Yb金属配合物结构优化和单点能基组如何选用

陈AG · 发表于 Post on 2025-2-13 15:37:34

请教各位老师，我在计算Yb和图中N1的结合能时，
第一步：对配合物进行结构优化（N1+Yb-opt-freq-S0-3）；计算Yb原子能量（Yb-SP，EA）
第二步：取第一步配合物优化好的结构进行单点能计算（N1+Yb-SP,EAB）；删掉Yb原子后进行N1的结构优化（N1-opt-freq-S0）
第三步：取第二步N1优化好的结构继续单点能计算(N1-SP,EB),最后结合能=EAB-EA-EB。
请问各位老师，我这个流程正确吗，还有计算选用的基组是否合适

sobereva · 发表于 Post on 2025-2-13 23:06:19

且不说计算级别，光是计算模型就完全不对。Yb无机材料要用晶体表面模型，根本不是用单个Yb原子就能描述的。当前情况推荐用CP2K当周期性体系计算，通过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）可以快速上手。至少也要用http://sobereva.com/540提到的簇模型，但注意Gaussian等主流量子化学程序用簇模型算对这么大分子的吸附要用的簇的原子数太多而算不动。

而且表中的结合能才40 kJ/mol的程度，明显也只可能是物理吸附，而不可能是Y和N形成配位键的作用模式。

陈AG · 发表于 Post on 2025-3-3 09:21:24

sobereva 发表于 2025-2-13 23:06
且不说计算级别，光是计算模型就完全不对。Yb无机材料要用晶体表面模型，根本不是用单个Yb原子就能描述的。 ...

谢谢老师，我学习一下

陈AG · 发表于 Post on 2025-5-29 16:24:54

本帖最后由陈AG 于 2025-5-29 16:46 编辑

sobereva 发表于 2025-2-13 23:06
且不说计算级别，光是计算模型就完全不对。Yb无机材料要用晶体表面模型，根本不是用单个Yb原子就能描述的。 ...

老师，我又有几个问题
①如果Yb和N1是等摩尔比分散形成一个薄膜的，那可以像我描述的那样计算吗，②还有把Yb换成Li进行同样计算时，Yb用的基组是cc-pwCVTZ-DK3，Li用的基组是def2TZVP，算出来的结合能可以比较吗，③如果要用同样基组的话，使用图片这些基组描述Li是不是也不太准确呢

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