计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2094|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[VASP] 求助:大家有没有按顺序提交vasp任务的脚本

[复制链接 Copy URL]

33

帖子

0

威望

327

eV
积分
360

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
求助:大家有没有按顺序提交vasp任务的脚本。我不想一直盯着电脑

33

帖子

0

威望

327

eV
积分
360

Level 3 能力者

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-14 16:36:22 | 只看该作者 Only view this author
vasp算完一个,接着算下一个,不用我管

2301

帖子

1

威望

5473

eV
积分
7794

Level 6 (一方通行)

3#
发表于 Post on 2023-3-14 16:40:32 | 只看该作者 Only view this author
Use work load manager, such as slurm, open PBS.

Or use bash script, for loop.
High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
https://labitc.top
http://tophpc.top:8080
电邮: ask@hpc4you.top

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2023-3-14 16:49:14 | 只看该作者 Only view this author
wPV 发表于 2023-3-14 16:36
vasp算完一个,接着算下一个,不用我管

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

5

帖子

0

威望

53

eV
积分
58

Level 2 能力者

5#
发表于 Post on 2023-3-15 11:01:24 | 只看该作者 Only view this author
我是自己写shell脚本,grep到OUTCAR里面结束时候的某段文字时就提交下一个任务

85

帖子

0

威望

394

eV
积分
479

Level 3 能力者

6#
发表于 Post on 2023-3-15 11:41:31 | 只看该作者 Only view this author
两种方法,一种是挨个队列提交任务,至于脚本得看你使用的是哪种PBS了
第二种就是写个简单的shell脚本,把vasp的文件夹按顺序命名
for i in {1..9}
do
cd ../$i
mpirun -np XX vasp_std
done

20

帖子

0

威望

428

eV
积分
448

Level 3 能力者

7#
发表于 Post on 2023-3-15 18:51:02 | 只看该作者 Only view this author
sun35mr 发表于 2023-3-15 11:41
两种方法,一种是挨个队列提交任务,至于脚本得看你使用的是哪种PBS了
第二种就是写个简单的shell脚本,把 ...

您好,第二种方法是一次全部提交9个任务吗?

85

帖子

0

威望

394

eV
积分
479

Level 3 能力者

8#
发表于 Post on 2023-3-16 08:53:18 | 只看该作者 Only view this author
jing@lll 发表于 2023-3-15 18:51
您好,第二种方法是一次全部提交9个任务吗?

理论上没有限制数目,你也可以试试
for i in XX
do
cd ./$i
mpirun -np vasp_std
cd ../
done
但还是建议用PBS提交

42

帖子

0

威望

133

eV
积分
175

Level 3 能力者

9#
发表于 Post on 2024-10-28 16:17:35 | 只看该作者 Only view this author
sun35mr 发表于 2023-3-16 08:53
理论上没有限制数目,你也可以试试
for i in XX
do

请问一下,这些命令,是一行打出来吗?如下面这样:
for i in XX; do cd ./$i; mpirun -np vasp_std; cd ../; done

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 11:11 , Processed in 0.172242 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list