后面的wShort和wLong。
（注：上面两个选项字面上的意思有点误导性。实际上，将3/107和3/108都设为MMMMM00000，就相当于用了ω参数为MMMMM/10000的范围分离泛函。对GGA加LC-时ω默认是0.47/Bohr，等价于0470000000。wB97X默认是ω=0.3，等价于0300000000，但注意wB97X短程是杂化泛函，其杂化比例有参数另设）
Q:
将3/107和3/108都设为0300000000，就相当于默认的wB97XD了？
A:
wB97XD和wB97X的参数不一样
看原文
Q:
Sob老师，那我wB97XD的omega参数的默认值是多少？我看了iop设置，有两项需要设置：
[图片]
这两项都要设置吗？
A:
iop(3/107=0200000000,3/108=0200000000)
Q:
Sob老师，还有一个问题，iop(3/107,3/108) 这两项设定是一起变的吧？两个的值在变化的过程中是一致的吧？
A:
一致
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
这里都提到了
Q:
109项不用设定啊？
A:
不设
Q:
iop(3/107=0200000000,3/108=0200000000) 这两个是wB97XD的默认值吧（0.2）？最后一个问题，如果我要优化其omega，你觉得我变化的间隔多少合适？0.05？或者再小一点？
A:
是。看你计算能力，可以诸如先0.04，如果间隔太大，不好拟合，到时候再改成0.02，补算没算过的那批点
----------------------------------------------------
2016.06.25 11:51:34
Q:
大家有几个夜猫子啊
不知道有机磷农药分子与乙酰胆碱酯酶相互作用可用gauss算吗
A:
可能能算
Q:
哦，就是说理论上可以算，但有可能是计算不动吧
A:
对。
----------------------------------------------------
2016.06.25 13:32:45
Q:
[图片]测试了一下甲烷,可以算出不同温度下的能量,老师您看一下这个gjf有没有问题
A:
可以
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2016.06.25 15:14:58
Q:
sob老师，利用multiwfn画DOS图的时候，竖直虚线是HOMO,请问sob老师，这条虚线一定经过DOS虚线图的一个波峰吗？还有，LUMO也过DOS图的一个波峰吗？谢谢。
A:
不一定经过峰，因为HOMO/LUMO的峰可能淹没在相邻的峰中
Q:
我能不能通过改变FWHM的值，让其通过波峰？试了几次不行。
A:
FWHM改小了肯定会通过波峰
Q:
可是，sob老师，我改变FWHM的值后，发现，出现波峰的位置对应的不是HOMO的能量值。
A:
上图
Q:
[图片]
sob老师，按理说，红色的HOMO-LUMO的值应该小于黑色的值。
可是，我按照对应的波峰画却大于。
返了。
A:
看不明白图
Q:
红色的HOMO-LUMO的值应该大于黑色的值。
[图片]
A:
这跟DOS都没直接关系，一看算出来的gap就知道谁大谁小
Q:
这是原图。sob老师，审稿人的意思是改变FWHM的值，让其HOMO和LUMO对应的虚线通过波峰。
A:
改呗
Q:
是的，改变了FWHM的值，
A:
前面的图已经穿过波峰了
不管FWHM设大设小，gap就是个固定的值
Q:
是的。可是，你发现没，前面的图中，红色的间距小于了黑色的间距。
其实，应该是大于的。2.96>2.04
A:
这大小毫无确切意义
实际就是个gap
FWHM只是影响图像效果
间距终究还是对应的gap
Q:
sob老师，比如，我利用结果计算得到HOMO（-0.2414）的值，我通过改变FWHM的值，希望通过-0.2414这个点的竖直虚线通过一个波峰。
A:
FWHM改小了自然就通过了
Q:
