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[GROMACS] 使用ms生成的金基底吸附分子模型 如何生成gromacs拓扑文件

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本帖最后由 xuan12138 于 2023-4-26 11:15 编辑

使用ms生成了金的基底通过巯基吸附冠醚分子的模型,应该如何生成gromacs所需要的拓扑文件atp等,以及巯基在吸附到金表面上时 巯基上的氢是否应该去掉


202304261059592959..png (146.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

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发表于 Post on 2023-4-27 00:37:43 | 只看该作者 Only view this author
不牵扯atp文件
除了与冠醚连接的每个金都作为一个[ moleculetype ],内容手写就行。LJ参数写到[ atomtypes ]里,用这里的参数




用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生GAFF力场的冠醚的拓扑文件,在此基础上把金的信息加进去作为同一个moleculetype。其中与Au相关的键和键角参数可以自己用CP2K做周期性计算或者Gaussian等程序做簇模型计算(http://sobereva.com/540),通过几何优化+振动分析后产生的Hessian靠sobtop计算得到。
Au-S-C-C、Au-S-C-O二面角参数可以用Gaussian基于簇模型做扫描柔性然后自己拟合得到。

巯基的氢要去掉

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-27 10:08:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-27 00:37
不牵扯atp文件
除了与冠醚连接的每个金都作为一个[ moleculetype ],内容手写就行。LJ参数写到[ atomtypes ...

好的 谢谢老师  老师那巯基少了一个氢 所以整体电荷是带-1电是吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-27 10:25:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-27 00:37
不牵扯atp文件
除了与冠醚连接的每个金都作为一个[ moleculetype ],内容手写就行。LJ参数写到[ atomtypes ...

老师 我照着18碳环的例子 用Gaussian对结构进行优化 AU 3-4.LOG (10.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 2) ,但出现了错误 这是我的报错log 文件 老师看看是什么地方出了问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-27 10:27:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-27 00:37
不牵扯atp文件
除了与冠醚连接的每个金都作为一个[ moleculetype ],内容手写就行。LJ参数写到[ atomtypes ...

这是第一次的报错 AU3.LOG (204.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 2023-4-28 12:27:58 | 只看该作者 Only view this author
xuan12138 发表于 2023-4-27 10:27
这是第一次的报错

用6-311g纯属搞笑
了解点基本常识再做计算
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html

当前体系根本不应该用wB97XD
好好看
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/540http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html

写=raman作甚
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xuan12138 发表于 2023-4-27 10:08
好的 谢谢老师  老师那巯基少了一个氢 所以整体电荷是带-1电是吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-3 19:14:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-28 12:27
用6-311g纯属搞笑
了解点基本常识再做计算
谈谈量子化学中基组的选择

Au3-7.gjf (14.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 4) 这是修改之后的 对Au添加赝势 老师看看这样写正确吗,写raman是需要计算Raman光谱

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发表于 Post on 2023-5-3 19:30:29 | 只看该作者 Only view this author
xuan12138 发表于 2023-5-3 19:14
这是修改之后的 对Au添加赝势 老师看看这样写正确吗,写raman是需要计算Raman光谱

Au后面的莫名其妙的1去掉

4核算不动这种体系

原子名后面(PDBname...)都去掉

slab的形状莫名其妙,边缘哪能有一层Au悬着
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-4 08:54:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-5-3 19:30
Au后面的莫名其妙的1去掉

4核算不动这种体系

明白了 谢谢老师指导

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