如何仅限制分子相对转动而令相对平动自由？

萌新杨同学 · 发表于 Post on 2023-5-2 18:23:31

如图，我正在模拟两个矿物晶片，我希望两个晶片间不要发生相对转动而是只有相对平动即z方向上的距离增加（周期性边界，x方向无限长），我对两个晶片分别建立itp拓扑文件，对其中一个晶片的非氢元素的x,y,z方向均施加[position restrain]且k均设为1000；而对另外一个晶片只施加x,y方向的位置限制即非氢元素的[position restrain]x=1000 y=1000 z=0，然后在NVT系综下300K 采用V-rescale热浴跑了100ns，发现两个晶片基本没有发生任何移动（如图二将两个晶片叠加显示看不出区别）。想请教一下是我限制的方式错误么？如何才能实现限制两个分子间的相对转动而允许相对平动呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-3 08:49:21

两个slab都只在XY方向加限制势就够了

slab这么大，本身就不容易自发在Z方向运动。非要逐渐距离增加可以加外力。

萌新杨同学 · 发表于 Post on 2023-5-3 10:12:12

sobereva 发表于 2023-5-3 08:49
两个slab都只在XY方向加限制势就够了

slab这么大，本身就不容易自发在Z方向运动。非要逐渐距离增加可以 ...

感谢sob大回复~我只施加xy方向的限制势再试一试

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