可是，画图后发现，通过改变FWHM的值，通过-0.2414这个点的竖直虚线不是一个波峰。
你的意思是还变小。？
A:
FWHM越大展得越宽，越容易被淹没
Q:
我让FWHM=0.02了
A:
FWHM无限小就相当于分立的竖线
Q:
还得变小？
我感觉FWHM=0.02已经分裂了很多的峰了。
A:
反复试就知道了
Q:
一般情况小FWHM最小到多少？
A:
无限小
----------------------------------------------------
2016.06.25 16:09:29
Q:
片段组合波函数初猜的时候出现 ntrerr called from fileio 错误，之前用b3lyp进行初猜没问题，现在改用b3lyp*就出现这个错误了，其他什么都没动
A:
干脆用B3LYP的收敛波函数当成B3LYP*的初猜
Q:
老师，是不是初猜的时候用b3lyp，然后计算的时候用b3lpy*，guess=read读取初猜得到的chk文件？
A:
y
Q:
[表情]谢谢老师
这个是不是您提到的Gaussian A02修订版的bug问题
A:
试试E01就知道了
----------------------------------------------------
2016.06.25 16:59:39
Q:
sob老师，BLYP是的交换想关部分分别是什么？
A:
Becke88, LYP
----------------------------------------------------
2016.06.25 17:02:38
Q:
老师，gaussian计算的frequency是什么温度下的？可以自己设置计算某一个温度下的frequency吗？
A:
频率和温度无关
y
----------------------------------------------------
2016.06.25 17:03:01
Q:
[图片]
老师，我想算石墨烯表面氧官能团对NO2氧化成NO3-的反应，体系电荷设置成0合适还是设置成-1合适呢？设置成0，优化后C=O与NO2不作用（左图），设置成-1，生成了NO3（右图）
A:
带氧的石墨烯是中性，NO2也是中性，整体应该是中性。
Q:
哦，那如果能生成NO3-的话，也是因为基底电子向NO3基团移动，导致NO3带负电（所谓硝酸根），基底这时带正电，但体系整体还是电中性的，对吗？
谢谢老师！还有个昨天的问题想请教您一下：
[图片]
我设计算一个O2分子在缺陷石墨烯表面的裂解过程，不知是否合理。第一步：对三重态体系进行优化，结果是O2与缺陷处发生化学吸附；第二步：将该结构按单重态算单点，发现能量升高18.7kcal/mol,可以认为吸附态氧气分子在常温下可以到单重激发态吗？第三步：对该结构进行几何优化，发现O-O间距从1.20A增大到了1.45A，这时体系能量降到-35.34，可以认为氧气分子发生了裂解，这个过程是无能垒的吗？
A:
也可能氧分子打过来之前就处于单重态。如果放石墨烯上优化O-O键自动伸长了，这个过程就算没势垒。
Q:
[图片]
那这个过程算室温下能进行吗，我算单重态和三重态氧气的能量差大约39kcal/mol，但化学吸附后的氧气单重态和三重态差了18.7kcal/mol,大大降低，可以认为这个吸附态的自旋翻转的过程更加容易，甚至室温下就能激发到单重态了吗？
[图片]
前半部分的过程@Sobereva
A:
氧气单-三重态能量差为22.64 kcal/mol，你算得不准
不太大
Q:
[表情]恩，我再算下，但是18.7也比22.6降低明显，是否能说明化学吸附使三重态向单重态的激发更容易在常温环境下更容易进行？
A:
还指不定因计算精度关系，未必真的降低明显
----------------------------------------------------
2016.06.25 17:16:58
Q:
老师，G4MP2计算到CCSDT的时候出错，是不是也需要加opt=tight int=ultrafine关键词帮助收敛?
A:
ultrafine没用，那是对DFT用的
高斯不支持CCSDT
看具体什么报错，跟优化无关的用tight毫无意义
Q:
[图片]
A:
哪个g09版本？
Q:
g09w e.01
A:
bug
----------------------------------------------------
2016.06.25 17:17:33
Q:
sob老师，请问我高斯结构中的HOMO=-0.24214，可是，我利用multiwfn画的结果中的HOMO虚线对应的值确不是这个值，为什么？[图片]
A:
估计你绘制的是alpha的
----------------------------------------------------
2016.06.25 18:53:46
Q:
老师，在Gv里能直接做两个分子之间HOMO-HOMO的轨道重叠吗？我刚才试了一下，总是退出来。
A:
分子间轨道重叠的图形显示和计算
http://sobereva.com/163
Q:
老师，我是想做这种图[图片]
A:
博文里写得很清楚了
Q:
好的，老师，我正在画图呢
谢谢老师
Summing up all value and multiply differential element老师，我到最后没出现这行数信息啊？
A:
仔细看屏幕，肯定有
[图片]
----------------------------------------------------
2016.06.25 20:40:34
Q:
老师，昨天的问题你还没回答我呢
【传说】娃娃-首席卖萌官(979170845) 19:31:17
老师，画超极化率密度图的时候，需要计算单点的水平要和计算超极化率的水平一致吗？
A:
需要
----------------------------------------------------
2016.06.26 01:05:30
Q:
我想请教一下高斯能不能算出PMF曲线
之前一直在做密度泛函没有弄过动力学的东西
A:
不能。PMF是分子动力学程序做的
----------------------------------------------------
2016.06.26 05:07:11
Q:
[图片]
骗子
A:
骗子
正规培训没有这么偷偷摸摸发通知的，肯定有正规的培训通知网页
----------------------------------------------------
2016.06.26 05:10:41
Q:
请教老师，chemoffice 没有序列号啊，怎么注册呢
A:
有专门注册机
破解版的要么带注册机，要么带破解文件，即便压缩包里没明确告诉你怎么破解，稍微一动脑也知道怎么用注册机或破解文件
----------------------------------------------------
2016.06.26 05:34:58
Q:
[图片]
这个是HOMO轨道，我们能从这个图上得到哪些信息呢
A:
那图没用
光有个轨道图什么也说明不了
Q:
回复 Sobereva：我们这个图上能读出哪些信息？比如电荷啊什么的？
A:
只给HOMO分布而已，不结合具体问题什么也说明不了
计算化学不是先算出一些数据然后才去想办法给他找意义
Q:
我希望能考察反应活性，不知道这样是否合理？回复 Sobereva：
A:
幻灯片：Predicting reactive sites （反应位点的预测）
http://sobereva.com/234
《亲电取代反应中活性位点预测方法的比较》doi: 10.3866/PKU.WHXB201401211
看这些
----------------------------------------------------
2016.06.26 06:13:26
Q:
[图片]field=Z+60 这个是静态电场的强度吗？
A:
y
Q:
那如果不加，是默认的？是多少呢？
A:
0
Q:
默认是不加电场的？
A:
默认加什么电场
Q:
#p BMK/gen polar=(DCSHG) int=(ultrafine) scrf=(smd,solvent=toluene)
那我这样的输入，是加了多大的电场呢？方向呢？搞糊涂了
# HF/aug-cc-pVTZ field=Z+60 out=wfx
B3LYP/TZVP opted
0 1
C 0.00000000 0.00000000 -0.52710800
H 0.00000000 0.93885600 -1.11413900
H 0.00000000 -0.93885600 -1.11413900
O 0.00000000 0.00000000 0.67386600
C:\H2CO-2FZ.wfx
************
#p PBE1PBE/aug-cc-pVTZ polar CPHF=RdFreq
test
0 1
C -0.55391731 0.43227932 0.14513431
H -1.29461381 -0.13844703 0.71478821
H -0.40071988 1.37810560 0.67504812
H -0.99858078 0.66864399 -0.83680924
N 0.70741247 -0.31205725 0.11165308
H 0.57479710 -1.18908235 -0.38659422
H 1.39864521 0.20863272 -0.42322026
0.07 0.1
这两个加外场的方法有什么区别？sob老师
A:
polar算的是（超）极化率，这是分子内在属性（外场为0时候能量对电场的导数），和field无关，除非你自行用有限场来计算
field=Z+60算的是带静态外场时候的情况，不是算（超）极化率
后面是计算含频（超）极化率
Q:
我再理解一下，谢谢Sob！
DCSHG 对 dc-SHG(直流二次谐波生成)超极化率执行额外的含频 CPHF 计算。该选项还意味着 CPHF=RdFreq。
也就是说：polar=(DCSHG)和polar=(DCSHG) CPHF=RdFreq是一样的，写了polar=(DCSHG)就意味着CPHF=RdFreq，是吗？
A:
y
Q:
[图片]末尾的0.0是否可以省略？
A:
try
----------------------------------------------------
2016.06.26 06:33:36
Q:
各位前辈好！能不能请教一个问题：优化中间体出现Small interatomic distances encountered:
2 1
3 1
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Problem with the distance matrix.
Error termination via Lnk1e in /bin/g03e/g03/l202.exe at Fri Jun 24 21:12:06 2016.
Job cpu time: 1 days 0 hours 12 minutes 46.4 seconds.
但是出错的上个结构是对的，不知道为什么距离会突然变小，该如何解决呀？
网上说加nosymm,不知道原因是什么
A:
跟nosymm根本无关
用g09
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2016.06.26 06:47:00
Q:
sob老师，我计算两个甲胺吸收一个二氧化碳的过渡态时，总是出现l9999不收敛的情况，也按照您帖子里给出的方法尝试了，还是不收敛，怎么办啊？opt=(calcfc,cartesian,ts,noeigen) int=ultrafine freq b3lyp/6-31g(d)
A:
改小步长上限
尝试gdiis
甭用cartesian
还不行就calcall
没必要用ultrafine
Q:
cartesian是在过渡态中有三个分子程180度的时候才用是吗
A:
没报错就甭用它，只会让收敛更难
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2016.06.26 07:43:36
Q:
老师，怎么给高斯添加新的基组？比如lanl2tz，def2-tzvp
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
def2TZVP本来就是内置的
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2016.06.26 07:59:08
Q:
wb97xd/TZVP
这样写方法基组对吗?
A:
对
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2016.06.26 17:22:55
Q:
我宁可以后我的办公室的电脑都装红帽
那样科研的潜移默化更快
乌班图不好么
社长不推荐
[表情]如果是单机，乌班图可以一试，不过我最近也发现，越来越花哨的乌班图对于科研没什么卵用
A:
ubuntu太轻浮
Q:
[表情]不过追求华丽，可以试试
Soga,看来要换红帽了
红帽不是收费吗？免费的是CentOs吧
嗯嗯。不过网上有红帽的破解版
6.5版的
这都可以破解～～
A:
红帽用不着破解，只不过不注册没法用官方的源，借用CentOS的即可
Q:
只是个安装码
A:
安装都不要密码
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2016.06.26 17:52:36
Q:
请问，能不能直接将高斯优化的结果文件比如log或者chk文件转换为wfn文件呢
加关键字的话意味着需要重新计算吧
有没有命令转换两个文件的
A:
chk转换为fch就直接能给multiwfn用了
log不可能转换为wfn
multiwfn本身也有fch->wfn转换功能
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2016.06.26 17:56:25
Q:
GTBas 1，2，GTMP2largeXP，GFHFB3，4都是什么类型的基组
GTBas 1，2，GTMP2largeXP，GFHFB3，4都是什么类型的基组
A:
甭用这些烂七八糟的，净是热力学组合方法里定义的稀奇古怪的。
不适合一般目的计算
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2016.06.26 18:08:34
Q:
Sob老师，您好。我在《International Journal of Oil, Gas and Coal Technology》期刊投了一篇文章，名为《Weak interaction between water molecules and different rank coals: A DFT-D3 study》，我已推荐您为审稿人，希望得到您的指点与建议。@Sobereva
A:
恩
Q:
/握手
怎么不给SOB发个红包表示诚意？！
A:
岂不成了贿赂审稿人
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